红岸基地的监听室内接受到了一份神秘信息：“不要回答！不要回答！不要回答！”。而翻译出这份信息的工作人员叶文洁却暗自将发射器对准了太阳。三十八年后。绵延数公里的良湘加速器基地宏伟壮观。加速器基地建成，是人类向微观物理进军的一次重大技术进步。加速器建成后的第一项实验便是验证理论物理学家杨冬的超弦模型。汪淼作为此次高能加速器项目纳米构件部分的负责人，也来到了加速器基地。一个年轻女性正在加速器旁专注验算，她似乎算出了什么，露出简单的笑，正在拍照的汪淼意外地用相机记录下了这一刻，这个女人正是杨冬。

对于汪淼的突然造访，丁仪并不意外，他喝着酒看起来十分消沉，他们谈到杨冬和她的自杀，丁仪忽然拉着汪淼打起了台球，以打台球来比喻加速器的对撞，他告诉汪淼从前人们概念中不可能发生的事情现在却真实发生了，这也解释了杨冬遗书中，物理学不存在的意思。汪淼明白，科学界出大问题了，这让他惶恐不安。丁仪回忆起，在杨冬实验失败的当晚，他们来到曼费教授的住所时，发现教授已经身亡。而在死亡现场，杨冬发现了那份早于自己实验时间的数据，惊恐万分。

惊慌不已的汪淼冲洗、拍照、再冲洗再拍照，试图找到这不可能事件的原理，底片上怎么可能会有不同数字！汪淼冲出房间借邻居相机，甚至让妻子李瑶和女儿豆豆一起拍摄验证，最终他发现这竟是一组倒计时数字，并且只有他拍摄的时候才会出现，这发现让汪淼惊恐万分。汪淼拿起相机想要去维修，开着车狂奔出小区，史强的车紧跟而上，原来他一直在监控着汪淼的行动。途中，汪淼的眼前竟突然出现了闪动的数字倒计时，他猛然踩下了刹车。

汪淼来到纳米中心，深受倒计时折磨的他显得十分憔悴，纳米飞刃的研究遇到了一些困境，他一直在试图突破，疲惫不堪的他艰难下令，暂停了实验。就在仪器都停止的那一刻，他眼前的倒计时也消失了。汪淼的心中升起怒火，他质问申玉菲，表示她别想用这点小魔术就让自己停止研究，三天后自己将重启纳米试验，同时他也向申玉菲宣战，欢迎她在更大尺度上玩弄她的把戏。申玉菲用平和、却令人不寒而栗的语气告诉汪淼：三天之后，整个宇宙将为你闪烁。

一名新媒体记者慕星故意撞上了史强的车借机攀谈，她查到了科学家自杀案，想从史强这里找线索。史强识破了慕星的把戏，直接关掉了慕星的录音笔，没有向她透露任何信息。汪淼来到了射电天文观测基站，沙瑞山接待了汪淼，但他认为汪淼所说的宇宙背景上的整体波动是不可能出现的，然而到了凌晨一点，与申玉菲约定的时间，监控仪器上开始出现了波动，沙瑞山脸上的笑容凝固了，甚至变成了惊骇。他反复确认不是仪器故障，最终所有仪器都证实——宇宙确实在闪烁！

汪淼进入三体游戏，取 ID 名字“海人”，游戏的场景是一片荒漠。在这里，汪淼遇到了周文王和他的追随者，他们背着沉重的沙漏要前往一个叫“朝歌”的地方。汪淼与二人同行，他很快了解到，三体游戏中目前处在所谓的“乱纪元”中，太阳的出生、降落、运行规律完全混乱，无法预测，极度炎热与极端寒冷随时降临，因此人们无法进行有序生产，甚至无法生存。为了应对这样的环境，游戏中的人可以随时脱水，待到稳定的“恒纪元”到来的时候再“浸泡”复活。没有发现三体世界的生存规则便无法继续，即使史强这样野外生存技能很强的人也在进入游戏后很快脱水，被迫离开游戏。于是汪淼猜测这个游戏的目标，就是运用玩家的智力和悟性，分析研究各种现象，掌握太阳运行的规律，使文明延续生存下去。

