在距离地球40多光年的遥远宇宙中，有一个人类殖民星球克雷亚德，某一天这里突然遭到了外星人库库托尼安的袭击。被卷入战争中的少年罗迪·夏弗尔不得不与双亲分开，和弟弟弗雷德一起乘坐练习舰杰纳斯号逃走。在库库托尼安越来越激烈的追击中，只有包括罗迪和弗雷德在内的13个孩子和学者凯特·哈萨维逃脱了出来。后来凯特也失踪下落不明。幸存下来的孩子们不得不自己操纵人形作战机器人参加战斗。罗迪也驾驶着名为拜法姆的作战机器人，在战斗中取得了一次次艰苦的胜利。为了救出被俘虏的双亲，罗迪向着敌人的大本营进发。

Set far in the future, a mysterious alien race attacks a new colony light years from Earth. A number of children ranging in ages from 4 to 15 are among the survivors that evacuate from the fallen colony. Due to attacks by the aliens on the escaping freighter, the number of adults left dwindles.

Over time, the children become involved as they strive to understand the aliens and try to make their way back to Earth.

異星人ククトニアンが、植民星クレアドを襲ってきた。少年ロディは、弟フレッドとその同級生ペンチとともに、脱出用シャトルへ乗り込む。だが攻撃は激しく、ロディたちは両親とも離ればなれになり、わずかな大人たちと少年少女のみで、練習艦ジェイナスを出航させることになる。ようやく第２惑星ベルウィックを訪れたものの、生き残った仲間は13人の子どもたちと唯一の大人、ケイトだけとなってしまう。

彼らは地球を目指して、ふたたびジェイナスを出航させる。その旅の途上、ひとりの漂流者がジェイナスに救助された。男の口から語られた言葉は、衝撃的なものばかりだった。子どもたちのひとり、カチュアが異星人ククトニアンであったこと。そして、クレアドやベルウィックを脱出した地球人のほとんどが捕らえられ、タウト星へ連れて行かれたこと。しかも、自分が異星人であるという衝撃の事実に絶えられず、ひとり宇宙へ飛び出したカチュアを救おうとして、ケイトが行方不明になってしまった。

こうして、ジェイナスのクルーはついに13人の子供たちだけになってしまった。彼らは両親たちを救うべく、最年長のスコットをキャプテンとして、タウト星を目指す。苦しい旅路の中、ロディはラウンド・バーニアン“バイファム”の操縦法をマスターし、パイロットとして敵と戦った。

Situado no futuro, uma misteriosa raça alienígena ataca uma colônia terrestre à anos-luz da Terra. Várias crianças com idades entre 4 e 15 anos estão entre os sobreviventes que fogem da colônia caída. Devido aos ataques dos alienígenas ao cargueiro em fuga, o número de adultos diminuiu. Com o tempo, as crianças se envolvem enquanto se esforçam para entender os alienígenas e tentar voltar para a Terra.