後篇將講述TV版後半部分的故事，並解開前篇的謎團。

为了拯救身患顽疾的妹妹阳球的生命，高仓家的双胞胎兄弟冠叶和晶马根据神秘企鹅帽的命令寻找“钉鼓”。 荻野目苹果相信自己的命运，不断实现日记中写的事情。 夏芽真砂子为了引导新的命运而想要得到萃果的日记。 为了找回重要命运的人而想达到目的的多蕗桂树和时笼百合。 他们为了各自的命运和重要的人追逐“钉鼓”至今已有10年了。 坐上了改变命运的列车的冠叶和晶马，暂时回来了。 冠叶和晶马在神秘婴儿企鹅的引导下，到达挤满巨大书架的不可思议的图书馆，书架突然破裂，戴企鹅帽的少女出现在两人面前。 自称是图书馆图书管理员的荻野目桃果，和一本书一起赋予了两人重要的使命。

What would you do to save someone you love? All brothers Shoma and Kanba know is that, after collapsing in an aquarium and apparently dying, their terminally ill sister Himari was somehow revived by a Penguin hat that she had wished for. Now they're on an impossible mission, because the price of keeping Himari alive is to find a mysterious object called the Penguindrum, and they'll do anything to save their sister. Anything. As they travel separate paths in their search, they'll have to unravel complex riddles, make alliances with strangers they know they shouldn't trust, and question the very fabrics of time and destiny.

これは、ある兄弟妹と、突然やってきたペンギンと、 この世界の過去と未来についての物語である——。 病気の妹・陽毬の命を救うため、謎のペンギン帽の命令により「ピングドラム」を探す 高倉家の双子の兄弟・冠葉と晶馬。 自身の運命を信じて日記に書かれた出来事を実現しつづける荻野目苹果。 新たな運命を導くため萃果の日記を手に入れようとする夏芽真砂子。 大切な運命の人を取り戻すために目的を果たそうとする多蕗桂樹と時籠ゆり。 彼らはそれぞれの運命と大切な人の為に「ピングドラム」を追い続けたのだった。 あれから10年—— かつて運命を変える列車に乗り込んだ冠葉と晶馬が、運命の至る場所からひととき戻ってきた…。 謎の赤ちゃんペンギンに導かれるままに巨大な本棚で埋め尽くされた不思議な図書館へたどり着いた冠葉と晶馬。 「ようこそ、運命の子供たちよ！」 突然、本棚が割れて、ペンギン帽をかぶった少女が二人の前に現れる。 「それはあなたたちの物語」 図書館の司書を名乗る荻野目桃果は一冊の本とともに”大切な使命”を二人に授ける。 「きっと何者かになれるお前たちに告げる。己のなすべきことを見つけ、この世界を救うのだ！」 果たして冠葉と晶馬は何を見つけるのか…!?

Para salvar a vida de sua irmã mais nova Himari, os irmãos gêmeos Kanba e Shoma Takakura procuram o Penguindrum sob o comando de um misterioso chapéu de pinguim. Enquanto isso, acreditando em seu próprio destino, a estudante do ensino médio Ringo Oginome continua a fazer os eventos escritos em seu diário se tornarem realidade. Ao mesmo tempo, Masako Natsume continua tentando colocar as mãos no diário de Ringo para encontrar orientação para um novo destino. Dez anos se passaram desde que começaram a procurar o Penguindrum e agora Kanba e Shoma, que um dia embarcaram em um trem que mudou seu destino, retornaram por um momento daquele lugar predestinado.

เรื่องราวต่อเนื่องจากภาคที่แล้ว กับการเดินทางของพี่น้อง ทาคาคุระ คันบะ และ โชวมะ ที่ยังคงไล่ตาม "เพนกวินดรัม" ต่อไปเพื่อโชคชะตาและคนที่พวกเขารัก ตามคำสั่งของหมวกรูปเพนกวินลึกลับ ผ่านไป 10 ปีแล้วตั้งแต่ที่ คันบะ และ โชวมะ ได้ขึ้นรถไฟเพื่อเปลี่ยนชะตากรรม พวกเขาได้กลับมาชั่วขณะหนึ่ง… ในห้องสมุดลึกลับที่เต็มไปด้วยชั้นหนังสือขนาดใหญ่ตามคำบอกของลูกเพนกวิน ทั้งคู่พบกับเด็กผู้หญิงสวมหมวกเพนกวินลึกลับ ที่มาเพื่อมอบหมายภารกิจสำคัญ ในการค้นหาบางสิ่งและกอบกู้โลกนี้ เรื่องราวการเดินทางเพื่อคนที่พวกเขารักจะจบลงอย่างไรกันนะ…