汪淼在游戏中见证的三体世界第137号文明在严寒中毁灭了，该文明进化至战国层次。文明的种子仍在，它将重新启动，伴随着游戏结束的画外音，汪淼离开了游戏。汪淼向史强分享自己游戏中的感受，真实，极致的真实让他觉得这样的设计匪夷所思，为了实现这样的真实要完成的制作难度实在难以想象。另一边，常伟思带领全球各区作战中心制定了新的目标，对各战区核心领域的顶尖科学家进行监控。一旦发现他们有被科学边界接触、渗透的迹象，立即启动保护。史强再次“偶遇”了慕星，这次这位记者的刺探更加赤裸裸，史强敏锐地感觉到慕星是个难缠的人，而更令人惊讶的是她的调查方向似乎与自己一致，在摆脱了慕星之后，史强命令徐冰冰调查这个记者。为了配合作战中心的科学家保护计划，汪淼回忆自己参与科学边界聚会的过程，提供了数名与会的科学家名单，作为作战中心将要保护的对象。作战中心对这些科学家充分调查，之后逐一沟通，单独隔离保护，力求万无一失。

常伟思审讯胡晓希，对方不以为然的态度并未激怒常伟思，反倒是几番试探下来，让常伟思更加相信自己的判断：胡晓希的刻意挑衅，不过是希望展示自己的强大，用心理战术恐吓住作战中心。实际上这个人不过只是个替死鬼，他对于背后强大力量的了解还远不及史强和汪淼等人。常伟思告诉史强，如果有人泄密，只可能是自己，因为这一保护计划只有一个人知道全部的真相，那就是常伟思自己。亦或是，对方能进入他的大脑，或者是在暗中有一双可怕的眼睛，能穿越铜墙铁壁看到一切。暗中操控一切的潘寒与申玉菲展开了激烈的争吵，对于潘寒的这些做法，申玉菲无法认同，如同潘寒无法认可申玉菲的做法一样。在潘寒看来，汪淼还活着，并且继续了纳米的研究，就是申玉菲的失败。但申玉菲则认为，他们背后的主更希望的是汪淼可以加入他们。他们虽然拥有同一个主，但是截然不同的态度在这一事件中暴露无疑。慕星没有想到，潘寒触及到了如此高的保密级别，于是再次向潘寒询问。潘寒对于慕星关于科学边界的询问避而不答，反而又一次拿出大量全球级别的资料诱惑慕星，希望她继续深入报道。

同一时间，徐冰冰走访丁仪等人，梳理杨冬死亡前的时间活动线，对杨冬的行为进行还原，让他们意外的是，在得知“物理学可能不存在了”之后，杨冬原本已经看似释怀了，她准备放弃自己理论物理的研究，投入到了居家生活中，开始与丁仪装修房子、筹备婚礼。可是这时，她却突然自杀了，这期间一定还发生了什么。史强敏感地回忆起杨冬的母亲叶文洁从未提及女儿的变化，他认为这不符合常理，于是建议汪淼去找叶老师聊聊。就在这时，叶文洁向汪淼发来求助。汪淼受邀，给叶文洁的学生进行一场应用物理方向的讲座。结束后，两人谈到了叶文洁年轻时参加的一些项目，目前仍然是未脱密的。面对汪淼的好奇，叶文洁并不遮掩，说起了那段经历。年轻的叶文洁响应国家号召，知青下乡，到了大兴安岭。在那里，除了辛苦劳作，她还认识了《大生产报》的记者白沐霖。白沐霖正在翻译一本跟森林有关的书——《寂静的春天》。叶文洁被这本书深深地吸引，白沐霖表示受这本书中环保思想的启发，自己希望给中央写信，反映建设兵团在大兴安岭建设中的种种不负责任的破坏自然的行径。叶文洁欣赏白沐霖的这一想法，因白沐霖干活手受了伤，于是她替白沐霖手抄了这封信。

