De petits terroristes extraterrestres volent des déguisements humains pour le compte des Arquilliens...

J se sent fatigué. Il demande à L de le cloner afin qu'il puisse se reposer. Mais les clones sont instables et leur durée de vie limitée...

Troy, le symbiote, revient parmi les MIB. Il est aussitôt kidnappé par le malfrat Alpha qui l'oblige à rejoindre sa collection d'organes extraterrestres...

Drekk, un criminel extraterrestre, se réfugie sur Terre après s'être évadé d'une prison intergalactique. K et J découvrent que Frank connaît Drekk. Ils l'encouragent à les aider...

La reine des punaises veut venger la mort d'une de ses enfants sur Terre. Elle met la tête de l'agent L à prix...

Barthok, le trafiquant d'esclaves, est pris pour un esprit maléfique en raison de sa tête en forme de citrouille. Il profite d'Halloween pour se fondre dans la masse...

Eileen, le policier extraterrestre, revient sur Terre accompagné de sa nouvelle partenaire, Eidi. Ils escortent un prisonnier Aldoosi qui utilise sa voix comme une arme...

Un alien apporte sur Terre une plante se reproduisant très vite et bien décidée à asservir tous les habitants de la planète...

Un chasseur de prime extraterrestre enlève le père Nöel. Ses elfes viennent se plaindre au MIB qui prend l'affaire en main...

Le MIB fait atterrir dans sa base un vaisseau attaqué par des pirates. À l'intérieur se trouve un engin lumineux auquel J, K et L vont être exposés...

Des aliens sont utilisés comme acteurs dans des films à Hollywood. Trois comédiens très connus disparaissent. Leur imprésario fait appel au MIB...

Alpha, le renégat du MIB, prend possession du satellite Blackguard du MIB. K et J vont l'affronter dans l'espace...