Sydney s Annou otevřely kufřík, zapojila se však sekvence zničení jeho obsahu. Je to 500 let starý binární kód, který si musí Sydney před jeho zničením zapamatovat. Kód představuje zeměpisné souřadnice kostela v Malage ve Španělsku. V kostele se nachází zlatý okrouhlý krystal. Marshall provede jeho analýzu a zjistí, že se jedná o syntetický polymer, který vymyslel sám Rambaldi. Pokrokové vynálezy proroka z 15 století se najednou stávají součástí větší záhady...

Sydney en Anna leren de binaire code van Milo Rambaldi uit hun hoofd. Sydney en Dixon krijgen als missie een complot te onderzoeken van terrorristen om de United Commerce Organization uit de weg te ruimen. Francie vermoedt dat haar vriend vreemdgaat, terwijl Will verdergaat met het ontrafelen van het mysterie rond de moord op de verloofde van Sydney.

Sydney and Dixon go on a dangerous case involving the safety of the United Commerce Organization. Francie confronts Charlie about his secret date with another woman, and Will continues to get closer to the truth about Danny's murder.

Sydney et Dixon vont dans une dangereuse affaire pour protéger un membre de l'OMC. Francie confronte Charlie à propos de son rendez-vous amoureux avec une autre femme et Will continue de chercher la vérité sur le meurtre de Danny.

In einer Kirche in Malaga kommt es zu einem erbitterten Kampf zwischen Sidney und der russischen Agentin Anna, den Sidney gewinnt. Dadurch gelangt sie in den Besitz einer goldenen Kristallscheibe, einem weiteren fehlenden Puzzlestück im Rambaldi-Geheimnis. Anschließend wird sie mit Dixon nach Casablanca geschickt, um dort einen Terrorakt zu verhindern.

סידני מנסה למנוע התקפת טרור על ארגון הסחר המאוחד. פרנסי חושדת שחברה בוגד בה, בזמן שוויל ממשיך לחשוף את המסתורין סביב מותו של ארוסה של סידני.

Miután Sydney és Anna kinyitja a táskát, a benne lévő anyag már el is kezdi megsemmisíteni a kódolt üzenetet, a két nőnek ezért memorizálnia kell a számsort. A kód megfejtése után kiderül, hogy Athént jelöli, azonban a kiküldött SD-6-os csapat semmit sem talál, ami Rambaldi műveire utalhatna. Sydney közös vacsorát beszél meg az apjával. Will-t továbbra sem hagyja nyugodni Danny halálának ügye. Megtudja, hogy a férfi nem egyedül utazott volna Szingapúrba, de nem is Sydneyvel, hanem egy Kate Jones nevű nővel.

Syd e Dixon si occupano di un complotto, il cui scopo è quello di eliminare l'Unione del Commercio Organizzato. Il doppio gioco di Sydney comincia a crearle dei problemi, così Michael prova a confortare la giovane. Syd e Francie scoprono Charlie, mentre sta baciando un'altra donna.

시드니와 딕슨은 UCO를 제거하려는 음모를 조사한다.

El maletín contenía una sorpresa: un mecanismo de autodestrucción junto con un papel de papiro antiguo en el cual hay un código numérico de unos y ceros, de modo que Anna y Sydney han de hacer todo lo posible por obtener el código antes de su inminente destrucción.

Las iniciales reticencias de Sydney a facilitar el código al SD-6 producen un nuevo enfrentamiento entre ella y Vaughn, que ha sido ascendido y de nuevo es su contacto, el cual le advierte seriamente que su trabajo como doble agente la sitúa constantemente en medio de un grave peligro.

Cuando el SD-6 revela el código, ahora completo, obtiene una localización geográfica, una pequeña Iglesia de Málaga en España a la cual Sydney tiene que viajar para recuperar algo llamado "Sol Dorado". En su misión se cruza de nuevo con Anna, y deben luchar para obtener el mismo objeto.

Tras concluir la misión cuatro personas muy diferentes hacen frente a sus sentimientos. Los de Jack sobre la mentira y el misterio que rodea a la muerte de su esposa, los de Sydney frente a la muerte de un amigo, los de Vaughn hacia la propia Sydney y la sospecha de Francie de que su novio Charly la engaña con otra. Mientras tanto, Will continúa la investigación sobre la muerte de Danny.

Tras una nueva sesión informativa, Sydney y Dixon viajan a São Paulo donde Sydney, camuflada en un tubo de ventilación es testigo de como un grupo de cirujanos instalan una bomba en el corazón del Premio nobel de la Paz...