Dans le cadre de son dernier plan, Krang fait venir sur Terre le général Traag de la Dimension X pour distraire les Tortues, tandis que Krang tente de faire tourner un laser sur la glace et de libérer le Technodrome de sa prison au pôle Nord. Pendant ce temps, Donatello apprend un nouveau mouvement de combat, le Wu Wei, où un ninja retourne l'attaque de son adversaire contre lui sans action.

Irma obtient des pouvoirs super magnétiques et commence à combattre le crime.

Michaelangelo transforme accidentellement ses frères en enfants de cinq ans avec le "rebibificateur de nourriture" de Donatello (une machine qui rend la nourriture vieille et pourrie à nouveau fraîche), tandis que Shredder, Rocksteady et Bebop volent des ballons météo et des réservoirs d'hélium.

Un mystérieux ninja vole une épée puissante qui appartenait à son ancien maître ninja afin de tester l'esprit ninja des Tortues.

L'amie des Tortues, Kerma, est poursuivie par un destroyer à cause d'un problème dans ses capteurs. Le destroyer était censé traquer un pirate de l'espace nommé Nerma, mais le problème l'a fait apparaître comme Kerma.

Un hors-la-loi galactique vaniteux nommé Shreeka cherche à récupérer l'anneau de pouvoir que Krang lui a pris. Le problème est qu'April a maintenant l'anneau.

Une machine fait en sorte que la Terre se rapproche du soleil. Foster, le neveu incroyablement intelligent de Vernon, aide les Tortues dans leur aventure.

La toute dernière invention de Donatello, le casque "Dream-o-Vision", fait que Michaelangelo et Leonardo sont coincés dans un monde de cauchemars & le repaire est terrorisé par une personne ressemblant à Freddy Krueger.

Les Tortues aident un homme au visage défiguré (qui était en fait de la peinture séchée) à empêcher un braquage de banque.

Slash, la tortue mutante maléfique, revient sur Terre depuis l'espace avec un QI considérablement accru et un pistolet à rayons qui transforme les humains en tortues. Il a l'intention de régner en tant que Tortue Suprême, mais il devra pour cela passer outre les Tortues Ninja des Teenage Mutant.

Leonardo se perd en suivant un signal de détresse tandis que Krang invente un "Hyper-Thruster". Krang essaie de faire sauter la Terre de son axe et de faire fondre la glace. Le Technodrome n'est pas au fond de la mer, mais au pôle Nord.

Les tortues tentent de résoudre le mystère d'un serpent disparu, mais Leonardo a peur des serpents. Un scientifique qui a eu un accident dans un laboratoire de venin de serpent et s'est transformé en serpent tente de transformer la ville en marécage.

Michaelangelo achète un perroquet et le nomme Ditto, bien que l'oiseau appartienne en réalité à un criminel qui recherche une clé rare autour du cou de Didon, car le rubis Gulubi, la pierre précieuse que le voleur a dérobée, se trouve dans un coffre-fort que seule la clé peut ouvrir.

L'altérateur de personnalité de Donatello rend Raphael trop gentil pour se battre. Un savant fou l'utilise pour rendre tous les policiers gentils afin que ses robots puissent voler de l'argent et des bijoux.

La tante d'April aide les Tortues à empêcher un savant fou de construire un dispositif apocalyptique.