叶文洁在大兴安岭的这段时光，按时劳作学习，虽忙碌孤独却自如自在。然而某天下午，一切都被打破了。叶文洁遭到师政治部调查。原来《寂静的春天》被定性为反动书籍，而那封由她手抄的信笺因为受到了此书的影响更是被定性为思想反动。更令叶文洁震惊的，白沐霖竟然推说这封信是她写的。叶文洁含泪咬牙，据实说出真相，有关书籍来源，且自己只不过是帮忙抄写。躲在房内的白沐霖却气急败坏地站了出来，出于恐惧，他坚持把一切罪责推到了叶文洁身上。叶文洁被这种背叛彻底击溃了，心如死灰的她被带回了师部等待处理。寒冷的小屋里，一位名叫程丽华的军官会军代表借着叶文洁被调查的机会主动向她走进，其实是为了让叶文洁供述其父亲，甚至更多无辜的人的所谓罪证。叶文洁有着其父亲叶哲泰一样的坚守和原则，即使是她的亲生妹妹叶文雪已经放弃原则，在供述的材料上签了字，她也依旧“顽固不化”，坚决拒绝这样的栽赃。汪淼被年轻的叶文洁遭遇的背叛震撼，虽然那是一个疯狂的年代，但他仍然无法想象，眼前的这位慈祥长者曾经经历过这一切。叶文洁宽容表示一切对和错只是站在不同视角观看，所有以为走到了绝境的时刻，也许离转机就不远了。

对叶文洁了解得越多，史强越觉得叶文洁复杂，让人难以捉摸，查杨冬、申玉菲、与三体游戏相关的天体物理等等方向都与叶文洁有着千丝万缕的联系。这是警察的直觉，却只是一种感觉，他现在能做的，就是调动一切资源，以汪淼为核心，继续推进三体游戏的进程。沙瑞山也主动请缨，让徐冰冰调来装具进入游戏，但他发现自己那些传统游戏的游戏经验在三体游戏中根本行不通，他和他的队友们很快就被脱水。他冷静下来，渐渐寻找游戏的主旨。但这也让徐冰冰领悟到，或许游戏是一种过滤机制。与此同时，汪淼也再次进入游戏。再次进入三体游戏，环境、植被、第一次登陆游戏时所见的金字塔都有了变化，这些都是文明变迁的标志。但是预测游戏中太阳变化的规律依旧是目标。在金字塔的塔顶，汪淼见到了墨子，他制造了巨大的宇宙模型，模拟太阳运行的规律，以此进行未来的预测。这个模型的原理基于墨子的理论：宇宙是一个悬浮于火海中的大空心球。球上有许多小洞和一个大洞，火海的光芒从这些洞中透进来，小洞是星星，大洞是太阳。三体游戏中看到的斗转星移、日升日落，都是这个大球在转动。

对于飞星，汪淼一筹莫展，他似乎距离答案只有一步之遥，却差之毫厘失之千里。史强鼓励汪淼再次请教叶文洁，徐冰冰却一眼看穿了史强在引导汪淼接近叶文洁。另一边，慕星在与潘寒的接触中果断锁定了“主”和潘寒口中的“我们”等几个关键词。她知道，潘寒背后有一个组织，而且组织非常强大，一个计划开始在她心里渐渐形成。史强上门找慕星，试图了解慕星的调查方向和内容，慕星暗示史强，要与他“一起查”。与此同时，欧洲有科学家再次遇害，全球作战中心认清现实：敌人非常强大，完全无法预测他的行为。汪淼再次请教叶文洁，她平静地跟汪淼讲述了自己之后的故事。叶文洁在那次事件后，被父亲的学生，红岸总工程师杨卫宁帮助，进入到一个叫做红岸基地的地方，这是一个保密的国防重点工程。在红岸，叶文洁先是做一些基本的设备维护工作，并且有保卫人员监督，可她并不在意，叶文洁常常在山顶俯视曾经的建设兵团，她希望在红岸待一辈子。

