Sydney je otřesena po tragédii v Německu. Chce svou pravou identitu říci Dixonovi, ale Vaughn ji přesvědčí, že by tím ohrozila jeho život. Mezitím se CIA nabourá do počítačového systému SD-6. Marshall na to však přijde a upozorní Sloana. Sloanovi je jasné, že má uvnitř SD-6 krtka.

Další mise Sydney a Dixona směřuje do Londýna. Musí získat jeden z FTL genetických zabezpečovacích zařízení - velmi důmyslnou součást kryptografického zařízení – od člověka jménem Smythe, který vlastní v Londýně galerii. Zařízení je však nastavené na jednu konkrétní DNA, a to od Garetha Parkashoffa. Ten je však mrtvý a místo jeho hrobu zná pouze jeho vrah, který je zavřený v ústavu v Bukurešti. Sydney pod maskou pacienta proniká do ústavu. Mise v Rumunsku je však složitější než se zdá, protože ředitelem ústavu je člen K-Direktoriátu...

Sydney begint te vermoeden dat Jacks verdachte activiteiten hebben geleid tot de dood van haar moeder, 20 jaar geleden, waardoor de spanning tussen hen alleen maar groter wordt. Intussen gaat Sydney door met haar werk als dubbelspion, met levensgevaarlijke missies in Londen en Boekarest voor SD-6.

Sydney goes undercover in a mental institution to get information from Shepard, a man who has been unconsciously programmed to be a deadly assassin. Meanwhile, after Sydney becomes convinced that her father was responsible for the death of her mother 20 years earlier. Will discovers the true identity of the woman who claimed having an affair with Danny and Francie is relieved to learn that Charlie is not having an affair other woman. Marshall finds the computer worm planted in the SD-6 mainframe by the CIA.

Sydney va incognito dans un hôpital psychiatrique pour avoir des informations de la part de Shepard, un homme qui a été programmé pour être un tueur endormi. Pendant ce temps, Sydney commence à être convaincue que son père est responsable de la mort de sa mère 20 ans plus tôt. Will découvre la véritable identité de la femme qui affirme avoir eu une relation avec Danny et Francie découvre que son mari n'a aucune relation avec une autre femme. Marshall découvre lui, que le virus implanté dans les ordinateurs du SD-6 a été envoyé par la CIA.

Sydney findet heraus, dass ihr Vater scheinbar etwas mit dem Tod ihrer Mutter zu tun hatte. Doch vorläufig kann sie sich nicht weiter um die Sache kümmern, denn die Arbeit fordert ihre ganze Aufmerksamkeit. In London soll sie zusammen mit Dixon einen bestimmten Decoder entwenden. Doch das entsprechende Gerät funktioniert nur mit dem DNA-Code des Benutzers, und der wurde ermordet.

סידני חושפת מידע על עברו של אביה בזמן שהיא מבצעת משימות בלונדון ובבוקרשט עבור אס-די-6.

Sydney újabb és újabb adatokhoz jut apja múltjával kapcsolatban, miközben Londonban és Bukarestben dolgozik az SD-6-nak. Will tovább nyomoz Danny halálának ügyében, miután kiderítette, hogy Kate Jones igazi neve Eloise Kurtz ismét felkeresi a nőt.

Per raccogliere informazioni da un uomo programmato, a sua insaputa, per essere un assassino, Syd va in missione sotto copertura in una specie di manicomio. Charlie dice la verità a Francie e non si tratta di un tradimento. Will è sulle tracce della misteriosa donna di Danny. Ma le cose si complicano.

시드니는 잭이 하는 일이 어머니의 죽음을 초래했다고 생각한다.

Sydney sufre un shock al ver como la fábrica de Badenweiler es destruida y Dixon ha de tirar de ella para huir de la zona, ya que se encuentra totalmente bloqueada.

De vuelta en Los Angeles, Sydney decide investigar por su cuenta la conexión entre el FBI y su padre y sus pesquisas la llevan a conocer a la viuda de un agente del FBI. De su conversación se desprende una sospecha horrible: la muerte de la madre de Sydney podría ser consecuencia de las actividades ilegales de Jack.

Y siguen las malas noticias. La CIA, a través del troyano cargado en los servidores del SD-6, estaba obteniendo mucha información sobre el SD-6 pero Marshall descubre la puerta trasera y decide cerrarla, avisando a Sloane, el cual inicia una investigació para desenmascarar al agente traidor.

Los amigos de Sydney continúan ambos con sus investigaciones. Francie descubre que Charlie no la estaba engañando sino que en realidad se estaba preparando para debutar como cantante y toda la pandilla va al local a presenciar su debut. Will localiza a la mujer que se hace llamar Kate Jones, cuyo verdadero nombre es Eloise Kurtz, y cuando va a verla, encuentra su apartamento completamente vacío y ningún rastro de la mujer.

La nueva misión de Sydney y Dixon tiene una serie de ramificaciones que implican el hecho de que Sydney deba infiltrarse en un manicomio de Rumanía donde Sydney ha de localizar a un paciente que debería indicar la sepultura de Gareth Parkashoff, para obtener su huella digital, necesaria para activar un artefacto anteriormente recuperado. Pero cuando el contacto en el interior del manicomio es asesinado, Sydney se ve atrapada como un paciente y sin posibilidades de escapar...