黄蓉等人到达岳阳后，发现丐帮分为净衣及污衣两派，更发生内讧，洪七公命郭靖混入其中了解详情，郭靖混入后发现两派将有激战，即向洪七公汇报，怎料洪七公赶到后发现两派死伤无数，大为气愤亦自责管理不善导致此悲剧发生，洪七公因有伤在身，亦想闭关静养好让在华山论剑之日，与高手一决高下，于是当众表示丐帮帮主之位已交由黄蓉担任。

黄蓉于是即把两派长老严惩，令身为净衣派长老的彭长老大为不满，因此令杨康有机可乘，收买彭长老让杨康能登上丐帮帮主之位。

彭长老使计令众长老在途中遇害，然后带黄蓉及郭靖见岳阳丐帮众长老，就在此时杨康手持洪七公的灵位及「绿玉杖」出现众人面前，黄蓉才知悉途中所发生之事，原来是杨康及彭长老所为，郭靖为免伤及无辜，所以带黄蓉离开，黄蓉找机会向彭长老报复时，丘处机突然出现并带走郭靖及黄蓉，并吩咐杨康到全真教找他，杨康为了得到二人，竟向全真教下战书。

杨康因怕黄蓉及郭靖在登丐帮帮主之位当日出现，所以带同裘千仞到全真教取二人，全真七子因欠了一人所以令「天罡七斗」出现破绽，令裘千仞有机可乘，幸郭靖在被困的密室中，参透出「天罡七斗」招式，于是有机会之下逃离密室出外协助全真七子。

之后，黄蓉在街上遇上简长老，她为了证明自己才是真正的丐帮帮主，于是向简长老使出「打狗棒」法，令简长老暗中已心中有数，简长老与杨康会面后，更深信杨康将会杀死他。

另边厢，欧阳锋在杨康计谋下，得悉欧阳克已死，而杨康亦暗中设局形成是全真教所为，欧阳锋知道后大为哀伤，更誓要找出凶手。

杨康在登上丐帮帮主之日，命裘千仞杀害简长老，幸好鲁长老及时出现，令简长老逃过一劫，在轩辕台大会中，黄蓉亦及时出现，并向众人施展打狗棒法，以及鲁长老赶到证实，黄蓉才是真正受洪七公委任的丐帮帮主，杨康在混乱间亦被裘千仞救走。

杨康带穆念慈到铁掌峰暂避，穆念慈欲离开杨康，裘千丈见状即给「迷心丹」给杨康，让此丹令穆念慈对杨康死心塌地，但杨康不愿落手，而黄蓉及郭靖亦到铁掌峰，但二人因不知裘千仞有兄弟，所以一直对裘千仞轻敌，黄蓉亦因此受了裘千仞的「铁掌」，郭靖于是带黄蓉到铁掌峰的密室，郭靖才悟出裘千仞有孖生兄弟，因此要裘千丈带他们离开，但亦因此误中陷阱，令黄蓉的伤更严重。

另边厢，周伯通见杨康欲对穆念慈不利，于是答应带穆念慈离开杨康。

郭靖与黄蓉在铁掌峰的密室中，发现《武穆遗书》，更找到出路机关，但被同时困在密室中的裘千丈发现，他抢先启动机关可惜误中陷阱，令郭靖二人成功逃脱密室，离开时裘千丈因心急，失足堕桥致死。

二人脱险后，郭靖欲用《九阴真经》为黄蓉治伤，可惜失败，黄蓉以为自己将死，于是向郭靖说出三个条件，说毕后被裘千仞追上，郭靖与他打斗起来，但郭靖功力不及对方，幸好周伯通及时出现，裘千仞因佩服周伯通的功夫，所以把郭靖及黄蓉交给他。

郭靖向周伯通说出黄蓉的伤势后，周伯通运功为她治伤，可惜效果还比郭靖差，周伯通于是说出只有一个人能救黄蓉，郭靖于是带黄蓉寻找对方，在途中，他们到瑛姑的家暂宿一宵，但瑛姑知道他们是情侣后，表示要杀死他们，除非他们能够答对一条她想了十多年的题目，就会放过他们。

黄蓉及郭靖在途中遇上渔樵耕读四人，分别与他们决斗才能上山见一灯大师，一灯大师知道黄蓉被铁掌所伤后，即答应用「一阳指」为她治伤，怎料原来一灯大师每救一次便会失去三成功力，所以渔樵耕读才不惜一切阻止二人。黄蓉见状便给桃花岛的丹药给一灯大师服用，可惜那些药被瑛姑偷换成毒药，令一灯大师内伤更严重，此时瑛姑送物件给他，示意将会到来向他报仇。

南帝与王重阳闭关修练，令瑛姑孤独寂寞，此时周伯通在皇宫内等候王重阳亦感纳闷，二人因此时常在一起，更日久生情并在佛堂中发生关系，这时候南帝亦练成「一阳指」，怎料就发现这对奸夫淫妇，南帝亦感对瑛姑有亏欠，所以对二人并没有惩罚。两年后，南帝大病被愈，从随从口中得知瑛姑诞下男婴，取名为「周念通」后，大为气愤。