叶文洁在进行设备检修的时候发现了潜在的故障隐患，因而被红岸工程的总负责人雷志成政委注意到。雷志成希望把叶文洁调到红岸核心部门，替代工作人员老刘的工作，遭到杨卫宁强烈反对。因为杨卫宁知道，一旦进入核心，叶文洁就很难再离开红岸基地了，这与他当初将叶文洁带到红岸的初衷相背离。因为老刘的原因，红岸发射出现1731号设备故障，导致发射失败，管件烧毁。老刘与杨卫宁爆发激烈的争吵，叶文洁担心老刘被开除，替老刘说话，杨卫宁却说出了真相，老刘为了离开难以出科技成果的红岸基地故意装傻偷懒，甚至制造工作失误。雷志成再次提出重用叶文洁，杨卫宁以叶文洁的历史问题为借口拒绝，也让叶文洁误以为杨卫宁对自己的身份非常介怀，对自己不信任。直到此时，叶文洁仍然不了解红岸的核心为何。最终，出于大局考虑，叶文洁接替老刘的工作，进入红岸基地发射主控室。同时杨卫宁警告叶文洁不要做多余的事。进入发射主控室后的叶文洁积极工作，申请进入资料室，再次被雷志成注意到。叶文洁发现红岸发射设备的核心是无线电发射机，雷志成以“微波炉”原理对此进行解释，同时欺骗叶文洁红岸的核心是未来可以侦查和打击敌国的通信卫星。

陷入困局的汪淼跟豆豆玩游戏，却在游戏中被豆豆启发，看似复杂的题目，重要的信息就隐藏在其中，此前他只是被先入为主的想法干扰了。结合叶文洁对于飞星的阐释，汪淼改ID名为“哥白尼”，再次进入游戏。游戏中，欧洲中世纪的环境下，格里高利教皇是最高统治者，亚里士多德、伽利略等纷纷阐释自己的思想方法。而汪淼却果断提出了全新的可能性，三体世界有三颗太阳它们在相互引力的作用下，做着无法预测的三体运动，行星围绕着其中的一颗太阳做稳定运行时，就是恒纪元。当另外一颗或两颗太阳运行到一定距离内，其引力会将行星从它围绕的太阳边夺走，使其在三颗太阳的引力范围内游移不定时，就是乱纪元。汪淼的理论无法被这个世界的人所接受，即将被烧死。但也就在此时，可怕的“三日凌空”出现了。三体世界的183号文明在“三日凌空”中毁灭了。同时，游戏系统提醒汪淼，在这次文明中，哥白尼（汪淼）成功地揭示了宇宙的基本结构，三体文明将产生第一次飞跃，游戏进入第二级。汪淼由此进入了游戏的下一阶段。慕星再次大胆地接触科学边界的申玉菲，并且了解了主在申玉菲和潘寒口中的不同。慕星陷入了沉思，对于整个事件的逐渐了解让她知道，她是时候做选择了。

史强与徐冰冰上门询问申玉菲，在调查申玉菲的过程中他们发现了一个之前没有注意到的细节。申玉菲的丈夫就是一个数学家，而且常年在进行某项计算，甚至申玉菲的公司都在配合这项计算研究，而申玉菲对其丈夫的态度无比冷淡，却对其计算事业狂热憧憬。三体游戏中，计算机运行了一年零四个月后，世界出现了三日连珠的现象。三颗太阳的引力以相同的方向叠加过来，让游戏世界开始失重，随着太阳的升起，山崩地裂，海水升空，三体世界地表的一切都被吸向了太阳。第184号文明在“三日连珠”的引力叠加中毁灭了，该文明进化至科学革命和工业革命。慕星回家发现潘寒不请自来，话题直指外星文明，潘寒毫不避讳地揭露更多真相，希望争取这个几乎被自己洗脑的记者，成为自己的枪可以攻击更多人。慕星依据最近一系列的事件，选择相信史强与作战中心，于是在暗中偷取了潘寒电脑中的资料，收纳证据。

史强和汪淼赶上了那趟前往海拉尔的火车，却在此遇到刑警办案，得知这趟火车竟发生了命案，二人分析，有另一股势力盯上了申玉菲，其力量同样不可小觑，而两股势力已然开始了较量。汪淼给叶文洁打电话，叶文洁并未掩饰，说自己在齐家屯等汪淼。关闭了第三红岸基地，没有再在齐家屯久留的必要。为了申玉菲的安全，叶文洁希望申玉菲尽快离开，去安全地躲避，自己则留在齐家屯等待汪淼。申玉菲表示，暗杀事件说明自己在敌人面前已完全暴露，此刻她更应该陪在叶文洁身边。叶文洁则告诉申玉菲，当务之急是全力完成模型的计算，不要有无谓的牺牲。申玉菲听言离开。史强汪淼来到齐家屯，见到了安然无恙的叶文洁。叶文洁带汪淼参观早已废弃的红岸基地，她继续讲述了自己在红岸基地的往事。

