Dr. Richard Massey (Bill Pullman) and Sister Jo (Natascha McElhone) travel to Prague to speak with a noted expert on Satanism, who leads them to a secret library hidden in a crypt. Within the crypt, Massey and Sister Jo find a strange box that contains a puzzle that may unlock clues about the birth of the Anti-Christ. Back at the Sisters of Mercy convent, the sisters and comatose Olivia find themselves under attack by followers of Satanist Isaiah Haden (Michael Massee). Meanwhile, Haden attempts to escape from prison, and Hawk (Mark Rendall) is being brainwashed by his captors.

Richard et Soeur Josepha partent à Prague pour rencontrer le Docteur Goran, un expert en satanisme. Ils doivent pénétrer dans le caveau de Bugenhagen pour trouver le livre qu'il a écrit sur la naissance de l'Antéchrist et comprendre quelle va être la suite des évènements. Aux Etats-Unis, le couvent des Soeurs de la pitié est attaqué par les satanistes qui veulent récupérer Olivia alors qu'une émeute se prépare dans la prison où est enfermé Isaiah..