Ел Джей и Сара са отвлечени. Майкъл е в Сона и трябва да извади един човек от там, за да си върнат Сара и Ел Джей. На Линк му изпращат кутия, в която е главата на Сара. Благодарение на Сукре, Майк и Уистлър ще могат да избягат. Сукре става гробар на Сона. От организацията която държи Ел Джей, се опитват да измъкнат Уилстлър, като дори го карат да убие Майкъл преди да го направят. Въпреки всичко планът пропада с много жертви от страна на пазачите, след което преместват Майкъл в друг затвор заради вече вторият опит за бягство по време на неговия престой в Сона. Майкъл не е преместен в друг затвор а затворен в парник за да каже кой е наредил бягството с хеликоптери.

迈克尔为了帮莎拉顶罪进入了巴拿马最凶险的监狱——SONA，这里专门关押一些重刑犯。因为这里几年前囚犯们发生了暴乱，当地的军队已经完全撤出，剩下这里的犯人自生自灭。这时，林肯的儿子LJ和莎拉被Company的人绑架了，他们要求麦克帮助他们完成一项任务，那就是在一周内将在SONA里的澳大利亚人找到并救出来。为了心爱的女人和侄子LJ，麦克和在外面活动的林肯又开始了他们新一轮的越狱计划。

此季主題是「救贖」[5]。大部分主角都來到了巴拿馬。布魯斯已洗脫冤罪，而史考菲因謀殺罪的指控被關進了索拿聯邦監獄（Sona Federal Prison）[6]。這次輪到監獄外的布魯斯拯救入獄的史考菲。身處獄外的蘇克雷則因受脅迫而必須搭救貝里克。史考菲、馬宏、貝里克和巴格韋爾4人暫時摒棄前嫌，一起謀劃越獄風雲。他們所在的索拿監獄因暴動頻繁，已改為由犯人自治，警方只把守監獄外圍。監獄的2位黑人老大先後對他們的行動製造了麻煩。先前陷害布魯斯的黑手勢力「公司」這次逼迫史考菲去協助一位懷有機密的人物維斯勒（James Whistler）從獄中出越獄風雲，並許以重金

Michael zit weer achter de tralies, opgesloten in een gruwelijke Panamese penitentiaire inrichting die na gevangenisrellen is verlaten door de autoriteiten.

Just when they thought they were out, they are pulled back in — for the most dangerous escape ever. Season three finds Michael Scofield wrongly incarcerated in Sona, a hellish Panamanian prison where there are no rules, no guards, and no escape.

Michael, Bellick, T-Bag et Mahone se retrouvent derrière les barreaux à Sona, une prison de haute sécurité au Panama. Sara Tancredi et LJ Burrows se sont fait capturer par le Cartel. Pour délivrer son neveu et sa petite amie, Michael doit faire sortir de prison James Whistler, qui a l'air d'avoir des liens avec l'organisation. Michael doit donc organiser un nouveau plan d'évasion, mais cette fois, il n'a rien prévu, et la prison est beaucoup plus protégée extérieurement que celle de Fox River. Le chef de cette prison est un prisonnier, Lechero. Il surveille ce qui se passe dans la prison et a établi des règles que les détenus se retrouvent contraints à suivre. Car dans cette prison, il n'y a aucune police, les prisonniers sont seuls, entre eux-mêmes : les gardes se contentent en effet de surveiller le périmètre extérieur, depuis une émeute qui se serait produite un an avant l'incarcération de Michael…

Ο Μάικλ επιστρέφει πίσω από τα σίδερα της φυλακής, σε ένα εφιαλτικό σωφρονιστικό ίδρυμα του Παναμά, το οποίο εγκαταλείφθηκε από τις αρχές μετά το ξέσπασμα ανταρσίας.

מייקל שוב מוצא את עצמו מאחורי הסורגים, כשהוא נכלא בפנמה במתקן כליאה מהגיהינום שהרשויות נטשו עקב התפרעות האסירים.