叶文洁被调到涉及机密的监听部门后，政委雷志成表现出的器重和信任让叶文洁十分感激。相反，总工程师杨卫宁却对雷志成的安排屡屡反对，在工作中对叶文洁也是各种挑剔。直到叶文洁在杨卫宁的帮助下了解到红岸的真实情况，才看清了雷志成虚伪的欺骗。原来在红岸工作越深入，便越难离开，而了解红岸真相，意味着将永远无法离开红岸。叶文洁感动杨卫宁的苦心和好意，但依旧表示自己愿意知晓真相，留在红岸。原来红岸的真正工作，是寻找地外文明。红岸基地早在那个年代，就向外太空发射过信件，只是一直没有得到回应。一封发给全宇宙的信件随着叶文洁的声音，带两人回到了那个时代，叶文洁回忆红岸往事，平淡却又充满希望。红岸工程最高决策者超前的思维，让汪淼和叶文洁都十分感慨。同时汪淼也遗憾，如此伟大而有意义的事业却因为迟迟没有任何发现而没能继续下去，红岸的关闭是巨大的损失。叶文洁送别汪淼，表示自己在这里还要等一个老朋友。叶文洁站在往日最爱的高台下，默默看着夕阳，似乎在等待着什么。

汪淼与史强会合，交流两人获取的信息，史强依旧不信这一系列只是巧合。二人启程回京，同时让徐冰冰继续调查申玉菲的行踪。红岸基地中，叶文洁和她的朋友见面。来者是一个外国人，他就是ETO和降临派实际的领袖，伊文斯。叶文洁和伊文斯开诚布公地谈话，叶文洁作为统帅是三体组织的精神领袖，而伊文斯则是直接与三体对话的实质领导者，二人早就有了理念的分歧，叶文洁认为伊文斯并不是在传达主的意志，而是利用主来满足自己的欲望。但伊文斯却告诉叶文洁，自己很快就能证明主到底支持谁。二人约定，召开一次组织内部的大会，失去主支持的那个人，将彻底移交组织内部领导权。与伊文斯分别后，经过漫长岁月和命运洗礼的叶文洁，心中只有平静。另一边，汪淼和史强回京后，向作战中心汇报了此番的收获，整个事件也许与地外文明有关。而此时，有人报案称自己的生命遭到威胁，报案的人正是申玉菲的丈夫魏成。从数学家魏成的口述中，得知他是个厌世的天才，所以去到寺庙想找到内心的“空”。在和尚的指点下，魏成开始研究三体问题，并沉迷于解开这份难解的谜题。

在一次偶然间，前来寺庙拜佛的申玉菲看到了魏成计算三体运动的草稿，自此两人相识。魏成沉迷于三体运算，而申玉菲可以给魏成提供最好的运算硬件和生活支持，魏成接受了申玉菲的提议，他离开寺庙并与申玉菲结为了夫妻。此后他一心计算三体问题，直到潘寒威胁他停止计算，但申玉菲竟然也威胁魏成，强迫他继续研究三体问题。魏成感到生命受到威胁，只好报案向警局求援。在看守所里，魏成完成了三体模型最后的验算，并将装有三体模型的U盘交给汪淼，希望他进入游戏进行验证，三体文明和地球文明的生存和毁灭似乎都在这个关键的U盘中。汪淼带着魏成和申玉菲多年的研究成果，再次进入三体游戏世界。

