The Turtles slowly come into conflict with the Foot Clan. After their lair is destroyed by Baxter Stockman's mousers, they find a new home elsewhere in the sewers and also gain new allies in the form of April O'Neil and Casey Jones. The Turtles foil the plans of the Shredder, Hun, and Stockman on numerous occasions before Shredder offers Leonardo a peace offering in exchange for their service, citing an unknown evil they must face together. Splinter reveals the Shredder and Hun's hand in murdering his master Hamato Yoshi, and the two sides come to blows in a battle that seemingly ends in the Shredder's defeat. However, unknown to the Turtles, the Shredder survives, and after his ninjas savagely ambush and wound Leonardo, destroys April's home and believes them dead, though the Turtles, Splinter, Casey and April survive and depart for Casey's family's farm house in rural New York. After Leonardo's wounds heal and their resolve is restored, the group returns to New York to face the Foot Clan. However, after their triumph against the Shredder, Splinter vanishes, and after following a lead from a mysterious group known as the "Guardians", the Turtles discover the Utroms, an alien race hiding amongst humanity, and are unable to save Splinter from them before being teleported into space.

В каналізації Нью-Йорка живуть мутанти Черепашки Ніндзя та їхній учитель, щур Сплінтер. «Мишероботи» вченого Бакстера Стокмана нападають на дівчину Ейпріл О'Ніл, яка розкрила його злочинні наміри. Але в цей момент Черепашки Ніндзя приходять їй на допомогу і вона стає їхньою подругою. Через напад мишероботів їм доводиться перенести свій сховок до нового місця. Пізніше вони знайомляться з Кейсі Джонсом — Нічним Месником в масці, котрий стає другом Ейпріл. Потім виявляється, що Стокман працював на Шреддера, керівника ніндзя з Клану Ноги. Черепашки дізнаються про мутаген, який спричинив їхній розвиток, і створив інших, не завжди добрих мутантів. Перешкоджаючи злим намірам Шреддера зі створення мутантів і поширення мафії, Черепашки стикаються зі Стокманом, який бажає помститися їм. Нарешті їм вдається проникнути до штаб-квартири Шреддера та відтяти йому голову. Однак, Сплінтер після цього таємниче зникає.