The season begins with the introduction of two new cases: when a school bus full of Neptune High students plunges off a cliff, killing almost everyone on board, Veronica Mars makes it her mission to discover why the bus crashed. Logan Echolls is accused of killing a Pacific Coast Highway biker gang member after drunkenly picking a fight with Eli "Weevil" Navarro and the PCHers.

Veronica’s Freund Logan wird in der Nacht von „Weevils“ Motorradgang verprügelt und erwacht mit einem Messer in der Hand neben der Leiche des Gangmitglieds Felix. Zudem taucht darauf-hin ein Zeuge auf, der gesehen haben will, dass Logan Felix vorsätzlich getötet haben soll. Gleichzeitig bekommen Wallace und fünf andere Top-Sportler Sportverbot, weil sie Drogen ge-nommen haben sollen. Während Wallace Veronica bittet, seine Unschuld zu beweisen, stürzt bei einem Schulausflug ein Bus über eine Klippe. Zunächst gerät der Busfahrer in Verdacht, Selbstmord begangen zu haben.

Als wäre das nicht alles genug Arbeit für Veronica Mars, wird auch noch der Mörder ihrer Freundin Lilly Kane aufgrund verfälschter Beweise freigesprochen...

בפרק הפותח את העונה ה-2, וואלאס מגורש מנבחרת הכדורסל לאחר שנמצא סמים בדמו. קית' מתקשה להתמודד עם הפופולריות לה הוא זוכה מאז שפירסם את הספר אודות רציחתה של לילי קיין.

La stagione inizia con l'introduzione di due nuovi casi: quando uno scuolabus pieno di studenti della Neptune High precipita da un dirupo, uccidendo quasi tutti a bordo, Veronica Mars decide di scoprire perché l'autobus si è schiantato. Logan Echolls è accusato di aver ucciso un membro di una banda di motociclisti della Pacific Coast Highway dopo aver litigato ubriaco con Eli "Weevil" Navarro e i PCHers.

ヴェロニカの乗るはずだったスクールバスが、崖から海に転落する。単なる悲惨な事故なのか？ それとも運転手の自殺や殺人なのだろうか？そして、リリー・ケイン殺害事件との関係は？ファースト・シーズンのラストシーンで、ヴェロニカを訪ねてきたのは誰だったのか？「あなたに来てほしかった」と彼女が微笑んだ相手は、ダンカン、ローガン、それとも？