面对警察的问询，潘寒淡定自若毫不慌张。很快，根据监控显示、弹道分析和血溅形态分析得出，申玉菲属实为自杀而不是他杀，潘寒无杀人罪。申玉菲是绝望自杀的，汪淼告诉史强。当所有人的焦点都集中在潘寒身上时，汪淼收到三体游戏线下聚会的通知。汪淼决定参加聚会，史强与作战中心得知聚会地点，做好万全准备。汪淼参加线下聚会，潘寒亲口告诉前来参加聚会的所有人：地球之外尚有文明，三体世界真实存在。潘寒询问道，如果三体文明要寻找新的家园，众人持何看法？汪淼谨慎地表示支持后潘寒向他伸出手，欢迎汪淼的加入。汪淼告诉史强，三体真实存在，它有着十分先进的文明，这个文明在一次次毁灭中延续了下来，并在地球上发展出了三体组织，叫做ETO。敌人竟是外星文明，常伟思收到领导的指示，做战斗准备。常伟思将情况同步给了全球各大战区，并希望大家真正的团结一致，绝对信任、共享信息。

叶文洁通过陈雪知道了这个消息，她知道，降临派出手了，如同申玉菲的死潘寒也有着不可推卸的责任，叶文洁来到寺院祭奠申玉菲。汪淼和史强从申玉菲和潘寒对待三体问题的不同态度上推测在ETO内部也有着分歧，汪淼决定继续玩游戏，而此时作战中心从U盘解密的资料中查到了游戏服务器的所在，另一边，潘寒眼见着三体服务器遭遇侵袭，他不慌不忙地关闭三体游戏服务器。正在继续游戏的汪淼收到了提醒，得知“情况紧急，《三体》服务器即将关闭，剩余时间自由登录，《三体》将直接转换至最后场景”。游戏中，汪淼得知三体世界即将起航，以十分之一光速的速度，在四百年后到达距离三体星系最近的一个星系——四光年外的另一个星系，那里是天堂一般的恒纪元。此时，作战中心气氛活跃，他们根据U盘里的信息，打击了欧洲ETO分部，并逼停了三体游戏，取得首次胜利。对此，常伟思隐隐不安，这胜利得来得太轻易了，就像被人设计好了一样。汪淼与史强同样心情凝重，三体人出发了，四百年就能到达地球，然而他们并不知道三体人是何时出发的。

此时汪淼收到了地球三体组织聚会的邮件，常伟思下令，先不要抓捕陈雪。通过种种线索汇聚，确认陈雪是ETO成员，杀害了K1303次火车上的男子与慕星，而她的身份是叶文洁妹妹的女儿，当年她被母亲抛弃，是叶文洁资助她去国外读书。所有的线索都指向了叶文洁，汪淼心情复杂。但他来不及思索，整顿好情绪，准备参加ETO大会，作战中心准备在这次大会抓捕ETO成员，常伟思命令史强负责现场指挥。叶文洁的家中，在陈雪的再次问询下，她示意发出了批准在大会中启用核弹的文件，她想在这次大会上清洗降临派。而她也在陈雪的提示下，意识到自己电脑中那些被删除的文件被人恢复过，恢复日期正是杨冬婚前回家取桦木凳的那天。叶文洁震惊不已，她意识到杨冬看过电脑里的所有资料，知晓了她隐秘的ETO身份。大会前，叶文洁来到杨冬的墓园，在这里她见到了一位同样来扫墓的人。ETO大会在一个废旧的化工厂召开，职工食堂内，聚集了众多ETO成员，大厅的中央，众人质疑潘寒为何要谋杀申玉菲，潘寒斥责申玉菲是降临派的叛徒。汪淼终于明白了ETO内部分裂的真相，潘寒身后的降临派主张让主降临地球，净化人类。

在红岸进行研究的叶文洁深知对宇宙的探索举步维艰，她提出了一个大胆的方案，利用太阳当做放大器，向宇宙中发射信号，这种恒星级别的能量比地球能够使用的所有发射功率还要强上近亿倍，这个想法遭到了雷政委的极力反对。可叶文洁的内心却并未退却，趁着一次检修故障，她飞快地实施了这个实验，却并未马上得到论证。后来的日子里，她和杨卫宁组成了家庭，而雷政委肆无忌惮地窃取着他们的研究和发现成果，外部的世界战争激烈，核武器威胁着地球。叶文洁认为人类的疯狂已达到了文明史的顶峰。直到1979年的10月21日，那一天，叶文洁接收到了来自宇宙中另一个世界的信息，它是三条重复的警告：不要回答！不要回答！！不要回答！！！

