En el último esquema de Krang, Rocksteady y Bebop, vestidos como conejitos de Pascua, están disparando a las personas con un Docilizer Ray y convirtiéndolas en personas tímidas, como conejos. Si el rayo funciona, ¡Krang planea instalarlo en un plato de transmisión de microondas y destruir toda la ciudad con él! Para detenerlos, las tortugas deben buscar un cristal de cranio en la dimensión de cuento de hadas.

Hokum Hare descubre que Shredder tiene un "" tren del tiempo "" para viajar al futuro, donde puede convertirse en el señor criminal de una era libre de crímenes. Las Tortugas y Hokum toman un viaje en el tren, llegan en el futuro para encontrar las versiones más antiguas de las Tortugas, ¡ahora retiradas! Shredder planea patear el trasero de las tortugas mayores, y las tortugas más jóvenes intentan poner en forma a sus seres mayores antes de la gran confrontación.

Shredder irrumpe en el Salón de la Fama Ninja y roba el diario de los infames Hermanos Kojima. Sin embargo, deja sus huellas digitales por todas partes, y un teniente Saki las encuentra: ¡el hermano de Shredder! Cargado con el pasado y los pecados presentes de su hermano malvado. El teniente Saki promete traer a su hermano y viaja a América para localizarlo. Se encuentra con las tortugas por accidente en el reactor de fusión nuclear. Donde están protegiendo un nuevo súper imán, que sospechan que podría ser el próximo objetivo de Shredder. Pero todas las posibilidades de una alianza entre las dos fuerzas pronto se ven obstaculizadas por lt. La obsesión de Saki por hacer las cosas "" por el libro "", evitando que la máquina verde viole la ley en un esfuerzo por detener la trituradora. Shredder crea hologramas de los hermanos Kojima, y ​​los programa con "" los mayores secretos de los tres grandes maestros ninja de todos los tiempos "".

En la tundra congelada del Ártico Polar Cap, Krang despotrica y delira que Rocksteady y Bebop no volverán a tiempo con el "Bindex 3" para cargar el mutágeno en los tanques de combustible del cohete antes de despegar. Este es el último esquema de Krang y está diseñado para convertir a todos los habitantes de la ciudad en mutantes horriblemente desfigurados de los rastros de vapor del combustible utilizado para levantar el cohete de la plataforma de lanzamiento y enviarlo al espacio. Rocksteady y Bebop se equivocaron. Mientras todos discuten al respecto, un mensajero conocido como Seymour Gutz, del Servicio de mensajería Fly By Night, llega con una carta para la tienda de flores The Touch of Romance. Nadie sabe cómo se metió en su "escondite", por lo que Rocksteady y Bebop comienzan a atacarlo para alentarlo a que se vaya. De repente, la pasarela en la que Seymour está parado es golpeada por el fuego láser y cae en la tina de mutágeno y literalmente "" se hace pedazos "".

Mientras prueba el Turtle Van con sus últimos inventos, Donatello se encuentra con una familia de hillbillies conocida como la Familia Badd. Los Badds son la famosa familia criminal del bosque. La camioneta familiar de Badd ha "" renunciado al fantasma "", por lo que Donatello, actuando como un buen samaritano, se detiene y ofrece su ayuda. Los Badds encierran al útil Turtle en el compartimento del motor del camión y luego roban el Turtle Van y se divierten con los muchos "artilugios" que Donatello ha instalado en él. De vuelta en la guarida de las tortugas, Donatello tiene miedo de contarles a las otras tortugas sobre el robo de la furgoneta tortuga. Don-san finge estar trabajando en el vehículo mientras en realidad está trabajando en la camioneta del hillbilly. Mientras tanto, las otras tortugas están desesperadas por el uso de la camioneta para poder ayudar en la captura de los "" Heisitng Hillbillies "".

