Na de succesvolle bioscoopfilm Sinterklaas en het geheim van het Grote Boek en het spannende vervolg Sinterklaas en de Verdwenen Pakjesboot komt regisseur Martijn van Nellestijn dit jaar met een gloednieuw spectaculair avontuur: Sinterklaas en het Pakjes Mysterie. Naast Sinterklaas zijn ook Coole Piet Diego, Dr. Brein, Gerard Joling, Joris & Boris en Frans Bauer weer van de partij. Sinterklaas wil er zeker van zijn dat alle cadeaus op tijd bezorgd worden. Daarvoor heeft hij een slim plan bedacht: een geheime pakjesopslag in Nederland! Maanden voor de intocht komt hij stiekem kijken hoe de zaken ervoor staan. Eenmaal aangekomen krijgt hij de schrik van zijn leven: er zijn helemaal geen pakjes! De Pieten hebben valse instructies gekregen en de intocht is op onverklaarbare wijze afgeblazen. Iemand doet zich voor als Sinterklaas, maar wie…? Een politieteam staat klaar om de zaak te onderzoeken. De vraag is: zijn ze nog op tijd om het sinterklaasfeest te redden…?

Elk jaar levert het weer problemen op om alle pakjes in november per boot van Spanje naar Nederland te krijgen. Daarom heeft Sinterklaas een oplossing bedacht: een geheime pakjesopslag in Nederland. Als Sinterklaas maanden voor de intocht alvast stiekem naar Nederland komt om persoonlijk de geheime pakjesopslag in Nederland te controleren, beginnen de problemen zich langzaam op te stapelen. Na een spectaculaire noodlanding met de Pakjes-Boeing loopt de planning zo in de war, dat zelfs de intocht in het water dreigt te vallen en het niet zeker lijkt dat er in december wel voldoende cadeautjes zijn voor alle kinderen.