Juan Rulfo wurde am 16. Mai 1917 in Apulco im Distrikt Sayula geboren. Wenig später zog die Familie nach San Gabriel um, wo er seine Kindheit verbrachte. Die Ermordung seines Vaters 1923 und der mexikanische Bürgerkrieg, die Guerra Cristera (1926–1929), waren einschneidende Ereignisse für den jungen Rulfo. Die Familie verarmte. 1927 starb seine Mutter. Rulfo lebte kurze Zeit bei seiner Großmutter, kam dann ins Waisenhaus und wurde Schüler des Kollegs von Guadalajara, wo er 1932 das Abitur (bachillerato) ablegte. Ende 1935 zog er nach Mexiko-Stadt. Sein Plan, Literatur zu studieren, scheiterte. 1936 nahm er eine Stelle als Beamter an.

Eine erste literarische Arbeit erschien 1940, das Fragment eines Romans, den er jedoch später zerstörte. 1942 erschien seine erste Erzählung La vida no es muy seria en sus cosas, und er begann, für die Zeitschrift América zu arbeiten. 1946 kehrte er nach sechsjähriger Tätigkeit in Guadalajara nach Mexiko-Stadt zurück und heiratete ein Jahr später Clara Aparicio, mit der er drei Kinder hatte. Bis 1954 arbeitete er bei Goodrich im Automobil-Sektor als Publizist und Verkäufer.

1953 erschien seine Kurzgeschichtensammlung El Llano en llamas, die ihm ein Stipendium der Rockefeller-Stiftung einbrachte. 1955 erschien der Kurzroman Pedro Páramo. 1956 zog die Familie nach Veracruz um, wo Rulfo in einem Bewässerungsprojekt mitarbeitete. 1957 kehrte er nach Mexiko-Stadt zurück und begann, Drehbücher zu schreiben. 1959 arbeitete er für den Sender Televicentro. 1960 erschien der Film El despojo, zu dem er das Drehbuch geschrieben hatte. 1961 wurde er Berater des Centro de Escritores Mexicanos. 1962 kehrte er wieder nach Mexico-Stadt zurück und arbeitete dort bis zu seiner Pensionierung am Instituto Indigenista. 1965 erschien ein weiterer Film, La fórmula secreta, zu dem Rulfo wiederum das Drehbuch verfasst hatte. Nebenbei war er ein exzellenter Fotograf, der die soziale Realität und die Landschaften Mexikos einfing.

1982 war Rulfo Gast des West-Berliner Festivals Horizonte Festival der Weltkulturen; Günter Grass las damals aus seinem Werk. Am 7. Januar 1986 starb er in Mexiko-Stadt.