Sydney spolu s Dixonem odlétá do Madridu vyzvednout kufřík obsahující skicu, která vypadá jako digitální kód, jenže nakreslenou vizionářem Milo Rambaldim v 15 století. Existují pouze dvě skici s tím, že tu první už SD-6 má a k rozluštění kódu potřebuje skicu z Madridu. O ní má zájem i konkurenční ruská agentura K-Direktoriát. Sydney se poprvé setkává, nikoliv naposled, s jejich agentkou Annou Espinosovou. Problém nastane v okamžiku, kdy SD-6 má kufřík, od něhož nemá klíč k otevření, který má zase K-Direktoriát. Sloan se dohodne s K-Direktoriátem na střetnutí jejich agentek v Berlíně ke společnému otevření kufříku...

Sloane stuurt Sydney en Dixon naar Madrid om een kluisje te stelen. In het kluisje zit een schets van vermoedelijk een cijfercode, opgetekend door de filosoof Milo Rambaldi aan het eind van de 15e eeuw. Nadat ze een spoor van artefacten van Rambaldi heeft gevolgd, staat Sydney oog in oog met haar aartsvijand, Espinosa. Intussen begint Will tijdens het onderzoek naar de dood van Daniel Hecht te vermoeden dat hij verzeild is geraakt in iets wat groter is dan alleen een toevallige moord.

Sydney's life is in mortal danger as she is sent to Madrid to retrieve a 500-year-old sketch that contains a set of numbers and meets up with her deadly nemesis, K-Directorate agent Anna Espinosa. Meanwhile, Will delves deeper into the cause of Danny's death and discovers a very strange anomaly.

La vie de Sydney est en danger quand elle doit aller à Madrid, retrouver un parchemin de 500 ans avec une série de chiffres et rencontre l'agent du K-D, Anna Espinosa. Pendant ce temps, Will cherche la cause de la mort de Danny et découvre une anomalie très étrange.

Sydney und Dixon sollen in Madrid eine Kiste mit einem digitalen Code klauen. Diesen Code hat vor 500 Jahren der Wissenschaftler Milo Rambaldi erschaffen. Obwohl die russische Agentin Anna ebenfalls hinter dem wertvollen Gut her ist, gelingt es den zwei SD-6 Agenten, den kleinen Kasten in die LA-Zentrale zu bringen. Sie können ihn jedoch nicht öffnen, denn ein eingebauter Mechanismus würde den Code zerstören.

סידני נשלחת לגנוב מידיו של דיפלומט ספרדי קוד שנכתב במאה ה-15, המהווה מפתח להמצאה מהפכנית. בינתיים, אירגון מחתרת רוסי שולח אף הוא סוכנת במטרה לגנוב את הקוד.

Sydney az SD-6-tal megpróbálja nyomon követni a Milo Rambaldi középkori filozófus nevéhez fűződő műtárgyaknak a sorsát, ám egyszer csak esküdt ellenségével, Anna Espinósával találja szembe magát. Willen elhatalmasodik az érzés, hogy a Daniel Hecht halála utáni nyomozásával valami nagyon súlyos ügybe keveredett.

Sloane invia Sydney e Dixon a Madrid per recuperare un codice, al quale però è interessata anche un'agente russa, rivale di Sydney. Will continua ad indagare sulla morte di Danny, mentre Francie ha dei problemi con Charlie, il quale potrebbe avere una relazione con un'altra donna. Michael Vaughn è stato sostituito.

슬론은 시드니와 딕슨을 마드리드로 보내 한 자물함을 훔치는 임무를 맡긴다.

Syd tras escapar a duras penas de El Cairo con la ayuda de la CIA, Sydney ha de lidiar con sus estudios, los cuales está descuidando demasiado debido a lo absorbente de su trabajo secreto (lo cual no le sirve de excusa).

En la reunión informativa, Sloane hace saber a los agentes que el artefacto que Sydney recuperó en Taiwán no ha podido ser comprendido pero lo que se sabe es que fue diseñado por un hombre llamado Milo Rambaldi en el siglo XV. Debido a este misterio, Rambaldi se convierte en la primera prioridad del SD-6.

La siguiente misión del SD-6 encamina los pasos de Sydney y Dixon a Madrid, donde han de recuperar un código cifrado que posee un coleccionista español. Además de robarlo han de evitar toparse con la antítesis de Sydney, Anna Espinosa, una agente del Directorio K, la agencia rusa homónima del SD-6

Al recibir su contramisión por parte de Vaughn, le informa a Sydney de que ha sido relevado como su enlace en la CIA y que a partir de ese momento otra persona se encargará de proporcionarle las misiones.

Tras una ardua pelea con Anna, Sydney consigue escapar con la caja, pero al llegar a Los Angeles, Marshall es incapaz de abrirla y tiene miedo a forzarla ante la posibilidad de que exista algún tipo de mecanismo de seguridad. De este modo, sabiendo que el Directorio K tiene la llave, Sloane acuerda un encuentro entre Anna y Sydney en Berlín para proceder a su apertura.

En casa, Will sigue dándole vueltas a la muerte de Danny y trata de conseguir los videos de las cámaras de tráfico del barrio de Danny. Sin embargo, las cámaras de un kilómetro a la redonda de la casa de Danny estuvieron inoperantes precisamente esa noche. Francie, por su parte, descubre una caja de cerillas con el nombre de otra mujer entre las pertenencias de su novio, Charlie.

Por otro lado, Sydney tiene una reunión bastante desagradable con su nuevo enlace y deja claro que si nó trabaja con Vaughn se acabará su cooperación. Cuando le dicen que es un agente de bajo rango, ella lo tiene claro: que lo asciendan.

En Berlín Anna y Sydney (conectada por satélite con la CIA) proceden a abrir la caja pero cuando lo hacen, sus caras muestran sorpresa y horror mientras la caja emite un sonido extraño.