这一季的故事发生在上一季的3年后。这一季里，托尼（卡洛斯·博纳德 Carlos Bernard 饰）和米歇尔（蕾可·艾尔丝沃斯 Reiko Aylesworth 饰）结婚了，并且成为了CTU的主管，而杰克（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）的女儿金姆也加入CTU成为了一 名情报分析员。剧情由一具被扔在洛杉矶卫生中心外并感染了致命病毒的尸体开始。一个墨西哥毒枭为了让美国政府释放自己的哥哥，以致命病毒为恐吓。杰克也因此又踏上了反恐调查之路。而这一季里面，杰克的调查并不顺利，为了打入毒贩内部，杰克不惜染上毒瘾，这导致他在调查中困难重重。而白宫方面，获得连任的鲍尔默总统（丹尼斯·海斯伯特 Dennis Haysbert 饰）康复后身边多出了一位私人医生女友，而总统的弟弟韦恩成为了他的得力助手，在连任压力面前，又要化解这场生化危机。总统还能像前几次那样给予杰克强有力的支持吗？

第3季（2003－2004）發生在上一季3年之後。中心劇情為：恐怖份子將一種生化武器在洛杉磯散布開來，同時總統正在為第二任競選準備。主要支線：帕默總統在爭取連任，但捲入致命醜聞之中；反恐局內部人員的複雜關係（包括東尼·艾美達與戴斯勒、蔡斯·愛德蒙斯與琴·鮑爾的羅曼史）；傑克·鮑爾為戒毒癮的痛苦精神掙扎。

Třetí série se odehrává tři roky po druhé. Bývalý agent Stephen Saunders se snaží vydírat Spojené státy hrozbou vypuštění viru Cordilla, pokud nesplní jeho podmínky. CTU se ho snaží dopadnout. V průběhu série se Jack znovu setkává s Ninou Myers a bezvládně ležící na zemi ji zabije. Jack Bauer a jeho nový kolega Chase Edmunds nakonec zabrání provedení Stephenových plánů, ale v závěru seriálu je Jack nucen useknout Chasovi ruku, protože mu na ni jeden z teroristů dokázal připevnit nádobu s virem. Chase je přítelem Jackovy dcery Kim a celá série končí pohledem na Jacka, který pláče v autě.

Tre år er gået, Jack Bauer er ved at gå i hundende. Palmer er præsident og verden er truet af et angreb med biologiske våben. ”It’s just gonna be another one of those days.” siger præsident Palmer. Og det er allerede inden han kender til den biologiske terrortrussel, der kan få uoverskuelige konsekvenser for hele den menneskelige civilisation.

The third season is set 3 years after season two. It takes place primarily in Los Angeles but also in northern Mexico when Jack Bauer meets a family of drug dealers. Throughout the day, Jack Bauer and President David Palmer attempt to stop the release of a deadly virus by Stephen Saunders – a former government agent.

Jack Bauer vient de terminer une opération d'infiltration dans le puissant cartel de la drogue mexicain des Salazar qui a permis l'arrestation de son chef Ramon Salazar. Cependant, Jack apprend que le frère de Ramon, Hector, s'apprête à s'emparer d'un dangereux virus mortel. Il décide alors de monter une ambitieuse opération secrète afin de s'emparer du virus.

Von Drogensucht geplagt, muss Agent Jack Bauer Terroristen unbedingt davon abhalten, in Los Angeles ein tödliches Virus in Umlauf zu bringen.

שלוש שנים לאחר אירועי העונה הקודמת נקרא ג'ק באוור להציל את המולדת פעם נוספת. הפעם, עליו לעצור את הקטור סלסאר, סוחר סמים מקסיקני שמאיים להפיץ וירוס קטלני אם אחיו רמון לא ישוחרר מהכלא.

A harmadik évadban, három évvel azután, hogy sikerült elhárítania a háború veszélyét három közel-keleti országgal, Jack visszatér egy egyéves titkos küldetésből, amelynek során a Salazar drogkereskedő családba épült be. Ugyanekkor egy furgonból egy biológiai fegyverrel megfertőzött testet dobnak a Nemzeti Egészségügyi Szolgálat (National Health Services) ajtaja elé. Ezután a CTU telefonhívást kap, amelyben a vírus szabadon eresztésével fenyegetnek, ha Ramón Salazart nem eresztik szabadon hat órán belül. Jack új partnere Chase Edmunds, aki Jack szintén a CTU-nál dolgozó lányával jár. Jacknek meg kell küzdenie heroinfüggőségével is, melyre a drogmaffiába beépülve tett szert.