叶文洁自此知道了三体世界的存在。“到这里来吧，我将帮助你们获得这个世界，我的文明已无力解决自己的问题，需要你们的力量来介入。”雷达峰上，叶文洁冷静地敲击按键，回复了三体，也最终决定了人类未来的命运。也正是在那一天，叶文洁知道自己怀孕，成为了一个母亲。叶文洁讲述完这段历史后，大厅陷入一片静默。叶文洁告诉了汪淼因为他所研究的纳米材料可以建造太空电梯，太空电梯威胁到了主的降临，对于人类未来有着重要意义。这是基础研究所做不到的，汪淼鼓起勇气问叶文洁，杨冬到底是怎么死的？化工厂内的一切都在作战中心的监控之中，叶文洁没有回答汪淼，她无奈说道，对于强大的主而言，人类所做的一切都没有意义。这时，在常伟思的指挥下，史强带领着特战队员们冲进了会场。陈雪拿出三枚球形微型核弹，威胁作战中心放走叶文洁。作战中心再次陷入被动，关键时刻，史强选择了主动出击。面对陈雪，史强说了一句，你母亲，找到了。陈雪乱了阵脚，就在电光火石的一瞬间，史强用精准的枪法击中了核弹的引爆装置，这种小范围爆炸不会引爆核弹，但足以毁掉方圆十米。陈雪当场被炸死。

那天，叶文洁刚被告知怀孕后就被雷政委喊去谈话，雷政委发现了叶文洁接收到的三体信息，他欲独吞这份信息，想成为第一个发现外星文明的人。叶文洁的心底再次感到寒意。之后，叶文洁伪造发生故障，引雷志成去维修，唯一出现意外的是丈夫杨卫宁出现了，他执意要帮雷志成的忙。检修即将结束，叶文洁没有时间犹豫了，她掏出钢锯，锯断了绳索，而绳索之下的雷志成与杨卫宁就此坠下悬崖。史强住院，汪淼前来看望，史强故作没事地打发汪淼赶紧回作战中心跟进后续。随后，徐冰冰带来的体检单上显示，各项数值超标，史强感染了辐射。审讯室里，叶文洁说起怀着杨冬到杨冬出生后的那些日子，是她至今最宁静、遥远、丰满的时光。杨冬出生后的两年多，叶文洁接到通知，她和父亲的案件都被彻底平反，之后又收到了母校的信，说她可以立刻回去工作。叶文洁很平静地面对这一切，没有激动和兴奋，她离开了本以为要度过一生的红岸基地，返回了母校。直到离开红岸基地，叶文洁再也没有收到来自三体世界的消息。历史很快走上了正轨。但叶文洁发现人的本性以及所作所为是不会变的。叶文洁带着杨冬去看望母亲邵琳。叶文洁清楚地感觉到她们之间的隔阂，对于当年对父亲的指控，母亲从未感到过愧疚。

叶文雪已经不知所踪，叶文洁找到了当年审讯过自己父亲的三个红卫兵，约她们到当年父亲遇害的操场上谈谈。她们无人忏悔，只是叫嚣着，这一切已经是“历史了”。史强仍在医院接受检查，汪淼加入了审问叶文洁的科学顾问团，丁仪是顾问团的负责人。对于叶文洁的审问继续着。回到大学后，叶文洁来到西北一个偏僻山区考察，她得知，有一个外国人在这里种了三年的树，只是为了要拯救一种快要灭绝的鸟，这个外国人就是伊文斯。叶文洁对他来此植树的原因感到好奇。伊文斯的回答让她难忘：当救世主。伊文斯认为拯救一种鸟或昆虫与拯救人类没有区别，生命是平等的，这就是物种共产主义的基本纲领。三年后的春天，她收到了来自伊文斯的明信片，上面写着：到这里来，告诉我怎么活下去。叶文洁到达村子时，她发现伊文斯种的树几乎被村民们全部砍光。他已经彻底对人类感到绝望和厌恶。叶文洁告诉伊文斯人类文明已经不可能靠自身的力量来改善了，但现在存在着别的力量。在听完叶文洁讲述的红岸和三体世界，伊文斯向叶文洁伸出手去。伊文斯继承了巨额遗产却没有继承父业，他用这笔钱建了一艘巨轮，名为“审判日号”，也是第二红岸基地。

