Teyla rađa sina i bježi sa svojim timom. Michael okupira Atlantis želeći ga uništiti. Odmetnuti Asgardi eksperimentiraju na ljudima kako bi produljili živote...

Teyla est sur le croiseur de Michael qui se dirige vers sa base qui vient d'exploser. Avec l'aide du Dédale, Sheppard, Ronon et Rodney parviennent à sauver leur amie ainsi que son bébé avant que le croiseur n'explose laissant planer le doute sur la mort de Michael. Le docteur Keller trouve le remède pour sauver le docteur Beckett qui repart sur terre pour se reposer. Richard Woolsey qui remplace le colonel Carter tente tant bien que mal de conserver son poste en gérant les crises qui surviennent les unes derrière les autres. Daniel Jackson rejoint Atlantis pour étudier les travaux d'un Ancien appelé Janus, mais il est kidnappé avec Rodney par des Asgards qui vivent dans la galaxie de Pégase et qui veulent éradiquer les Wraiths en utilisant un appareil destiné à détruire les vaisseaux Wraiths ou à les immobiliser dans l'espace. Par la suite Michael revient sur Atlantis pour enlever Teyla et son fils, mais la jeune femme parvient à éliminer son ennemi pour de bon. Quelque temps après, Atlantis apprend qu'un vaisseau ruche équipé d'un E2PZ se dirige vers la Terre. Todd, qui a informé ses alliés, leur fournit deux E2PZ pour que la cité puisse se rendre dans la Voie lactée et défendre la Terre...

Az első részekben sikerült megmenekülniük a romok alól és kiszabadították Teyla-t is Michael fogságából. A 4. részben megtalálják az űrben sodródó Deadalust ami, egy alternatív valóságból érkezett. Atlantisz új vezetőt kap Richard Woolsey személyében. Shepperdék üzletet kötnek egy Todd nevű lidérccel annak érdekében, hogy a Michael által kifejlesztett - a lidérceket normál táplálkozásra késztető vírust elterjesszék, ezért Teylát mint lidérckirálynőt bejuttatják egy kaptárba. Michael elfoglalja Atlantisz irányítótermét és a kapuszobát a Shepperdéktől lopott ugróval, végül sikerül megszabadítani a várost tőle és a hibridjeitől. A következő részben Sheppard Alezredes találkozik egy régi ismerősével (Kolya). Majd, mint azt már gyanítottuk Rodney és Dr. Jennifer Keller összejönnek és ebből lesz egy szép kis szerelem. Az első találkozás című rész után mikor Todd neki akarta vezetni a Deadalust és benne megölni így az összes embert, aki a fedélzeten tartózkodott most újra kapcsolatba lép Atlantisszal, hogy segítséget kérjen. A következő részben ismét Dr. Keller kap főszerepet, mikor a tudata kicserélődik egy másik nőével az ős terminálnak köszönhetően, pechjére a tudata egy olyan nőével cserélődik ki, akit éppen ki akarnak végezni, szóval Sheppardéknek sietniük kell, hogy meg mentsék és kikapcsolják a terminált. A következő egy földi rész mely egy kicsit más, mint azt megszokhattuk, itt nem Atlantiszon játszódik a történet, hanem itt a Földön, mindenkinek egy kicsit más a szerepe. Itt a középpontban Sheppard nyomozó áll, aki egy sorozatgyilkost akar elfogni, aki nem más, mint egy Lidérc, aki zabálja az embereket, majd mikor megtalálja, ő maga is meghal a sérüléseinek köszönhetően, de még mielőtt ez megtörténne, a Lidérc elküldi a Föld koordinátáit egy másik valóságba. Ebből indul ki az évadzáró epizód, ami már a mi valóságunkban játszódik. Ebben a részben újra beköszönt Todd, kedves barátunk, aki nem éppen jó hírrel szolgál a csapatnak. Az egyik volt „kollégája” lelőtte őt és elárulta és ellopta tőle a ZPM-jeit és most egy Zéró Pont Modullal felturbózott kaptárhajót épít, ami ha elkészül, sérthetetlen lesz. Ezt Sheppardék nem nézhetik tétlenül, így hát oda mennek megnézni egy álcázott ugróval, ami sajnos hatástalan, mert a kaptár ZPM-eknek köszönhetően látják az álcázott ugrót, úgyhogy lelövik, de még mielőtt végük lenne jön a Deadalus ami alig tesz kárt a kaptárban de a Deadalus súlyos károkat szenved. Majd a kaptár hirtelen elviharzik, azt hiszik azért mert nem akart súlyos károkat szenvedni de nem így van, azért ment el mert amit a Lidérc elküldött üzenetet a kaptár éppen fogta és most a Föld felé tart. Ezt Sheppardék nem hagyhatják így vissza mennek Atlantiszra, sajnos a többi földi hajó is megütközik a kaptárral így ők sem tudták megállítani, így az viharos gyorsasággal jön a Föld felé. Sheppardöt visszahívják a Földre, hogy segítsen, így Atlantiszt nem ő irányítja majd, hanem régi barátunk Dr. Carson Beckett. Sheppard nem sok sikerrel indít, mert a lidércek elpusztítják a széket így a Föld védtelen a támadással szemben. Sheppard feljut a kaptára az atombombával felszerelt siklójával és fel akarja robbantani úgy, hogy ö is rajta van, de akkor közbe szól Rodney, hogy ne tegye, mert ők is ott vannak a kaptáron, majd megérkezik Atlantisz, ami csatát vív a kaptárral majd Sheppardék élesítik a töltetet elmenekülnek a kaptáron lévő kapun át így a kaptár elpusztul és Atlantisz leszáll a Földre, és így Happy End-el végződik a történet. Majd ebből következik a Stargate: Extinction című film, ami arról fog szólni, hogy Atlantiszt most visszaengedik a Pegazusba, vagy sem, hiszen most már a város az egyetlen, ami meg tudja védeni a Földet bármilyen támadás ellen, és szó lesz benne Sheppard ős génjéről is, hiszen ő benne alapvetően megvolt a gén.

La quinta temporada de Stargate Atlantis comenzó el 11 de julio de 2008 y finalizó el 9 de enero de 2009 con un total de 20 episodios.