Les Envahisseurs cherchent à s'emparer de l'amplificateur d'AEGIS. Le commandant d'AEGIS décide de faire appel à son meilleur élément, le Gate Keeper Ruriko Ikusawa. Malheureusement, celle-ci se retrouve débordée par des adversaires. C'est alors que Shun Ukiya intervient malgré lui dans la bataille...

Shun est invité à rejoindre les Gate Keepers. Mais il demande du temps pour réfléchir. Pendant ce temps, les Envahisseurs perturbent un concert auquel assiste la famille de Shun Ukiya. Ruriko est envoyée pour les combattre...

Shun et Ruriko doivent enquêter sur une recrue potentielle: Reiko Asagiri, une jeune fille qui provoque des visions chez les gens lorsqu'elle joue du piano. Shun et Ruriko en font l'expérience lorsqu'ils assistent à son concert...

AEGIS vient de découvrir une nouvelle candidate, Kaoru Konoe, qui présente d'incroyables facultés athlétiques. Mais elle refuse de rejoindre les Gate Keepers, n'y voyant pas son intérêt. Au vu des événements dont elle va être témoin, ne va-t-elle pas revenir sur sa décision ?

Shirei a décidé que l'équipe a besoin d'élire un leader. Dans le même temps, d'étranges événements se produisent dans le dortoir des filles. Les Gate Keepers mènent l'enquête, d'autant plus motivés que celui ou celle qui résoudra ces mystères pourrait bien être élu(e) lieutenant de l'équipe.

Tandis que Kaoru et Ruriko sont envoyées en mission, Shun doit prendre contact avec un Gate Keeper de l'étranger. Malheureusement, il se trompe de personne et la situation tourne au ridicule! Malgré tout, ce fameux agent étranger va s'avérer d'une aide précieuse dans la mission des filles...

Megumi Kurogane est une des élèves les plus brillantes de sa classe, mais elle n'accepte pas que Ruriko lui fasse de l'ombre. Quand leur professeur d'histoire se révèle être un envahisseur, Ruriko intervient, mais elle se retrouve en difficulté. Megumi va-t-elle aider sa rivale ?

Un nouvel et mystérieux élève a fait son apparition: Reiji Kageyama, qui semble très doué dans pratiquement tous les domaines ! Ce jour-là, au terme d'une bataille, Shun et son équipe s'aperçoivent que le dernier ennemi encore debout n'est autre qu'un Gate Keeper aux pouvoirs obscurs !

De retour de mission, nos Gate Keepers sont piégés par un nouvel ennemi, le Comte-Démon. Celui-ci, à l'aide de ses pouvoirs psychiques, compte les affaiblir en leur faisant miroiter leurs désirs les plus fous.

Un des leaders des envahisseurs, le Méca-Général, a l'intention de faire dérailler un Shinkansen, le train ultra-rapide. Les Gate Keepers entrent en action, mais la situation se complique quand ils apprennent qu'à son bord Shun est détenu en otage par le général.

Les Gate Keepers sont envoyés localiser un avion d'AEGIS descendu par les envahisseurs. Sur place, ils sont attaqués par l'ennenmi, quand soudain, une jeune et très mystérieuse Gate Keeper contrôlant la glace intervient dans la bataille...

Jim, Jun et Misato, des Gate Keepers étrangers, sont venus rejoindre AEGIS. Plus âgés et expérimentés, ils ne sont en aucune manière impressionnés par le talent de nos Gate Keepers, ce qui n'est pas sans agacer Shun et ses compagnons, qui doivent désormais leur obéir...

Pour avoir désobéi à Jim, Shun et Ruriko ressortent blessés d'une confrontation avec l'ennemi. Malgré tout, Ruriko s'engage dans une difficile bataille où même les trois aînés sont mis à mal. Shun, à bord d'un Gate Robot, va devoir lui aussi prendre part à l'action...

Au moment où Keiko Ochiai, l'assistante du commandant Shirei, doit subir un mariage arrangé, Ruriko prend conscience de ses sentiments envers Shun. De son côté, Kaoru est moins hésitante pour gagner le coeur de Shun... Comment ces demoiselles vont-elles résoudre leur dilemme amoureux ?

Pour avoir commis une faute lors d'un affrontement, Reiko s'est mis à dos toute l'équipe. Le jour où ses compagnons sont pris au piège par les Envahisseurs, l'occasion va lui être donnée de prouver sa valeur au sein du groupe...

Le fiancé d'une amie de mademoiselle Ochiai a un comportement étrange depuis quelques temps. Le commandant mène l'enquête et ses soupçons sont bientôt confirmés: ce fiancé n'est autre qu'un Envahisseur! Quand celui-ci passe à l'attaque, le commandant et mademoiselle Ochiai se retrouvent seuls face à l'ennemi...

Fei s'est prise d'affection pour un vieil homme qui lui rappelle son défunt grand-père. Malheureusement, cet individu pourrait bien être un Envahisseur, chose que Fei ne peut accepter, quitte à se dresser contre ses camarades et à les affronter...

Les Gate Keepers sont invités à une célèbre émission télé pour la jeunesse. Quelques minutes avant l'enregistrement de l'émission, Megumi découvre que le présentateur vedette est capable d'utiliser une gate noire comme Reiji...

Voici qu'arrivent les vacances de Noël pour les étudiants, mais pas pour nos Gate Keepers, car les Envahisseurs, eux, ne prennent pas de vacances! La petite soeur de Shun va tout faire pour que les Gate Keepers passent des fêtes de fin d'année dignes de ce nom...

Le père de Ruriko a été embauché sur le chantier de l'exposition universelle à la grande joie de toute la famille. Malheureusement les Envahisseurs apparaissent et le prennent en otage, fait inhabituel chez eux. Cette fois la bataille est d'autant plus importante pour Ruriko...

Nos Gate Keepers vont apprendre l'origine de la gate noire de Kageyama et comment osn pouvoir s'est perverti. Tandis qu'un rally est organisé au lycée, il va révéler toute la noirceur de ses ambitions...

AEGIS est prise d'assaut par les Envahisseurs. Repliée dans un garage, l'équipe donne son maximum pour réparer la le Gate Robot gravement endommagé. En plein chantier, une surprise de taille les attend...

L'affrontement final entre Shun et Reiji va avoir lieu. Cet événement capital pour l'avenir de l'humanité est retransmis en direct dans tout le pays. Mais Shun ne pouvait pas prévoir que cette fois, Ruriko ne serait pas forcément de son côté...