二年前、枯れない桜が枯れてしまい、あの桃源郷のような情景がなくなってしまった初音島。柔らかな初夏の日差しを受けながら、惰眠をむさぼっていた純一は後輩天枷美春にたたき起こされ、そして風見学園では、親友水越眞子に弁当を作ってもらう毎日だった。必要以上に親切な彼女たちと、人が変わったようにはつらつとする純一。その光景は、一見当たり前のような日常であったが……。そんなある雨の日の夜、朝倉邸にフードを被った少女がやってきて――。

雨の日の夜、倒れるように転がり込んできた銀髪の美少女の名はアイシア。彼女は純一たちには読めない言葉が書かれている地図を頼りに、どこかを探しているらしい。お人よしの純一は、一緒にその場所を探してあげるのだが、それがなかなか見つからない。そしてようやく捜し当てた先とは……!?

アイシアは、ひょんなことから朝倉邸に住み込むことになった。メイド姿のアイシアは、純一に魔法を教えてもらうため、純一の身の回りの世話を一生懸命するのだった。しかし、男ひとり住む家に彼女をいさせるわけにはいかないと、眞子が自分の家に連れていってしまう。それをアイシアは、純一に与えられた試練と勘違いしてしまう。

メイドとして毎日献身的に純一の身の回りの世話をするアイシア。それもこれも、すべては純一に魔法を教わるためである。だが純一にいくら教わろうとしても、和菓子を生み出す魔法しか見せてくれない。彼が大魔法使いであると信じて疑わないアイシアは、あの手この手で純一に魔法を使わせようとする。

登校時、下駄箱前にいた純一のところまで驚くほどの絶叫がこだました。声の主はなんと美春。絶叫の原因は下駄箱に一通の手紙が入っていたことだった。はじめは困惑していた美春だが、中身を読むとバナナに反応しなくなるぐらい幸せそうに呆けてしまう。純一たちはラブレターをもらったのかと美春をはやしたて…。

2年ぶりの再会で、幸せいっぱいのふたり……のはずだったが、朝倉家に住み込んでいるアイシアを見た音夢は逆上。たちまち大ゲンカとなり、結局音夢は美春の家で一晩過ごすことになってしまう。純一も怒ってはいたが、今日の男子身体測定を音夢がすることを杉並から聞くと、心配でいてもたってもいられなくなり……。

嵐の夜、外でサイレンが鳴り響き、純一は再びケンカして出ていった音夢を探しに雨の中に飛び出していく。しかし偶然そこで見たものは、保健医昭島の車の中で彼の肩にもたれかかっている音夢を目撃してしまうのだった。翌日、音夢は何事もなかったように帰ってくるが、怒り心頭の純一とのケンカはどんどんエスカレートしてしまう。

本当のことを知った、純一は音夢と仲直りをしようと必死になる。だが、音夢はアイシアのこと、そしてお婆ちゃんとの過去が原因でなかなか素直になれなかった。何度も純一は話かけるが、まったく相手にしてもらえない。そんなふたりの仲を元に戻したいと思うアイシアは、悩んでいるうちにひとりの少女と出会う。

食堂でトレイを手に配膳口で並ぶ純一たち。するとそこに巫女姿に変身した環が現れ、アイシアをかするように破魔矢を放つ。何事かと驚くアイシア……その後環の幸運の破魔矢に関する事を聞くと、今度は環の東洋の魔法(!?)に興味を持ち始め、弟子入りするため巫女部に入部することを決意する。

アイシアは通学時、歩きながら漫画雑誌の人気作品｢魔法少女マジカルフォン｣に熱中していた。実はこれ、彩珠ななこが執筆しているである。ちょうどそのとき、ななことばったり出会うが、彼女は原稿をヤギに食べられてしまい、原稿が台無しになってしまう。アイシアは杉並とともに原稿を描ける環境を用意するが……。

純一とアイシア、今日は運よくアリスの送迎車で通学。そこでひょんなことからアイシアたちは、アリスの家に招待されることに。音夢を誘おうと病院にいくと、ちょうど音夢が担当している患者まどかが癇癪を起こしている場面に遭遇してしまう。彼女を元気づけるため、アリスとともに自分たちが演じるサーカスを見てもらおうと思いつく。

今日から待望の夏休み。音夢は久々に純一とふたりきりになれるチャンスだと思ったのだが、予想に反してアイシアは故郷に帰らないという。実はアイシアにはすでに身よりがなく、帰る理由がなかったのだった。真実を知った純一は、彼女が初音島にいられるようにすると約束したが……。

純一が企画した一泊旅行の海水浴。前日から買い物までして入念に準備していた音夢たちは、思う存分夏休みを満喫していた。2年ぶりに再会し、ようやくふたりの時間が持てるようになった音夢はこれ以上ないぐらいの浮かれよう。しかしことりは対照的に、心底楽しめていない様子だが……。