Michaelangelo y las otras tortugas van "" arriba "" en un esfuerzo por encontrar el último número de "" Las aventuras de Bugman "", solo para descubrir que el cómic ha sido cancelado. Michaelangelo está devastado. De vuelta en la guarida, Michaelangelo, Splinter y las otras tortugas encuentran curioso que tampoco hayan visto ni escuchado al verdadero Bugman (también conocido como Brick Bradley) desde el último número del cómic favorito de Michaelangelo. Mientras tanto, sin que el TMNT lo supiera, un joven los siguió y escribió cada movimiento que realizaban. Cuando suena su alarma de "alerta de intrusos", descubren a su tailer en las entrañas de la alcantarilla haciendo un mapa. A medida que el equipo de Turtle explica a los jóvenes los peligros de "" acechar "en las alcantarillas, la repisa en la que están parados se derrumba y envía a los mutantes a toda velocidad por un pozo mientras el joven huye.

Intentando una vez más "" reducir "" a las Tortugas [alias, volverlas a sus vidas como crías de tortuga y, por lo tanto, no convertirlas en una amenaza más], Krang envía a Shredder, Rocksteady y Bebop a la superficie de la tierra para recuperar "" el compuesto X- 7 "", un compuesto que devolverá a las tortugas a su estado previo a la mutación. Los dos llegan al laboratorio cercano de Tropotron, pero no pueden encontrar el "" Compuesto X-7 "", frustrados, los dos mutantes destruyen el laboratorio, al golpear accidentalmente un barril contienen una sustancia desconocida en dos basureros en el proceso. . Informada en abril, las tortugas llegan a Tropotron para romper el alboroto, después de una escaramuza, Shredder y sus dos subordinados se retiran. Mientras tanto, los hombres de la basura que alguna vez fueron ordinarios ahora se han encontrado mutados en horribles apariciones, son repelidos por su apariencia y se vuelven locos.

Mientras Krang contrata algunas campanas locales para perforar en busca de anticongelante (en un esfuerzo por liberar el Technodrome del Ártico congelado), envía a Shredder, Rocksteady y Bebop a los Pantanos de Luisiana en busca de la Reserva de Mutagen. La misión de Shredder es extraer dicho mutágeno con el Mutagen Shooter para usarlo contra las Tortugas. Napoleón Bonafrog se pone en contacto con las tortugas cuando ve a Shredder y a la tripulación patrullando los pantanos y, sin darse cuenta, es atacado por el Mutagen Shooter cuando Rocksteady tropieza con una raíz, lo que le hace mutar en una rana gigante. Shredder usa esto para su ventaja y regresa a la ciudad con su nuevo "" esclavo "" a cuestas. En las alcantarillas, Napoleón lleva a regañadientes a Shredder, Rocksteady y Bebop a la guarida de las Tortugas. Pero antes de estar lo suficientemente cerca, el mutágeno desaparece y vuelve a su tamaño normal y advierte a las tortugas.

Un mal funcionamiento del último invento de Donatello hace que Raphael crea que está a punto de morir y, en última instancia, intente salvar el mundo por sí mismo.

Baxter Fly ha vuelto, y esta vez ha reunido un ejército de moscas para infestar la ciudad, poniendo en peligro a millones para que Stockman pueda llegar a Shredder, (que todos sabemos que fue la causa de la mutación de Baxter en un insecto) Baxter localiza el Technodrome siguiendo Rocksteady y Bepop, pero su plan de venganza falla cuando Shredder lo atrapa, quien congela a Stockman y su armada de moscas. Krang decide poner su "" activo congelado "" a su favor. El señor de la guerra de la dimensión X libera a Baxter y le ofrece la oportunidad de volverse humano nuevamente, siempre que, por supuesto, lidere el ejército de moscas en un ataque contra Nueva York, y derrote y capture a las tortugas. Los TMNT, sin embargo, son rápidos en eliminar a Baxter, y el científico solo es rescatado gracias a Rocksteady y Bebop, quienes esperan que si Baxter tiene éxito debido a su "" misión de rescate "", Shredder los convertirá en humanos nuevamente.

