The Turtles find themselves teleported to the alien world of D'Hoonibb, where they immediately are caught up in a war between the Triceraton Republic and the Galactic Federation. The Turtles end up on the Triceraton home world, and after saving Honeycutt, are teleported back to Earth by the Utroms. The aliens reveal themselves to be benevolent and reunite the Turtles with Splinter. In the wake of the Shredder's defeat, a gang war erupts over control of his lost territory by the remainder of the Foot Clan, Hun and the Purple Dragons, and the New York mafia, aided by Baxter Stockman. Shredder is revealed to have survived yet again, and Karai's loyalty to her father conflicting with her honor becomes a critical dilemma for her.

У пошуках Сплінтера Черепашки Ніндзя знаходять лігво інопланетян і випадково вмикають телепорт, який переносить їх до іншої галактики. Вони опиняються в центрі боротьби між Федерацією та Імперією трицератонів. Дві раси намагаються захопити професора Ханікатта, чия свідомість опинилася в тілі робота. Ханікатт винайшов телепорт, володіння яким дасть велику військову перевагу. Трицератони захоплюють робота і їхній імператор прагне дізнатися секрет телепортації шантажем. Черепашки постають перед важким вибором, але останньої миті їх повертають на Землю утроми — дружні інопланетяни, що врятували Сплінтера. Як з'ясовується, в давнину зореліт утромів розбився в Японії, перевозячи злочинця. Той утік і сконструював собі механічне тіло, ставши Шреддером. Стокман, який існує тепер як голова на роботизованій платформі, саботує пристрої утромів, дозволяючи Шреддеру вдертися до сховку прибульців. Черепашки перемагають Шреддера і той, як здавалося, гине від вибуху.