Antonia Scott es la mujer más inteligente del mundo, una virtud y a la vez una maldición. Su inteligencia la convirtió en la “Reina Roja” de un proyecto policial secreto y experimental. Pero una tragedia personal la apartó del servicio activo. Ahora, Jon Gutiérrez, un policía metido en líos, tiene que sacarla de su encierro para resolver un caso que pondrá a prueba sus capacidades y su pasado.

Ezequiel ha asesinado a Álvaro Trueba y ha secuestrado a Carla Ortiz, primogénitos de las familias más poderosas de España. Jon acepta ser el escudero de Antonia y, a pesar de que no han empezado con buen pie, están a punto de atrapar a Ezequiel tras una vertiginosa persecución que pone nervioso a todo el mundo. En su celda, Carla descubre que no es la única prisionera de Ezequiel.

Antonia y Jon apenas han empezado y ya tienen en contra a la Unidad de Secuestros, a Ramón Ortiz, a Laura Trueba y a Mentor, el líder en la sombra de Reina Roja. Todo el mundo miente en la investigación aunque ambos saben que lo que Ezequiel ha pedido a Ortiz y a Trueba es un reconocimiento de culpa. Pero Ezequiel va siempre un paso por delante y, ahora, su amenaza se cierne sobre Antonia.

Antonia se despierta sola frente a un mural ¿Por qué Ezequiel no la ha matado? El asesino solo quería dar un mensaje. Un mensaje que lleva a Antonia y a Jon a un taxi y a descubrir la verdadera identidad detrás de Ezequiel. La Unidad de Secuestros también ha encontrado el taxi y la dirección de Ezequiel, pero Antonia intuye que las piezas no han terminado de encajar...

Antonia y Jon saben que Ezequiel no actúa solo: le ayuda su hija. Sin embargo, no tiene sentido, han cometido demasiados errores. Solo cuando los de Secuestros van hacia una trampa entienden que no son errores. Carla Ortiz descubre la terrible verdad sobre la mujer secuestrada en la otra celda. Un error imperdonable de Jon hace que Mentor cierre la investigación y Antonia deje de ser Reina Roja.

El padre de Antonia la acusa de haber secuestrado a su propio hijo y está a punto de detenerla pero Jon la ayuda a escapar. Sola y con toda la policía detrás, Antonia busca esconderse para pensar en un plan de rescate del niño. Con la ayuda de sus recuerdos, su mente, sus viejos amigos... y un disfraz, Antonia está a punto de enfrentarse la misión más importante de su vida.

Jon y Antonia vuelven a estar juntos. A contrarreloj, la Reina y su escudero tendrán que recorrer unos túneles de metro plagados de trampas y bombas. Sandra y Ezequiel los esperan, y las vidas de Jorge y Carla están en juego. Pero Antonia sabe que esto no ha terminado, Sandra no es quién dice ser, es solo la profeta de alguien mucho más poderoso, alguien que ya destruyó lo que Antonia más quería.