En l'an 1999, un astronef étranger, sans équipage, s'écrase sur la planète Terre. Nos meilleurs chercheurs et ingénieurs passent 10 ans à la reconstruire et à étudier sa technologie spatiale très avancée, appelée Robotech.

Sous le feu dévastateur des envahisseurs, le commandant Gloval décide de faire décoller le SDF-1. Entre-temps, Rick, à bord du B-Robot, fait la connaissance de Minmay, une fille splendide et pour la sauver, il devra affronter un extraterrestre gigantesque.

Rick et Minmay apprennent qu'ils ont échoué dans une zone désaffectée du SDF-1. Ils ne trouvent aucune issue et personne à bord de la forteresse ne se doute de leur présence dans cette zone. Le temps passe lentement et cruellement pour nos deux prisonniers.

Les habitants de l'île de Macross cherchent à organiser leur vie nouvelle à bord de la forteresse géante. Cette société devra affronter la terrible réalité d'une guerre intergalactique. Le commandant Gloval doit prendre une grave décision pour assurer la survie de sa population.

Le commandant Gloval tend un piège aux envahisseurs entre les anneaux de la planète Saturne. Mais, à cause d'une panne imprévue, l'astronef terrestre risque d'être anéanti. Ce sera la courageuse Lisa Hayes qui, cette fois, résoudra les problèmes.

Après avoir atterri sur Mars, pour l'approvisionnement de l'ancienne base terrestre Sara, le SDF-1 tombe dans une embuscade des Zentradi qui ont disséminé à cet endroit des mines antigravitationnelles qui empêchent l'astronef de décoller. Une fois de plus, c'est la major Lisa Hayes qui résoudra la situation.

Alors que la seizième anniversaire de Minmay approche, Rick est appelé à se battre pour défendre l'astronef des attaques de l'armée étrangère qui continuent malgré les ordres de Britai. Rick est déchiré entre le devoir et l'envie de passer plus de temps avec Minmay.

Minmay se présente comme candidate au concours pour l'élection de Miss Macross. L'émission télévisée est interceptée par les envahisseurs qui prennent les candidates pour des guerriers et ils pensent qu'il s'agit d'une arme de dissuasion Micronienne très puissante.

Suite aux déclarations de certains Zentradi, Britai décide de capturer certains Microniens pour découvrir leurs secrets. Lisa est envoyée en reconnaissance, escortée par Rick et son équipe. Mais ils seront tous capturés par les Zentradi.

Lisa, Rick, Ben et Max, capturés par les Zentradi, sont amenés à comparaître devant Dolza, le chef suprême des armées étrangères. Mais l'interrogatoire n'apporte pas les résultats souhaités et les Microniens sont à nouveau jetés en prison. Pendant la période d'emprisonnement, les rapports entre Lisa et Rick se gâtent.

Retenus prisonniers par les Zentradiens, Rick, Lisa et Ben essayent de mettre au point un plan d'évasion pour rejoindre le commandant Gloval et l'équipage de la forteresse spatiale. Ils ont hâte de leur faire part de tout ce qu'il ont découvert.

Alors qu'ils sont à la dérive dans l'espace, les fugitifs sont enfin recueillis par des avions de reconnaissance du SDF-1. En fêtant le grand exploit, le SDF-1 s'approche de la Terre.

Après avoir reconduit sur Terre le grand astronef, le commandant Gloval écrit un compte-rendu sur les événements des deux dernières années.

Gloval et Lisa sont convoqués au quartier général du gouvernement terrestre. Le conseil n'accorde pas la permission de débarquer aux rescapés qui se trouvent à bord de SDF-1 pour des raisons de sécurité.

Gloval, rentré à bord de l'astronef, doit donner aux habitants civils et à l'équipage la nouvelle du refus du permis de débarquer. Les civils menacent de se révolter. Pendant la énième attaque des Zentradi, Rick est blessé.

Rick est à l'hôpital. Son sommeil est troublé par des cauchemars et il revit de façon dramatique l'enlèvement de Minmay. Alors qu'il tente de la sauver, il est abattu plusieurs fois mais à la fin, il réussit dans son entreprise. Il lui demande de l'épouser et il mime avec la cérémonie. Au réveil, il se rend compte que ce n'était qu'un cauchemar.

Rick est en voie de rétablissement, mais Roy, préoccupé pour son ami, persuade Minmay de lui rendre visite. Entre-temps, Miriya décide de se confronter à un pilote extrêmement valable dont Khyron lui a signalé la présence à bord de l'astronef terrestre ; elle attaque donc SDF-1. Pendant l'attaque, Roy est grièvement blessé et il meurt suite à une hémorragie.

Le commandant Gloval entreprend un voyage qui, il l'espère bien, se terminera par la réinstallation des 70 000 réfugiés échoués sur son vaisseau. Khyron décide de couper sa route et d'intercepter le vaisseau. Le commandant Gloval hésite entre son désir de sauver les citoyens de Macross et son devoir de protéger la Terre.

Pendant la bataille, les systèmes d'écran protecteur de la navette spatiale détruisent une partie de la superficie terrestre et la permission pour les réfugiés de débarquer dans l'Ontario est désormais refusée.

Pendant la transformation modulaire, Rick et Lisa se retrouvent piégés dans une partie de l'astronef. Ils ont donc le temps de mieux se connaître et de se confier leurs chagrins d'amour. Cela les fait sentir très proches.