有一日，瑛姑发现窗外有人，那人突然飞入房中，向周念通打下重掌身受重伤，瑛姑于是抱他见南帝，后来得知那人并不是一灯大师手下，所以以死求他救周念通。

瑛姑以为南帝派人杀周念通，但南帝否认并答应帮周念通治伤，不过当南帝看见周念通身上的鸳鸯锦絈后，即醋意之念而拒绝救他，结果令周念通一命呜呼，瑛姑为此对南帝产生怨恨，坦言将来会找他报仇。

因此，瑛姑藉黄蓉找一灯大师治伤而元气大失之时，向他报仇，黄蓉与郭靖知道来龙去脉后，于是出手助一灯大师，结果二人的怨恨亦得到化解，而黄蓉亦答应瑛姑会为她寻找周伯通。

另边厢，穆念慈不能忍受杨康卖国求荣的性格，所以到庵堂削发为尼，可惜师太为她把脉时，发现她怀有身孕，杨康得悉后极为喜悦，但穆念慈不想小孩姓完颜，以及变成第二个杨康，因此离他而去之念更为强烈。

黄蓉施计引周伯通见瑛姑，但当周伯通到瑛姑家后，即急脚逃离，瑛姑以为被黄蓉戏弄，于是出手对付二人。二人离开瑛姑后，才算返回桃花岛，但一路上被铁掌帮的人暗算，瑛姑更被裘千仞作为人质，郭靖与黄蓉救瑛姑时，瑛姑听到裘千仞对天大笑，令她想起周念通被袭击经过，终知悉当年凶手就是裘千仞，于是瑛姑追杀裘千仞。

黄蓉、郭靖继续行程时，发现有人暗中照顾他们，黄蓉于是施计引出主使人，才发现原来那人就是黄药师，他与郭靖的一次对奕中，答应黄蓉下嫁给郭靖，郭靖于是与黄药师商讨聘礼之事，但因郭靖想母亲主持他的婚事，而导致与黄药师发生冲突，黄药师更一怒之下，带傻姑离开返回桃花岛。

郭靖把桃花岛的事告知洪七公及周伯通知道，并请他们代自己救黄蓉，柯镇恶得悉后对郭靖大为气愤，并决定在八月十五日，于黄药师与全真七子决战之日一齐对付他，而洪七公对江南七怪的事感到奇怪，所以与黄蓉及周伯通赶到「烟雨楼」，希望能为众人化解因怨，亦藉此找出背后施计之人，在双方决斗之时，突然有人放毒烟，才令众人知道已堕入别人圈套。众人逃走时，一直被金兵追杀，才知是欧阳锋所为，而在一次埋伏中，柯镇恶不慎中了箭伤，黄蓉坚决带他离开。

黄蓉带柯镇恶到破庙休息，怎料欧阳锋及杨康等人亦到此庙，黄蓉觉得一切都是杨康的计谋，于是利用《九阴真经》的经文哄骗欧阳锋，要他说出当中因由，并且要傻姑说出桃花岛的事。傻姑于是把在桃花岛上所发生的事告知黄蓉。

欧阳锋为了得到经文，于是说出杀江南七怪的经过，柯镇恶在一旁听后大感愕然，而且终于知道一直怪错是黄药师所为。

黄蓉亦知道傻姑有秘密是关于欧阳克，于是扮鬼吓傻姑，让她说出杀死欧阳克的凶手，杨康怕真相暴露，于是向黄蓉偷袭，但可惜反被南希仁所留下的蛇毒杀害。

欧阳锋知道黄蓉懂得《九阴真经》，于是把黄蓉捉走，柯镇恶离开黄蓉后遇上郭靖，郭靖知道所有事后，即返铁枪庙找杨康，此时杨康已命在旦夕，所以找穆念慈见杨康最后一面，杨康在离世前，把对妻子的心底话说出，令穆念慈非常难过，之后郭靖把杨康的尸首埋在荒山。

半年后，蒙古兵攻打金国，金国大败，村民逃难时郭靖遇上周伯通，而黄蓉亦施计逃离欧阳锋，黄蓉在途中得知周伯通在附近，可惜二人并没有相遇，反重遇欧阳锋。

铁木真攻打金国，郭靖怕被哲别遇见，于是要周伯通与他一齐躲避，但因协助救壮丁，最终仍跟哲别见铁木真，并请求他释放所有壮丁，此时裘千仞奉完颜洪烈之命，暗杀铁木真，可惜中了郭靖之计，兼被周伯通追踪，令他计划失败。

