Krang envoie Shredder, Bebop et Rocksteady transformer la Tour Eiffel en géant électromagnétique, afin d'attirer le technodrome sur Terre. La cérémonie du 14 juillet tourne à la catastrophe. Les Tortues, cachées dans les égouts de Paris interviennent...

Krang et Schredder entreprennent de recouvrir Paris de rouille. Privée de ses armes et de ses chars, en métal, l'armée française est bloquée. Ils enlèvent April, dépêchée en France afin d'écrire un article sur les nombreuses pannes d'électricité dans Paris, et proclament leur volonté d'être les maîtres du monde...

Dans les Alpes autrichiennes, Krang prévoit d'utiliser sa nouvelle invention pour faire fondre les glaciers alpins et inonder les villages de faible altitude.

Les tortues s'initient à l'art de la Renaissance sous la conduite de Splinter, en plein Venise. Elles ignorent que, depuis leur astéroïde, Krang et Shredder les surveillent...

Les tortues apprennent que de célèbres tableaux italiens ont disparu bizarrement. Les voleurs sont un couple de Lukrons, des touristes extra-terrestres bien peu sympathiques qui s'emparent de tout objet d'art indigène afin de le revendre dans la Galaxie de l'art...

Les Tortues et Splinter arrivent à Lisbonne, au Portugal, juste à temps pour la course annuelle des taureaux. Pendant ce temps, Shredder et les mutants vont utiliser la nouvelle loupe de Krang pour réduire la ville en cendres en utilisant la puissance du soleil, à moins que les Tortues ne puissent les arrêter.

Les TMNT et Splinter se rendent à Dublin, capitale de la République d'Irlande, terre de mythes et de légendes. Pendant ce temps, Shredder, Rocksteady et Bebop utilisent le Transcharmeur Arc-en-ciel de Krang pour transformer tous les animaux mignons et à fourrure de Dublin en bêtes vicieuses.

Shredder prend possession de l'épée mythique Excalibur et se proclame "Roi Shredder". Les Tortues, ainsi que Merlin, doivent la lui reprendre, sinon l'époque médiévale se confondra avec le monde moderne.

Les Tortues et Maître Splinter se rendent à Athènes, en Grèce, tandis qu'April et Irma achètent une mystérieuse amulette à un vendeur de marché aux puces. Malheureusement, Krang et Shredder ont repéré d'énormes relevés de puissance directement sur le collier d'April, qui la transforme lentement en reine de la mythique cité sous-marine d'Atlantis.

Les Tortues font un voyage sur le célèbre Orient Express qui relie la Gare de Lyon à Paris, en France, à Istanbul, en Turquie. Mais Shredder est également à bord et prévoit d'utiliser le nouveau Super Charger de Krang pour lancer l'Orient Express dans le plus grand champ de pétrole du monde.

Les tortues sont à Oslo et assistent à une conférence sur l'énergie non polluante lorsque la salle des débats est assaillie par des Vikings des temps modernes. Ils dérobent les cartes du professeur Svensen qui a découvert de nouvelles mares volcaniques souterraines...

Après avoir fait l'expérience d'un saut dans le temps avec une horloge atomique, les Tortues se retrouvent en 1890, où elles rencontrent le célèbre détective Sherlock Holmes et son assistant, le Dr Watson, sur la piste du professeur Moriarty, qui a volé l'horloge atomique avec l'intention de régir le futur. Les Tortues doivent récupérer l'horloge atomique avant que Moriarty ne l'utilise pour changer l'histoire et se proclamer empereur du monde.

Après avoir été frappé par un rayon laser lors d'un combat contre Shredder, Donatello change de personnalité et devient un super-héros costumé connu sous le nom de Dark Turtle. Sa mission : Rechercher et détruire Shredder. Pendant ce temps, une race extraterrestre ressemblant à un dinosaure, les Triceratons, envahit la Terre.

