Due to the multi-species population of the future, the Turtles are now free to move about openly and interact with everyday people. The season is lighter in tone and less violent than previous ones, with a greater emphasis on jokes.

Черепашки та Сплінтер таємниче переносяться на 100 років у майбутнє, в 2105 рік, де вони зустрічають Коді Джонса, правнука Ейпріл О'Ніл і Кейсі Джонса, спадкоємця технологічної компанії під назвою O'Neil Tech. Йому допомагає вірний робот-слуга Серлінг із англійським акцентом. Завдяки тому, що Нью-Йорк майбутнього населений різними розумними істотами, Черепашки можуть не переховуватись. Поки Черепашки та Сплінтер намагаються допомогти Коді створити часовий портал, щоб повернутися в XXI століття, їм доводиться розкривати злочинну діяльність дядька Коді, Даріуса Дана. Даріусу служать «інувасі ґунджін», воїни з пташиною тематикою зникаючих видів, але Черепашки звільняють їх з-під влади Даріуса. Інші вороги, з якими Черепашки повинні боротися, це воєначальник Канабо Ш'Оканабо та його розумний ШІ Вірал.