Étant convaincus que les terriens possèdent une arme secrète, les Zentradi décident de s'en approprier avant d'exterminer leurs ennemis et, en profitant d'une attaque Dedalus, ils pénètrent à l'intérieur de SDF-1 et répandent la mort et la destruction. Kenda, Rick, Bron et d'autres soldats extraterrestres en profitent pour déserter et passer chez l'ennemi, fascinés par son mode de vie.

À bord du SDF-1, on tient une réunion pour décider s'il faut donner l'asile politique aux extraterrestres. Le commandant Gloval est favorable mais Maistroff s'oppose à lui et prétend que cette décision soit prise par le gouvernement terrestre réuni.

Lisa part pour la Terre pour confier à son père les résultats des tests de laboratoire qui prouvent la ressemblance génétique entre terriens et extraterrestres. Rick est préoccupé car il sait que Lisa pourrait ne pas revenir. En outre, il apprend par une conférence de presse que Kyle a l'intention d'épouser Minmay. Pour le consoler, son ami Max l'amène dans une salle de jeux. Là, il rencontre Miriya et il en tombe amoureux.

Miriya se rend au rendez-vous avec Max pour le tuer, mais elle est à nouveau battue. Max lui demande de l'épouser et, à sa grande surprise, Miriya accepte. Pendant la cérémonie, Gloval tient un discours sur l'alliance entre les peuples et la paix dans l'univers. Max et Miriya deviennent le symbole d'une nouvelle union, mais Dolza prépare une attaque ultérieure.

Devant le refus de ses pilotes de se battre contre SDF-1, Britai décide d'envoyer Exedore en mission diplomatique chez les Microniens. Gloval éclaircit certains quiproquos, mais entre-temps, Dolza et son armée de plus de 4 millions de navettes se préparent à attaquer la Terre et le SDF-1. Britai décide de s'allier avec les Microniens dans celle qu'il considère comme sa dernière bataille.

L'armée Zentradi s'apprête à attaquer la Terre. Britai et Exedore décident d'aider les Microniens. Pour dérouter l'ennemi, Rick demande à Minmay de chanter une chanson. Les Zentradi sont battus, mais la Terre a subi des dommages très importants.

Sur la Terre, on ne trouve plus que peu d'habitants, l'œuvre de reconstruction a recommencé et, en deux ans, surgissent les premières villes nouvelles. Lisa amoureuse de Rick, n'ose pas lui avouer ses sentiments car elle est convaincue que le capitaine Hunter aime Minmay.

Une nouvelle apparition de Minmay est au programme mais cette fois-ci le public est rare. Il y a dans l'air le pressentiment d'une nouvelle bataille pour la défense de la Terre.

L'équipage du SDF-1, commandé par Britai, essaye de rejoindre la station satellite de Robotech où les seigneurs de Robotech essayent de faire revivre Zor, le seul qui ait connaissance du secret du fluide primaire. Avant d'atteindre la station, ils auront à détruire les force étrangères de Reno, et ils y arriveront grâce à Miriya et Max, qui en leur montrant leur petite fille Dana et en parlant de mariage, arrivent à les dérouter à tel point qu'ils rendent efficace l'attaque de Britai.

Il y a des désordres importants à New Detroit City. Les habitants de cette ville, de Zentradi pour la plupart, réclament le contrôle du fluide primaire. Le capitaine Rick essaiera de sauver la situation.

Khyron arrive à enlever Kyle et Minmay et demande en rançon qu'on lui donne SDF-1. L'amiral Gloval décide de confier à Rick et à son équipe de Varitech la mission de sauvetage des deux otages. Rick se lance dans cette entreprise désespérée à la mener à bien, mais avec son attitude il montre sans équivoque être amoureux de Minmay et Lisa voit donc ainsi tous ses rêves se briser.

Claudia décide d'aider Lisa en lui racontant son histoire d'amour avec Roy Folker. Lisa comprend que si elle veut mettre un terme aux malentendus et aux équivoques, alors elle doit déclarer à Rick son amour.

Rick, après avoir donné rendez-vous à Lisa, reçoit un appel téléphonique de Minmay qui le prie de la rejoindre. Rick accepte, mais il ne parvient pas à prévenir Lisa. Kyle trouve Minmay et l'oblige à retourner à ses engagements, alors que Rick, après des heures de retard, trouve Lisa. Mais Lisa comprend la cause de son retard et le laisse tomber, furieuse. Minmay, en proie à une crise profonde, décide de quitter le monde du spectacle.

Khyron, après avoir volé le fluide primaire de la Terre, décide de lancer une attaque contre la planète. Minmay, après avoir quitté le monde de la musique, se cache chez Rick en déchaînant la jalousie de Lisa qui n'ose plus se déclarer. Rick rentre vainqueur de la bataille contre Khyron et fête Noël avec Minmay.

Minmay demande à Rick se renoncer à l'armée pour l'épouser. Rick est très indécis et il a besoin de temps pour y penser. Lisa qui désormais a compris qu'elle n'a aucun espoir avec lui, accepte la proposition de l'amiral Global et prend le commandement de SDF-2, un nouvel astronef. Suite à une énième attaque ennemie, Rick se rend compte de ne pas pouvoir quitter l'armée et d'aimer Lisa.