在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但冀望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。

前半为主角和女主角们之间所发生的事件，后半After story为主角和古河渚，在冈崎中学毕业之后，共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，CLANNAD就是由这三个要素所组成的故事。

Events in After Story take place immediately after the first season, following Tomoya's final semester of high school. After declaring his love to Nagisa, they begin to have a close relationship. Their life together will be faced with unexpected challenges, as the truth behind the illusionary world and the city's legend come to light.

때론 즐겁고 때론 힘겨웠던 고교 시절. 그 시간을 뒤로하고 새로운 세계와 마주하는 도모야와 나기사. 그리고 저마다 꿈을 찾아 떠나는 친구들. 평생의 동반자가 된 도모야와 나기사는 화목한 가정을 꾸려 행복하게 살아갈 수 있을까.

Inicialmente a acontecimientos que ocurren inmediatamente después de los de la primera temporada, la línea de tiempo de ~ After Story ~ se extiende durante varios años en el futuro. La temporada comienza con la siguiente Tomoya Okazaki, mientras estudiaba en la escuela secundaria y comienza su vida con Nagisa , a quien le ha profesado su amor. Como su vida en pareja comienza, Tomoya y Nagisa se casan en la graduación , y poco después, ella se revela que está embarazada.