Трицератони починають масштабне вторгнення на Землю, вважаючи, що професор Ханікатт досі переховується на планеті. Ханікатт повертається на Землю, маючи намір здатися трицератонам аби запобігти руйнуванням. Ханікатта і Черепашок викрадають Сили захисту Землі на чолі з агентом Бішопом, який об'єднався з Федерацією. Трицератонський дисидент Траксимус скидає імператора Занрамона, а Ханікатт жертвує собою, щоб завантажити комп'ютерний вірус до флоту трицератонів та Федерації. Шреддер користується насталим хаосом, щоб під іменем Ороку Сакі допомогти у відбудові Нью-Йорка та збільшити свою владу.