Vědec Markovič vymyslel technologii Helix, s jejíž pomocí se dá snadno měnit podoba člověka v jiného. To by byla mocná zbraň v rukou teroristů a jiných zločinců. CIA musí dvojníky i Helix najít a zničit.

S tím souvisí i vyšetřování, které řídí Sydney, kdy mladá agentka CIA zemře a okamžitě padá podezření na jejího kolegu a milence agenta Jima Lennoxe. Je Jim skutečný nebo jen jeho dvojník?

Sydney, Vaughn en Jack moeten onderzoeken of CIA-agent Lennox is wie hij zegt dat hij is, nadat zijn undercovermissie is mislukt. Als Sydney Lennox redt, ontdekt ze een directe link: ze hebben allebei in hun werk iemand verloren van wie ze hielden. Maar zelfs haar beoordelingsvermogen wordt in twijfel getrokken als Vaughn en Jack ontdekken dat Lennox bezig was met een techniek waarmee mensen hun uiterlijk kunnen veranderen.

Sydney, Vaughn and Jack must determine whether CIA agent Lennox is who he says he is after his deep cover mission is compromised.

L'agent de la CIA, Jim Lennox est au lit avec sa partenaire, Emma Wallace. Elle lui propose de retourner aux Iles Fidji. Après avoir donner son accord, il va prendre une douche. Emma tape un e-mail : Mission Avortée. Lennox est un ? ... Lennox l'assomme avant qu'elle ait le temps de finir le message. Il appelle Sloane pour lui dire qu'il a été démasqué ...

CIA-Agentin Emma Wallace wurde in aller Öffentlichkeit in Berlin ermordet. Sie sollte mit ihrem Partner Lennox mehr über das Projekt „Helix“ herausfinden. Sydney und Vaughn gehen dem Fall nach und finden Unglaubliches heraus: Markovic hat einen Weg gefunden, das Aussehen eines Menschen komplett zu verändern, und seine erste Testperson war Lennox. Nun existiert ein völlig identisches Double des Agenten.

ווהן וסידני מחלצים את לנוקס, סוכן סי-איי-איי, מידי מדען שהמציא מכונה לשכפול בני אדם. כאשר סידני מנסה להשמיד את המכונה בעזרת לנוקס, הכפיל שלו מתערב. בחדרה של סידני מושתלת מצלמה.

Francie-t, Sydney lakótársát megölik, és egy új lány lép a helyére, aki semmiben nem különbözik Francie-től, ugyanis módosították a génállományát. Egy tudós olyan módszert dolgozott ki, mellyel plasztikai műtét nélkül tud átformálni embereket. Ezt teszi a CIA-s Lennox ügynökkel is. Barátnőjét, aki gyanakszik valamire, megölik. Sydney deríti ki végül, hogy a két Lennox ügynök közül, akik semmiben sem különböznek egymástól, melyik az igazi.

Dopo aver sgominato l'intera rete dell'Alleanza, Sydney, Vaughn e Jack devono stabilire se l'agente Lennox, la cui missione sotto copertura è appena stata compromessa, dice la verità oppure sta mentendo.

시드니는 이중 스파이일지도 모르는 CIA 요원을 보호한다.

En Berlín, dos agentes de la CIA están haciendo planes para cuando finalice su misión. Cuando él se va a la ducha, ella escribe un correo electrónico donde dice que cancelen la misión, pero Lennox, su compañero, le golpea antes de que pueda acabar de redactarlo. Lennox llama a Sloane y éste le dice que ponga en marcha el plan. Poco después, Wallace, la compañera de Lennox aparece atada con C4 en una céntrica calle berlinesa, que más tarde explota, para el horror de la CIA, que trata de evitar la explosión mediante un enlace por satélite con la policía alemana.

Kendall explica a sus hombres que la misión de Wallace era infiltrarse en el círculo del Dr Markovic, el cual estaba desarrollando algo llamado Proyecto Hélice. La CIA cree que Lennox está atrapado en el centro de investigación, situado en el Caribe, o quizá muerto. Sydney ha de viajar con Vaughn para rescatar a Lennox y obtener los datos de la investigación. Ambos rescatan a Lennox y lo devuelven a Los Ángeles para interrogarlo. El agente cuenta como fue atrapado en el momento en que iba a pasarle la información a Wallace y queda devastado al saber que su prometida está muerta. Sydney se compadece por él, debido a que ella le pasó algo parecido con Danny, y cuando va a verla, él la besa aunque se arrepiente al momento. Dos agentes federales aparecen en el refugio para detener a Lennox y aunque éste se defiende, Sydney le convence para que se entregue, que no tenga nada que temer.

Jack informa de que el Proyecto Hélice consiste en la creación de copias exactas de otras personas a partir de su ADN y que Lennox podría ser el propio Dr. Markovic. La única manera de saber si alguien es verdaderamente quien dice ser es a través de un barrido del fondo de ojo. Para Sydney está claro que el Lennox que tienen es el verdadero, cosa que se confirma, y ambos agentes son enviados a Polonia para recuperar todo el aparataje del Proyecto Hélice. Lennox descubre que él no ha sido el primero en ser copiado sino que hay otra copia por ahí, aunque no puede saber quien es.

Vaughn recibe una llamada de una persona que dice ser el verdadero Lennox, afirmando que el tema del barrido ocular es falso y que detengan al Lennox que está junto a Sydney. El Lennox del teléfono afirma dirigirse hacia allí para destruir el laboratorio. Ambos Lennox confluyen en la zona de los laboratorios y se produce un momento de duda. El Lennox verdadero mata al falso y Sydney vuela el complejo.

De vuelta en Los Ángeles, Vaughn y Sydney charlan en la cama sobre la misión, datos secretos y comprometedores, sin saber que la otra doble, Francie, les está observando a través de una cámara que ha ocultado en la televisión de la habitación de Sydney.