铁木真准备返蒙古重整军队时，他竟不能亲自上马，令他大怒并自觉年事已高，郭靖见状想起在蒙古的母亲，于是随着军队一同返回蒙古。

另边厢，黄蓉自从被欧阳锋捉住后，时常施计令欧阳锋不能得到《九阴真经》的译文，更让他在归云庄的桃花阵困着。

郭靖把铁木真的聘礼还回，并指会继续寻找黄蓉下落，找到她后便会带回蒙古，如果她遭遇不测，郭靖便终身不娶，铁木真听后大为气愤，华筝于是出言相劝铁木真。

不久，铁木真决定攻打金国，在誓师晚会中，扬言自己已老迈，担心此去不回，因此要推举一个继承人，怎料令察合台及术赤反目成仇，更暗下带兵私斗，幸好被郭靖领兵制止，才免去一场灾难。

铁木真出兵后，郭靖在鲁长老教导下，胜无不胜，令郭靖大感奇怪，有日终忍耐不住跟踪鲁长老，发现其蒙古包内有一女人指点他，怀疑是黄蓉但鲁长老不时否认，直至欧阳锋出现，郭靖才得知黄蓉真的已混入军中助他，郭靖与欧阳锋更各自立下赌约。

郭靖与欧阳锋互下赌约后，欧阳锋夜袭郭靖，但连续两次都堕入鲁长老所设的陷阱，郭靖亦遵守承诺把他放走。郭靖因找不到黄蓉，终日愁眉不展，拖雷于是献计给他，结果真的让郭靖在雪山峰与黄蓉会面。

之后黄蓉施计令欧阳锋被困在雪山峰山顶，多日后找他时，欧阳锋披上披肩从山顶飞到山脚逃脱，此举令黄蓉想出妙计，让郭靖利用风筝飞越金国城墙，成功攻打金国。

完颜洪烈假扮金兵尸体，希望逃过蒙古兵追杀，可惜仍被郭靖亲手捉拿，在斩首当日，郭靖向铁木真请求，由他亲自把完颜洪烈的首级斩下，藉此一解杀父之仇。在庆祝宴当晚，郭靖打算请求铁木真取消他与华筝的婚约，但当他看见金国平民被术赤斩死，恻隐之心冒然而生，于是转求铁木真释放平民，因此亦令黄蓉误会他舍不得华筝，一怒之下离开，郭靖追上之时，欧阳锋突然出现，双方打斗间，黄蓉被欧阳锋打落山崖，而郭靖被欧阳锋捉走，他们到达破庙后，遇上周伯通正在追杀裘千仞，周伯通趁机把郭靖救走。

郭靖于是返回家把消息告知李萍，表示要寻回黄蓉的尸首，但被李萍阻止，郭靖于是大发雷霆，激得李萍即时晕倒，并要郭靖忘记黄蓉，但郭靖拒绝，之后他见铁木真，铁木真自知年事已高，不久于人世，郭靖于是提议他找丘处机，找寻长生不老之药。

铁木真要郭靖等人出征攻打金国残兵，并每人赐一个密令，要他们进城后才可开启，李萍知道后即抢了密令开启，信中表示如攻打失败，便要郭靖斩首，李萍于是与郭靖逃走，但被术赤等人围捕，李萍为了不想郭靖好像杨康般，认贼作父，令父母声誉尽毁，所以当场自杀，让郭靖无后顾之忧地离开蒙古。

郭靖在途中遇到丘处机，于是把一切向他告知，并希望自己忘记武功，丘处机为了郭靖能重新振作，于是带他出席华山论剑，就在途中，郭靖重遇黄蓉及周伯通。

丘处机与沙通天及候海通决斗时，沙通天侮辱全真教，周伯通于是出手对付二人，并在黄蓉教导下把沙通天身上的有毒戒指插向二人身上，让沙通天及候海通以后对周伯通言听计从。到了「华山论剑」当日，欧阳锋利用怪诞的假《九阴真经》的招式，对付洪七公，令洪七公无从反抗，黄蓉于是乱说一语，令欧阳峰以为是经文内容，他依言修练令其即走火入魔，言行怪异地离开。

此时，华山只剩下洪七公及黄药师，黄蓉提出建议，要二人分别与郭靖比武，如三百招内仍不能把郭靖打败，就当为郭靖胜出，二人大表赞成，结果二人都输给郭靖，众人打算离开之时，欧阳峰再次折返，并把洪七公及黄药师打伤，又误会他们的身份，黄蓉怕他们受伤，于是再次用言语令欧阳峰失心疯。

当晚，华筝突然出现，她告知郭靖，铁木真准备挥军南下，攻打襄阳，要郭靖到襄阳严防铁木真，并表示她永远都会留在蒙古，不会再到中原。

郭靖把蒙古兵入侵宋国之事告知黄药师，与他们商讨对策，并决定到襄阳城严防蒙古大军，在途中郭靖与黄蓉遇上穆念慈，看见杨康的儿子后，穆念慈请郭靖为他改名，郭靖于是帮他改为「杨过」。之后到襄阳城后，因吕大人贪生怕死，所以由郭靖及黄蓉代为管治军队，令蒙古兵久久不能攻城。

黄蓉为了帮郭靖打退蒙古军，献出一条计谋，就是要郭靖潜入拖雷军队，把拖雷杀死，在行剌当日，郭靖知道铁木真命危，所以用蒙古人朋友身份会见铁木真，二人的恩怨亦在此告终。