地球侵略報告書を提出できなかった罰として、ケロロ小隊に特別訓練プログラムが課せられる。それは、戦国ラン星を支配する武者ヴァイパーを倒すというもの。地球での生活に戻りたい彼らは、鎧兜に身を包んで戦いを挑む。