叶文洁说出了让在场所有人都为之震惊的回答：六年前，三体世界曾向太阳系发射了两颗质子，在两年前到达了太阳系，然后到达了地球，两颗质子是三体送来地球的一把锁。常伟思敏感地察觉这就是科学家之死的起因，答案果然如他所料。质子是用来锁死人类科学的，在三体舰队到达前的四个半世纪，因为这两个质子的存在，人类的科学将不可能有任何重大进展。听完有关叶文洁的审问，众人陷入无限的困惑。三体人送来的这两颗质子微小到几乎不存在，却又无处不在，它们就好像头顶的倒计时一样，重重地压在了人类文明脆弱的神经上。汪淼请求单独见叶文洁，叶文洁向汪淼回答了关于杨冬的疑问。杨冬真正自杀的原因是因为看到了自己电脑里的信息。汪淼不由心中一颤，原来物理学不存在了并没有击垮杨冬，而是她发现了母亲是导致这一切发生的那个人，物理学和母亲，她心中的两个支柱都倒塌了。丁仪和汪淼怅然若失，他们觉得杨冬的遗书显得更奇怪了，也许她看到了更长远的东西，他们分析两个质子到地球可以做什么，但却始终找不到答案。现在，对于作战中心来说，找到伊文斯所在的审判日号、获取与三体星有关的资料，是他们唯一的出路。

史强提出汪淼的飞刃可以切割审判日号，只要计算得当就可以有最大把握得到三体信息。这个天方夜谭的想法很快就得到众人的支持，行动的位置也确定下来，就在巴拿马运河，行动代号：古筝计划！全球作战中心携手进行了这次计划，审判日号进入了巴拿马运河，通过了布置飞刃的盖拉德水道。汪淼站在岸边，目睹审判日号被切割成了碎片，而伊文斯垄断的三体信息以及他制造这一切危机的证据也被作战中心截获。古筝行动成功，被解体的审判日的主控室里，找到了一枚硬盘，内容竟有28个G。硬盘中有一个《三体》游戏的客户端，是 ETO 根据获知的三体信息按照人类的想象制作的。游戏内，三体世界的监听站出现了1379号监听员。监听员诉说着他作为三体人第一次收到来自另一个星球的信息：“向收到该信息的世界致以美好的祝愿。通过以下信息，你们将对地球文明有了一个基本的了解”。正是红岸发出的那封介绍地球、并期待与地外文明取得联系的信件。1379号可以肯定，三体政府一定会向地球发出信息，一旦地球短时间内回答，地球的方位和距离都会暴露，这对地球来说将是不可预知的灾难。于是，被地球之美感染的他发出了“不要回答”的警示信息。

史强和汪淼继续游戏，了解三体监听站同地球的红岸基地一样，监听着来自太空的信息。同时，分布在三体世界各处的几千个监听站，也都收到了这条三体文明期待了亿万年的信息。游戏继续，时间显示已经过去八万五千三体时。元首宣布，两万三体时前，三体舰队启航，它们只知道目标的大致方向。而半个三体时前，三体收到了地球的回应，来自叶文洁的回应，地球的位置和距离被锁定。四百五十万三体时后，三体舰队可以到达地球所在的行星系，但地球文明的进化速度让三体人恐惧，为了遏制地球文明的发展，三体星人制定了三个计划：染色计划、神迹计划和智子工程。智子工程，简而言之就是把一个质子改造成一台超级智能计算机。游戏进行到这里，一切谜团都解开了，科学家自杀、太阳倒计时，这些所谓的“神迹”都是因为三体向地球发射的两枚小小“智子”。这时，作战中心观测部门传来消息，太阳倒计时消失了！沉默，没有欢腾，没有庆祝，人类陷入了更大的忧虑。作战中心所有人眼前出现了五个字：你们是虫子！那是三体人对地球人的蔑视。汪淼和丁仪喝得酩酊大醉，三体人即将到来，此时的一切都显得那么的没有意义。