Войната идва при Колсън по неочакван начин, чрез шокиращи разкрития. Скай се опитва да контролира новите си способности.

Bobbi和Mack的身份引起了特工组织的怀疑，两人和特工组织成员发生正面交锋后成功逃脱。Bobbi在逃走的时候拿走了一个很重要的工具箱，特工组织成员为此展开了一场生死追逐。

S.H.I.E.L.D. ředitele Phila Coulsona se střetává se „skutečným“ S.H.I.E.L.D.em Roberta Gonzalese. A setkání to vskutku není příjemné.

Gordon zoekt Skye op in haar schuilplaats, en biedt aan om haar naar een veilige plek te brengen waar ze kan leren haar krachten te beheersen. Coulson ontdekt ondertussen dat Mack een spion is. Morse steelt een computerkubus genaamd Fury’s gereedschapskist. May helpt Coulson ontsnappen alvorens zich over te geven aan Gonzales. Gonzales laat tevens een team uitrukken om Skye in te rekenen. Uit zelfverdediging verwondt Skye per ongeluk meerdere agenten. Geschrokken over wat ze kan doen, staat ze toe dat Gordon haar meeneemt. Coulson zoekt ondertussen contact met de ontsnapte Hunter.

War comes to Coulson's doorstep in a way he never anticipated as shocking revelations are brought to light, and Skye struggles to control her new abilities but will soon make a decision that irrevocably changes her life.

Repérés, Bobbi et Mack lancent leur assaut pour dissoudre le S.H.I.E.L.D. de Coulson et récupérer les dossiers de Fury, mais la question de la loyauté se pose aux agents. Skye reçoit la visite de Gordon dans son refuge et lui propose une alternative à son emprisonnement volontaire.

Coulson steht ein Krieg ins Haus, mit dem in dieser Form nicht zu rechnen war. Schockierende Enthüllungen kommen nun ans Licht. Skye versucht derweil verzweifelt, ihre neu gewonnenen Kräfte zu kontrollieren. Schon bald wird sie eine bedeutsame Entscheidung treffen müssen, die ihr Leben für immer verändern wird.

סקיי מתקשה לשלוט בכוחותייה החדשים ומקבלת החלטה חשובה. גילויים בלתי צפויים מזעזעים את קולסון ואת הצוות.

Coulson érzi, hogy elkerülhetetlen konfliktus előtt áll, miközben Skye azzal küzd, hogy kordában tartsa új, emberfeletti képességeit.

2014, durante la caduta dello S.H.I.E.L.D., Bobbi, Mack e Izzy Hartley salvano il comandante della portaerei Iliad Robert Gonzales e, assieme a pochi altri agenti, combattono l'HYDRA riprendendo il controllo della nave, contravvenendo all'ordine di Fury di farla affondare assieme al suo carico, salvando centinaia di vite e fondando il "vero S.H.I.E.L.D.". Nel presente, Mack e Bobbi escono allo scoperto sottraendo dall'ufficio di Coulson la banca dati di Fury ed ingaggiando battaglia con tutti gli altri agenti S.H.I.E.L.D. del Parco Giochi ma, nel momento in cui sembrano messi con le spalle al muro, Gonzales e i suoi uomini irrompono nella base costringendo alla resa gli uomini di Coulson. Contemporaneamente Skye, al sicuro nel rifugio, riceve una visita da Gordon che, prima di volatilizzarsi, le svela che ne esistono altri "come loro" offrendole, se mai lo vorrà, un aiuto per controllare i suoi poteri. May, sfuggita alla cattura, libera e fa fuggire Coulson nella speranza riesca a soccorrere Skye prima che gli uomini di Gonzales la raggiungano; fatto ciò, si arrende di sua spontanea volontà. Nel frattempo il "vero S.H.I.E.L.D." attacca Skye nell'area del rifugio ed essa, shockata e in preda al panico, scatena i suoi poteri radendo al suolo una buona porzione di foresta e ferendo gravemente i suoi inseguitori per poi venire teletrasportata via da Gordon.

ゴンザレスが率いる組織は、コールソン率いるシールドの行動に疑問を持ち、さらにコールソンとスカイをも警戒していた。そしてゴンザレスはとうとうシールドへの強硬手段を決断する。事の発端は“シールド崩壊の日”にさかのぼる。彼らの置かれていた状況とは……。そのころ、スカイが身を隠しているところに、ゴードンという特殊能力者が現われる。彼はスカイが霧を浴び、彼女に変化が訪れていることを知っていた……。

쉴드가 붕괴하던 날, 대체 무슨 일이 있었나. 바비와 맥을 여기까지 오게 했던 전말이 드러난다. 스카이는 은신처에서 새로운 능력과 분투하던 중 미지의 손님을 맞이한다.

Wojna staje u progu drzwi Coulsona w sposób, jakiego się nigdy nie spodziewał, podczas gdy na światło dzienne wychodzą szokujące rewelacje. Skye zmaga się z kontrolowaniem swoich nowo nabytych umiejętności, ale wkrótce podejmie decyzję, która nieodwracalnie zmieni jej życie.

Guerra chega à porta de Coulson de uma maneira que ele não poderia ter antecipado quando revelações chocantes vêm à tona. Enquanto isso, Skye se esforça para controlar suas novas habilidades, mas logo ela toma uma decisão que vai mudar a sua vida.

Coulson e a equipe confrontam Bobbi e Mack sobre suas alianças. Skye ainda está sofrendo e pede conselhos de uma fonte poderosa e desconhecida.

Колсон подозревает Мака в предательстве. Бобби, проникнув на базу "Щ.И.Т.а", крадет шкатулку Ника Фьюри и запускает в сервер вирус. Гордон находит Дейзи в убежище и предлагает пойти с ним. Руководство и некоторые агенты "Настоящего Щ.И.Т.а" штурмом захватывает базу "Щ.И.Т.а", но Мэй удается скрыться. Мэй проникает на базу, освобождает Колсона и даёт ему уйти. Дейзи при попытке бегства от "Настоящего Щ.И.Та", который приходит за ней в убежище, использует свою силу. После она зовет Гордона и уходит с ним. Попутно с серией показывается флэшбэк, повествующий о происхождении "Настоящего Щ.И.Т.а".

Bobbi Morse roba la caja de herramientas de Fury de la oficina de Coulson, permitiendo así que el "verdadero S.H.I.E.L.D." ataque las instalaciones. Gordon visita a Skye en la cabaña en que está aislada y le habla del hogar donde personas como ella pueden aprender a controlar sus habilidades.

Şok edici gelişmelerin ortaya çıkmasıyla birlikte savaş Ajan Coulson'ın hiç beklemediği bir anda kapısına dayanır.