Un petit être extraterrestre, nommé Quirx, s'écrase sur la Terre, avec des stormtroopers intergalactiques à sa poursuite. Les Tortues doivent trouver un moyen de ramener Quirx sur sa planète d'origine, avant que la Terre ne soit détruite.

Shredder utilise une machine à remonter le temps pour voyager dans l'ancien Japon en l'an 1583. Il prévoit de vaincre Hamato Koji, l'homme qui a fondé le clan Foot, et le grand ancêtre de Splinter, car si Hamato Koji est vaincu, alors Maître Splinter ne serait jamais né et les Tortues resteraient à jamais de simples tortues.

Deux condamnés de la Dimension X sont amenés sur Terre lorsque le générateur de portail portable de Donatello fonctionne mal. Malheureusement, Vernon et Irma sont transportés au pénitencier de la Dimension X à leur place. Les Tortues doivent vaincre ces condamnés et sauver Irma et Vernon.

Alors que le sensei de Splinter, Mogo-san, est en visite à New York, une bande de ninja criminels, connue sous le nom de Black Heart Gang, terrorise la ville en commettant des crimes. Le petit-fils de Mogo-san, Yoku, est leur chef. Les Tortues et Splinter doivent empêcher Shredder et le Black Heart Gang de voler des cartes secrètes de sites de missiles nucléaires.

Dans le but de vaincre les Tortues une fois pour toutes, Shredder réunit Leatherhead, Tempestra, Scumbug, Chrome Dome, Antrax, The Rat King et Slash pour former une équipe qui s'avère trop difficile à gérer pour les Tortues seules.

Les Neutrinos reviennent et aident les TMNT à garder une nouvelle invention hors des griffes de Krang.

Kerma, la tortue de l'espace, revient une fois de plus pour demander l'aide des Tortues pour programmer les nouveaux robots de défense de sa ville, mais Groundchuck et Dirtbag sont également revenus en ville pour semer le trouble.

Baxter Stockman et son ordinateur extraterrestre reviennent sur Terre des limbes dimensionnels et prennent possession du canon à rayons rétro-mutagène de Shredder. Après avoir volé les essences de divers insectes et arachnides, il les utilise pour transformer les gens en insectes et arachnides mutants. Les Tortues doivent combattre les créatures et ramener les gens à la normale.

Les Tortues découvrent une cité atlante, non pas dans la Grèce antique, mais dans les temps modernes. Après avoir rencontré Merdude, qui est en réalité le véritable roi de l'Atlantide, les Tortues doivent vaincre Shredder et détrôner Bebop, qui a été mis en place comme un roi fantoche.

Après une tentative infructueuse de capture de Razar et Toka, les Tortues retournent au repaire pour voir l'excentrique milliardaire, A. J. Howard, débiter son idéologie et sa haine des mutants sur les ondes. Il termine sa missive en présentant Dirk Savage, un chasseur de mutants, et en annonçant un numéro 800 pour que les téléspectateurs puissent signaler leurs observations de mutants et commander leurs bracelets DOWN WITH MUTANTS. Les premières victimes de Dirk Savage sont Napolean Bonafrog et Ghengis Frog, les copains des tortues dans les Everglades, victimes d'une mauvaise organisation des vacances. De retour au repaire, Splinter suggère que si Dirk Savage est leur plus grand ennemi, il pourrait bien être leur plus grand allié.

Krang fait des copies de lui-même et les lâche pour attaquer les tortues.

Un nouveau parc à thème a ouvert ses portes avec des attractions sur le thème du Shogun, du Moyen Âge et du Futur. Les Tortues sont invitées à essayer les attractions, mais lorsque les robots du parc commencent à jouer les durs, les Tortues ont de gros problèmes.

Après avoir ramené le Technodrome à la surface, Shredder et Krang piègent les Tortues et les envoient dans la Dimension X où elles deviennent des esclaves. Pendant ce temps, Shredder et Krang sont de retour sur Terre et tentent de s'emparer du monde.