Команда разделена миллионами световых лет ради решения двух основных задач: найти в космосе погруженного в анабиоз Фитца и понять, кто прорывается на Землю из другой реальности через таинственные порталы. Мак осваивается в новой роли директора, в то время как Йо-Йо решает не ставить крест на своей личной жизни.

Странные пришельцы приступают к осуществлению своей миссии на Земле, для чего им понадобятся таинственные кристаллы. Агенты Щ.И.Т. выслеживают преступников, и Мэй сталкивается с незнакомыми технологиями прежде чем вступить в рукопашную схватку.

Едва разминувшиеся в космосе Фитц и Симмонс наконец-то оказываются на одной планете, но им предстоит пройти длинный путь, прежде чем найти друг друга. Энок применяет свои невероятные способности, чтобы вытащит друга из сложной ситуации. Команде придется столкнуться с новым противником.

Беззаботному процветанию Дика Шоу приходит конец, и гостю из будущего грозит смертельная опасность. В это время на базе Щ.И.Т.а происходят странные и ужасные события, которые помогают лучше понять мотивы отряда пришельцев из другой реальности.

У Мэй наконец-то появляется возможность поближе узнать новых врагов Щ.И.Т.а. В это время Скай, Симмонс и другие члены космической команды пытаются спасти Фитца и Энока от хроникомов. Мак, Йо-Йо и доктор Бэнсон продолжают расследование трагедии, произошедшей на Маяке.

Фитц и Симмонс наконец-то вместе, но не свободны. Хроникомы пытаются выяснить у пары гениев способ путешествия во времени. Попутно мужу и жене придется столкнуться с глубокими личными проблемами, которые могут помешать работе и обоюдному счастью.

Мэй удается захватить и привезти на Маяк Саржа и остатки его команды. Агентам Щ.И.Т.а предстоит разобраться с истинной миссией и намерениями пришельцев. В это время Энок, Фитц и Симмонс снова рискуют жизнью, но неожиданно приобретают покровителя.

Команда отважных защитников Земли готова прибегнуть к помощи самых сомнительных людей, чтобы защитить планету от монстра, уничтожающего целые миры. В это время в глубоком космосе на корабле, с которым Фитц и Симмонс возвращаются домой, происходит нечто странное.

На утро после празднования победы не всем удается восстановить в памяти прошлый вечер. Враг, о котором чуть не забыли, снова дает о себе знать. Дик и Фитц пытаются найти связь между Колсоном и Саржем, а остальная команда вычисляет опасного гостя на Маяке. Смогут ли агенты отличить своего от чужого?

Йо-Йо и Мак оказываются в плену у Айзел, но злодейке нужны не эти двое. В это время на Маяке Мэй и Дейзи допрашивают Саржа, пытаясь добраться до его сущности, а Дик, Джемма и Лео изучают способности врага, чтобы найти способ защитить агентов от привычки Айзел занимать чужие тела.

Йо-Йо и Мак встречают старого знакомого, который обладает необычайными способностями. Айзел все ближе к исполнению своего плана, и агентам Щ.И.Т.а придется очень постараться, чтобы ей противостоять. Пока Фитц-Симмонс и Дик разрабатывают средства защиты, Дейзи и Мэй помогают Саржу подобраться поближе к врагу.

Финальная схватка с Айзел открывает новые стороны и страшные секреты героев. Сможет ли Дейзи перебороть себя и освободить друга от мучений? Оправдаются ли надежды Мэй на то, что Сарж хотя бы отчасти был Колсоном? Будет ли угроза вторжения демонов из другой реальности последним приключением команды?