Във втория сезон Кътлър ще трябва да се справи с изчезването на Клаудия Браун, както и с редица нови аномалии като чудо насред Темза, бягащ мамут и появата на кръвожаден саблезъб тигър. Необясними обстоятелства са причина за дупки във времето, които позволяват на създания от далечното минало да Земята да се появяват в сегашния свят.

Тези същества са кръвожадни и разнообразни, но това, което ги обединява е фактът, че не принадлежат на този свят. Появата им поставя дилема – дали историята се повтаря? Дали човечеството ще оцелее при наличието на тези зверове? Кътлър и неговият отряд се опитват да запазят явлението в тайна, докато се борят с кръвожадни динозаври, огромни насекоми и праисторически паразити.

Докато се справя с това Кътлър ще трябва да си отговори и на друг въпрос – съпругата му Хелън, която той вярва, че е изчезнала от 8 години, се появява отново и като че ли е пътувала в миналото. Дали тя знае нещо за загадката с динозаврите?

Poté, co se Nick Cutter vrátí z minulosti a zjistí, že Claudia Brownová byla vymazána z času, je nucen vyrovnat se s dalšími změnami, včetně toho, že tým je nyní vlastní organizací pro boj s anomáliemi nazvanou Výzkumné centrum anomálií. Právě když se Cutter konečně začíná vyrovnávat se ztrátou Claudie, nastoupí do ARC nová PR guru: Jenny Lewisová, která je fyzicky totožná s Claudií Brownovou, ale povahově je to úplně jiný člověk.

Mezitím, ačkoli Cutter věří, že se Stephen s Heleninou zradou vyrovnal, Stephen se ve skutečnosti začal znovu stýkat s Helen a začíná být rozpolcený mezi ní a Cutterem; zatímco Connor začíná chodit se záhadnou Caroline Steelovou. Abby Caroline nedůvěřuje a její a Connorův protichůdný názor na ni mezi ně začíná vrážet klín. Nikdo netuší, že Caroline tajně špehuje Connora pro tajemného Olivera Leeka, který má vedle Helen pro Anomálie vlastní tajný plán.

After returning from the past to find that Claudia Brown has been erased from time, Nick Cutter is forced to cope with other changes, including that the team are now their own Anomaly-combatting organisation called the Anomaly Research Centre. Just when Cutter finally begins to come to terms with losing Claudia, a new PR guru joins the ARC; Jenny Lewis, who is physically identical to Claudia Brown but temperamentally is a completely different person.

Meanwhile, though Cutter believes that Stephen has gotten over Helen's betrayal, Stephen has in fact begun seeing Helen again and is becoming torn between her and Cutter; while Connor begins dating the mysterious Caroline Steel. Abby doesn't trust Caroline, and her and Connor's opposing opinions on her begin to drive a wedge between them. Unbeknownst to anyone, Caroline is secretly spying on Connor for the mysterious Oliver Leek, who has a secret agenda of his own for the Anomalies alongside Helen.

After the ARC team learn of Leek's and Helen's secret plans to use a creature army that they have captured to create chaos in the present, they are forced to try and stop the creatures from escaping onto the modern world. Helen, Nick and Stephen manage to trap and kill the creatures, but Stephen loses his life in the process. In the aftermath, Cutter finally accepts that Claudia Brown is gone forever and moves on with Jenny, while Helen promises that things will change with her clone army.

Le professeur Nick Cutter est de retour à notre époque. Mais un membre de son organisation lui manque cruellement : Claudia Brown. Une disparue que son équipe a étrangement effacée de sa mémoire. Le paléontologue doit aussi faire face à des « anomalies » temporelles de plus en plus fréquentes et à la réapparition de terribles dinosaures…

カッター教授が過去を変えてしまったため、愛するクローディアが消えてしまった。さらにカッターたちの組織がARC（時空の扉研究所）へと発展。そんなとき郊外のショッピング・モールに時空の扉が現れ...。