현금 1억 엔과 비밀유지 계약서, 초콜릿이 있으면 누구든 어떤 수술이든 하는 Dr.초콜릿의 정체는 열 살의 소녀이다. 아버지의 제자였던 테츠야와 2년 전 부모님을 살해한 범인을 찾기 위해 일본으로 돌아온다.

평범한 회사원으로 보이던 의뢰인은 막상 가 보니 평범한 회사원이 아니었고 수술을 시작하자마자 큰일이 벌어진다. 한편, 테츠야는 오쿠즈미에게 그녀가 쓴 기사에 나오는 실행범에 관해 물어본다.

테츠야는 테라시마 코이치의 친구이자 동료였던 키타자와를 배후 인물로 의심하고 함정을 판다. 그 사실을 모르는 키타자와는 의료 사고를 수습하기 위해 닥터 초콜릿에게 의뢰한다.

오쿠즈미는 모르는 사람이 보내온 사진을 토대로 닥터 초콜릿의 정체에 관한 기사를 작성하면서 고민에 빠진다. 한편 닥터 초콜릿에게 아들을 살려달라는 의뢰가 온다.

티처는 유키의 엄마에게서 배우인 니시자키 류토가 메 님을 만났다는 이야기를 듣고 니시자키를 찾아간다. 외출하는 그를 미행하는데 여자친구와 오토바이를 타고 가다 사고가 난다.

테츠야는 메 님이 경찰이라는 이야기를 듣고 오쿠즈미를 통해 경찰 내부의 정보를 듣는다. 한편, 사와이리는 수술팀에서 소외감을 느끼고 있는 길베르트에게 접근해서 유이에 관한 정보를 알아낸다.

테츠야는 멤버들에게 메파와 폭발 사고에 관해 이야기하고 츠츠미를 아지트로 데려와서 수술하려고 한다. 그 이야기를 들은 오와라이는 테러리스트를 살릴 수는 없다며 하지 않겠다고 한다.

아시유는 유이에게 연락해서 우연히 알게 된 자궁경부암에 걸린 임산부의 수술을 의뢰한다. 그렇게 해서 닥터 초콜릿의 수술팀은 다시 모이게 된다.

노다 테츠야는 유이를 데려오기 위해 키타자와의 집으로 가지만 이미 카루이자와로 떠나고 없었다. 형사인 요다의 도움으로 카루이자와의 집 주소를 알아내고 가보니 키타자와가 쓰러져 있었다.