Mentre cerca di superare la sua tossicodipendenza, l'agente Jack Bauer deve scovare i bioterroristi che vogliono disseminare un virus mortale a Los Angeles.

シーズン2から3年後のある1日が物語の舞台。生物兵器として改良された強力な病原菌に感染した死体が、ロサンゼルスにある国立衛生局の前に捨てられた。ジャックの娘・キムはCTUのスタッフとして勤務しており、同僚とともに、病原菌の出所の調査を始める。CTUでは、ある1人の青年が麻薬(ヘロインかコカイン)の運び屋として今にも動き出そうとしていることを知るが、この物質は麻薬ではなく、生物兵器の病原菌なのではないか、と疑いを掛ける。またジャックは、この生物兵器の散布を防ぐため、別ルートで犯人を特定しようとしていた。折りしもその頃、デイビッド・パーマー大統領は任期満了に伴う大統領選挙戦を控え、共和党のジョン・キーラー候補との演説会を迎えようとしていた。

Passaram-se três anos desde o dia 2 e o incidente com a bomba nuclear. Jack Bauer agora é o Diretor de Operações de Campo e está lamentavelmente viciado em heroína, enquanto Tony Almeida é o Diretor da UCT de LA. Michelle Dessler subiu de cargo, agora casada com Tony, é a segunda no comando. Kim Bauer agora trabalha na UCT, onde poderá ser vigiada de perto por Jack. Ela agora é namorada de Chase Edmunds, agente de campo e parceiro de Jack. David Palmer cumpre seu último ano de mandato, e no dia em que iria combater seu adversário nas eleições, o senador John Keeler em um debate em rede nacional, uma ameaça a segurança dos E.U.A. cresce. Um vírus modificado e letal, o vírus Cordilla, aparentemente se encontra em posse dos Irmãos Salazar, Ramón e Hector, que tem íntimas relações com atividades e grupos terroristas. O objetivo da UCT agora é impedir que este vírus permaneça no mercado ou caia em mãos erradas.

Passaram-se três anos desde o dia 2 e o incidente com a bomba nuclear. Jack Bauer agora é o Diretor de Operações de Campo e está lamentavelmente viciado em heroína, enquanto Tony Almeida é o Diretor da UCT de LA. Michelle Dessler subiu de cargo, agora casada com Tony, é a segunda no comando. Kim Bauer agora trabalha na UCT, onde poderá ser vigiada de perto por Jack. Ela agora é namorada de Chase Edmunds, agente de campo e parceiro de Jack. David Palmer cumpre seu último ano de mandato, e no dia em que iria combater seu adversário nas eleições, o senador John Keeler em um debate em rede nacional, uma ameaça a segurança dos E.U.A. cresce. Um vírus modificado e letal, o vírus Cordilla, aparentemente se encontra em posse dos Irmãos Salazar, Ramón e Hector, que tem íntimas relações com atividades e grupos terroristas. O objetivo da UCT agora é impedir que este vírus permaneça no mercado ou caia em mãos erradas.

Tres años tras lo sucedido en la 2ª temporada, Jack Bauer se encuentra luchando contra una adicción a la heroína que adquirió estando infiltrado en un cartel de la droga mexicano. Jack deberá reinfiltrase para interceptar un virus mortal que pretenden adquirir. Mientras tanto, el Presidente Palmer se prepara para su campaña de reelección.

ซีซั่นที่ 3 มีเรื่องราวเกิดขึ้น 3 ปีหลังจากซีซั่นที่ 2 เรื่องราวเกิดขึ้นที่ลอสแองเจลิสเป็นหลัก แต่ยังอยู่ทางตอนเหนือของเม็กซิโกด้วย เมื่อแจ็ค บาวเออร์พบกับครอบครัวพ่อค้ายา ตลอดทั้งวัน แจ็ค บาวเออร์และประธานาธิบดีเดวิด พาลเมอร์พยายามหยุดยั้งการปล่อยไวรัสร้ายแรงโดยสตีเฟน ซอนเดอร์ส อดีตเจ้าหน้าที่รัฐบาล

За три роки після подій Дня 2. Починається о 13:00. Намагаючись подолати героїнову залежність, Джек повинен проникнути в осередок мексиканських наркоторговців і не допустити придбання ними смертельного вірусу. Згодом Джек повинен запобігти розповсюдженню вірусу серед населення.