A harmadik évad csak 13 epizódból áll, és szintén az előző évad fináléjától folytatódik, ahol szinte mindegyik főszereplő Panamában kötött ki, köztük jó néhányan börtönben. Michael ezúttal a Cégtől kap egy megbízatást, miszerint meg kell szöktetnie egy James Whistler nevű rabot a Sonából, egy panamai börtönből, vagy megölik Sarah-t és LJ-t. Linc pedig kívülről segíti Michaelt. Az évad során több új főszereplőt is megismerhetünk, akik egykor jó, máskor viszont rossz oldalra állnak. Az évad eredetileg ugyancsak 22 epizódból állt volna, de az Amerikai Írók Céhe (WGA) sztrájkja miatt rövidítették le 13-ra.

La terza stagione segue Michael all'interno di Sona e Lincoln al di fuori, a Panamá. Sona è una prigione che viene gestita dagli stessi detenuti, da quando, un anno prima, le guardie sono state cacciate nel perimetro esterno in seguito a una rivolta. Burrows viene contattato da Gretchen Morgan (un'agente della Compagnia operativa a Panamá), che ha rapito suo figlio L.J. e Sara Tancredi, la donna amata da Michael. Per il loro rilascio, la Compagnia vuole che Michael faccia scappare da Sona un uomo di nome James Whistler. Michael, aiutato da suo fratello e Sucre (fuori dal carcere), inizia a organizzare un piano di fuga. Quando Lincoln tenta di salvare Sara e L.J. seguendo un traccia lasciata dalla stessa Sara, Gretchen dice di aver decapitato la donna e manda a Lincoln la sua testa in una scatola. Michael e Whistler riescono infine a scappare, lasciandosi indietro altri complici, tra cui T-Bag e Bellick. Sucre viene scoperto ad aiutare i fuggitivi e imprigionato a Sona. LJ e Sofia sono scambiati per Whistler, e Michael va in cerca di vendetta per la morte di Sara.

パナマの無法地帯“SONA”を舞台に、マイケルが新たな戦いに挑む。組織の策略で再度刑務所送りとなったマイケルが、今度は赤の他人を助ける為に再び脱獄を図る。

Quando eles acharam que estavam livres, são levados para o lugar mais perigoso de escapar. Michael Scofield é preso injustamente em Sona, uma prisão panamenha infernal onde não existe regras, guardas ou como fugir.

Michael está preso, encarcerado numa aterradora cadeia no Panamá que as autoridades abandonaram depois de um motim prisional.

Michael e iar după gratii, încarcerat într-un penitenciar de coșmar din Panama pe care autoritățile l-au părăsit ca urmare a unei revolte a deținuților.

Сюжет продолжает финал второго сезона в Панаме. Хотя Линкольна оправдали, Майкл был заключён в федеральную тюрьму «Сона» лицом к лицу с убийцами. Махоуна, Багвелла и Беллика также заключили в Сону за различные преступления. «Компания» взяла в заложники Сару и Линкольна-младшего и отпустит их, если Линкольн и Майкл помогут бежать заключённому.

Люди, которые захватили в плен подругу Скофилда Сару Танкреди, подстраивают её убийство и угрожают убить сына Линкольна Эл-Джея. Братьям необходимо выполнить условия правительственных вымогателей и вывести из «Соны» загадочную личность — Джеймса Уистлера.

La tercera temporada consta de 13 episodios y es la continuación del final de la segunda temporada, donde la mayor parte de los personajes principales terminan en Panamá. Lincoln es exonerado de sus presuntos crímenes, mientras Michael es encarcelado por cargos de homicidio en la Penitenciaría Federal de Sona, junto con Mahone, T-Bag y Bellick. Michael se ve obligado a escapar de prisión nuevamente, coaccionado por La Compañía para que se fugue y entregue a James Whistler, a cambio de la liberación de LJ y Sara.

Michael är återigen inspärrad – i ett mardrömsfängelse i Panama som myndigheterna har övergivit efter ett fängelseuppror.