Donatello decide crear un clon de sí mismo para poder pasar más tiempo en sus inventos mientras su clon pasa más tiempo arreglando cosas alrededor de la Guarida. Donny prueba su último invento en una rata de alcantarilla y accidentalmente pone su mano en el camino, haciendo que el clon de la rata hable como Donatello. La rata parlante es descubierta por The Rat King y está convencida por una campana local, Pinky McFingers, de que podrían conquistar el mundo con la invención de Donatello. Mientras tanto, Donatello enciende su máquina de clonación y, gracias a un error de cálculo algebraico, crea un clon que es 10 veces más inteligente que él. The Clone se niega a hacer el trabajo para el que Donatello lo creó específicamente. Donatello decide ponerlo en su lugar hasta que descubre que su Clon también es 10 veces más experto en habilidades ninja.

Mientras que las tortugas luchan con un refrigerador que no se ha descongelado últimamente, Rocksteady y Bebop deciden que quieren ser los "mejores mutantes" en el Technodrome y arrojan una tina de mutágeno en la tundra congelada, creando un hielo gigante. Criatura. La criatura de hielo se vuelve loca y comienza a destruir el Technodrome. El Shredder dispara una serie de misiles a Ice Creature y uno se incrusta en la mano de Ice Creature. Bebop "" saca una espina de la pata del león "" y la Criatura de Hielo sigue las órdenes de Bebop. Shredder sugiere que Bebop ordene a Ice Creature que desaloje el Technodrome; cuando eso falla, decide que Bebop debería llevar a su nuevo amigo a la Ciudad y recuperar un nuevo dispositivo termo explosivo que se está desarrollando en una Base de Defensa cercana. Rocksteady, Bebop y la criatura de hielo llegan a la ciudad y son recibidos por las tortugas que esperan.

"Ladrones fornidos" están cometiendo una serie de crímenes desconcertantes con gruesos acentos austriacos / schwarzeneggianos y las tortugas están en el caso. Pero también lo es Casey Jones y eso podría significar nada más que problemas para las Tortugas.

El intento de Krang de crear el "" Abismo de Krang "", dividiendo el portal interdimensional, sale mal. Pero sus esperanzas se escuchan cuando descubre que todos en The City escuchan la estación de radio "pirata" WOOF. Se imagina que puede usar la estación para atraer a la población de la ciudad al abismo de Krang. Mientras tanto, Michaelangelo ha sido expulsado de la Guarida por escuchar la música de WOOF. Shredder, Rocksteady y Bebop viajan a la superficie de la Tierra a través de un módulo de transporte en un esfuerzo por localizar la estación de radio. Lo encuentran anclado en el mar en un viejo carguero abandonado y luego The Shredder, como el nuevo DJ: The Sliver, les dice a todos los oyentes de WOOF que vayan a la estación. El primero afectado por la orden de The Shredder es Michaelangelo, que camina como un zombi hacia el puerto.

El último estudio de Raphael sobre disfraces lleva a las Tortugas a intentar un rescate cuando lo confunden con un mafioso llamado "Mad Dog McMutt".

El alcalde de la ciudad anuncia el fin del crimen cuando presenta al profesor Mindbender y su último invento: LEX, un agente de policía robótico. En poco tiempo, LEX libra las calles del crimen. Tanto es así, que las Tortugas deciden tomarse unas vacaciones y abandonar La Ciudad, todo salvo por Leonardo, que teme que pueda haber algunas cosas que LEX no pueda manejar. Ahora con todos los criminales más importantes tras las rejas, el Profesor Mindbender hace algunos ajustes a LEX para que ahora pueda perseguir delincuentes menores por poco tiempo. Y su primer arresto es de Leonardo y April, su crimen: ¡ir de excursión! Sin embargo, cuando LEX es llamado para otro arresto, April y Leonardo huyen y se convierten en fugitivos buscados. De vuelta en la Guarida de las Tortugas, Leonardo intenta sin éxito contactar a las otras Tortugas. Pero encuentra una pieza del equipo de Donatello que le da una idea: encontrar a REX-1, su viejo amigo, el policía robótico.