海水浴から戻ってきた純一と音夢、相変わらずラブラブ幸せな様子である。しかしアイシアは、このままではことりや眞子たちが幸せでないのではないかと悩んでしまう。意を決したアイシアは、みんなを幸せにするため、まずはことりと純一をふたりだけの状態にしようと画策する。

アイシアは今、悩んでいた。純一と音夢が仲よくしている様子をみて、その風景に釈然としない感情が芽生えてしまっていたのだ。それはことりたち全員にも幸せになってほしいという願いからくるものだった。答えが見つからないまま悶々としていると、美咲がアイシアに好きでいることの幸せについて語りだす――。

今日もアイシアは朝倉家のメイドとして、純一のために一生懸命頑張っていた。だが度々失敗もしてしまう。音夢は対照的に、純一の心の中が読めてしまうように気をきかすことができるのだった。それを不思議に思ったアイシアは、デートを尾行してその秘密を探ろうと画策するのだが……。

眞子や萌たちは朝っぱらからひとつの話題でもりあがっていた。なんと美春が、セクシーで素敵な女性に成長したさくらを見かけたというのだ。その話を聞いた純一と音夢は、その真意を探るべくさくら探しに乗り出すのだった。さくらに懐いていたうたまるを探知機に、初音島中を探し歩いてみたところ……!?

何の予告もなく、突然初音島に帰ってきたさくら。聞くところによると、なぜか胸騒ぎがした……とのことだった。しかし帰ってきたのはいいもの、2年間放置されていた芳乃家はいたるところがボロボロになってしまっていたのだ。とりあえずさくらが住める様に、みんなで掃除と修理をしようということになるのだった。

さくらが帰ってきたことで、ついに魔法を学べると喜ぶアイシア。だがさくらは魔法を教えてくれなかった。冷たく拒否されアイシアはショックを受けてしまう。しかも純一にすら理由を聞いても、ごまかされるだけで満足に教えてもらえないのだった。2年前のできごとが原因であることを知ったアイシアは――。

さくらは帰ってきて早々、宿題のノルマに苦しんでいる純一にべったりとくっいて困らせていた。手伝おうかというさくらに、一人で頑張るという純一。成長した姿を見たさくらはしきりに関心していたのだった。一方、アイシアは毎日のようにひとりどこかに出掛け、泥だらけになって帰って来ていた。その姿を気にしたさくらは……?

さくらを交えた久々の時間、萌や音夢に制服を着せたりみんなで遊んだり……しかしそこにはアイシアの姿はなかった。アイシアはさくらに魔法を教えないと言われたのが堪えたようで、さらにいま純一が幸せであるならそれで十分だという言葉に悩んでいたのだった。否定されながらも幸せは平等にあるべきと信じて疑わないアイシアは、枯れた桜の木を復活させようと試みるが……。

夏休みの終わりも近づき、みんなと宿題の追い込みをすることに。純一と音夢は相変わらずなのだが、みんなの話し方や反応はいつもと違う。なぜか純一と音夢が付き合っていないかのような発言までも……。この違和感の原因は、平等な幸せを願うアイシアにとった行動だった。それがみんなが分からないレベルで小さなひずみを生んでいたのだった――。

宿題の合宿で最初に感じた違和感……それは美春、環たちの言動にあった。その違和感は純一やさくらだけでなく、音夢や杉並といった面々まで感じ始めていた。やがて違和感は大きな不安となり、純一と音夢を包みはじめる。その時さくらは落ちてきた一枚の桜の花びらに気付き、桜の木を見上げ、すでに開いた幾つかの桜の花と無数の蕾を見つけるのだった。そしてさくらはアイシアの行っていた行動を思い出す――。

アイシアの願った世界はみんなが平等に幸せになること。その願いに応えるように、枯れた桜はもう一度叶えた――。桜の花は満開になり、初音島の風景は一変したのだ。誰もが純一に、まるで恋をしているようなリアクションを見せはじめる。みんなが幸せになるための世界とは、それは2年前の音夢と純一が結ばれる以前の状態にそっくりだったのだ。その様子にアイシアはとても満足していたのだが……。

アイシアは望んだ平等な幸せのある世界とは、音夢が妹であった、みんなが平等に純一を好きでいられた頃とほぼ同じだった。その光景を見てうれしく思うアイシア……だが、純一は音夢が好きで音夢は純一が好きなことに変わりはなく、かつてと同じく兄妹の絆が強すぎるゆえに一歩を踏み出せない苦痛を、ふたりはまた生むことになってしまう。アイシアはそれに気付き、元の世界に戻そうとする。そして――。