Scramble City speelt zich af na het tweede seizoen van Transformers en is een verhaal waarin de Cybertrons een geheim laboratorium hebben gebouwd, verborgen in een berg, om een ​​nieuwe superrobot te bouwen, Metroplex, die als mobiele basis voor hen zal dienen. Terwijl Ultra Magnus het voorbereidt, ontdekken de Destrons de locatie en vallen het aan. De Cybertron- en Destron-teams vechten het uit over de berg, waarna Metroplex naar buiten komt en alle Destrons verslaat, maar dan komt Typticon uit het water! Kan Metroplex Trypticon verslaan???

Taking place after the Second Season of Transformers, Scramble City is a story in which the Cybertrons have built a secret lab hidden inside a mountain to build a new super robot, Metroplex to be a mobile base for them. As Ultra Magnus prepares it the Destrons find out its location and attack it. The Cybertron and Destron teams duke it out over the mountain then Metroplex comes out and beats all the Destrons but then out of the water comes Typticon! Can Metroplex defeat Trypticon???

Debido a que los Cybertrons (Autobots) se encontraban en desventaja contra los Destrons (Decepticons), empezaron a construir en una base secreta el la poderosa arma Scramble City, bajo la supervisión del comandante de la base, Ultra Magnus, con esta nueva arma, los Cybertrons podrán tomar la delantera, mientras Megatron ordena a Soundwave que envié a sus cassetes, para que averigüe que están escondiendo o construyendo los Cybertrons en esa base, Ravage, Lazerbeak y Ratbat, se dirigen a la zona, donde se confrontan con Blaster, quien logra detener a Ravage y Lazerbeak, pero Ratbat mientras logra meterse en la base y descubrir el plan de los Cybertrons. Soundwave reporta a Megatron, lo que sucede en la base, y envía a los Constructicons para que destruyan toda la base y el proyecto, Starscream, Skywarp y Thundercracker también se dirigen a la zona, Convoy (Optimus Prime)se da cuenta que los Destrons se dirigen hacia la base secreta...