Zach, el joven amigo de las tortugas y la quinta tortuga honoraria, está enamorado de los cómics, especialmente "" Los invasores alienígenas "" ... pero el niño ha "" llorado lobo "" con demasiada frecuencia, ya que parece ver extraterrestres en todas partes . Zach "" retira "" su disfraz de tortuga cuando sus padres lo inscribieron en la Academia Militar Ten-Hut, donde esperan que aprenda algo de disciplina y viva en el mundo real. Pero después de que llega Zach, descubre que todos sus compañeros cadetes son zombis gracias a dos extraterrestres: Wingnut y Screwloose, que se disfrazan como el Coronel Clout y el Sargento Rambo. Wingnut y Screwloose planean conquistar la Tierra usando su "" Cambiador de Mentes "" en los jóvenes cadetes. Zach llama a la policía cuando Wingnut y Screwloose desatan una cucaracha robótica en la ciudad, pero no le creen. Los únicos que podrían creerle son las tortugas, pero es capturado antes de poder convencerlos de que está diciendo la verdad.

Krang envía a los Polarisoides una invitación para visitar la Tierra, solo los Polarisoides piensan que la "" invitación "" es de las Tortugas. Parece que Krang quiere hacerse con la cámara de los Polarisoides, la que literalmente captura a sus sujetos dentro de la cámara. Krang ha retenido una de las "películas caseras" de Polarisoids y la ha adaptado para que cuando se reproduzca en la cámara de los Polarisoids, desate a todos los alienígenas terroríficos que los Polarisoids han "grabado en video" en sus vacaciones a través de las galaxias. . Krang cree que estos extraterrestres viciosos mantendrán ocupadas a las tortugas para que pueda tomar el control de la ciudad. Cuando los Polarisoides localizan a las Tortugas sorprendidas, no tienen más remedio que invitarlas a su guarida. En el camino, Shredder llega y roba la cámara Polarisoids. Inserta la cinta "" manipulada "" de Krang y desata un monstruo alienígena que, fiel a su forma, ataca a las tortugas.

Mientras las otras tortugas se van al Planetario local para ver el cometa de O'Malley, Michaelangelo se va al Museo de Historia Natural con April O'Neil para la inauguración de la momia de Ahmed Turt-el. En la puerta principal, April y Michaelangelo son advertidos de la antigua maldición por un egiptólogo, Sir Percival y su sirviente Casbah. April y Michaelangelo no les hacen caso y entran al museo. Apenas se abre el sarcófogo, cuando se apagan las luces. El fantasma de Osiris se revela y un precioso rubí, el Ojo de Tortuga, es robado de la tumba, junto con April. Mientras Michaelangelo intenta contactar a las otras tortugas sin éxito, April es entregada a la casa de Sir Percival, que es una réplica de la Esfinge en el sitio de la antigua Feria Mundial. Aquí Percival detalla su plan para aprovechar el poder del Comentario de O'Malley con Ruby Eye Turtle.

Después de enfrentarse con el dúo mutante de toro y topo Groundchuck y Dirtbag, las Tortugas y sus nuevos enemigos son llevados a Shellri-La por un "Turtleoid" alienígena llamado Kerma, donde nuestros héroes deben ayudar a defender su planeta de un dragón de dos cabezas llamado Herman El horrible.

Con Herman the Horrible derrotado y expuesto como dos delegados renegados de Turtleoid en Shell-Ri-La, las Tortugas regresan a la Tierra, donde deben destruir el nuevo Technodrome Mark II de Shredder y luego derrotar a Chrome Dome.