若き科学者で天才レーサーの本郷猛は、世界征服を企む悪の秘密結社･ショッカーに誘拐され改造手術を施されてしまう。だが、脳改造手術の直前、ショッカーに捕えられていた緑川博士の機転により脱出に成功するも、二人を追ってきた蜘蛛男の手によって博士を殺されてしまった。

選手権で優勝した本郷に花束を渡そうとしたモデルが突然牙を剥いて襲いかかってきた。不審を抱いた本郷が彼女の部屋を調査すると、そこはショッカーの人体実験室と化していた。一方、本郷が父･緑川博士を殺した犯人と信じて追って来たルリ子は蝙蝠男の毒牙にかかってしまう。

ショッカーは怪人さそり男の実験台として強制労働者たちを解放した。10分間逃げ延びれば自由の身になると知らされた労働者たちだが、さそり男の手によって次々と抹殺されてしまう。だが、ショッカーは本郷を罠にかけるため一人の老人をわざと取り逃がした。

遊園地の植物園で行方不明者が続出。姉の雪江をさらわれた健二少年は、姉が巨大なキングサラセニアンに襲われたと訴える。少年の言葉を信じて現場の調査を開始した本郷はショッカーの襲撃を受ける。

謎の地震が多発する中、本郷は幼なじみの地震学者･雨宮ちか子から「大地震を起こそうと企むものがいる」との連絡を受ける。久しぶりにちか子と再会した本郷を怪人かまきり男が襲った。本郷はちか子を守ろうするが、ショッカーに操られているちか子は、遂に核爆発による人工地震計画を完成させてしまった。

元海軍中佐の砂田がカメレオン男に襲われた。目的は砂田が所有する潜水艦の模型。そこにはナチスの秘宝に関する秘密が隠されていたのだ。だが、危機に気付いた本郷はこれを阻止し、隠されていた地図を手がかりにナチスの鉄箱を手に入れる。

落し穴に落ちた仮面ライダーは無風の密室の中でパワーを失い、本郷の姿に戻ってしまった。危機に瀕した本郷だが、ショッカーが奪った鉄箱がニセ物であることを告げ、本物のありかと引き換えに辛くも窮地を脱した。本物の鉄箱を追ってカメレオン男は大阪へ急行する。

影村めがね店でめがねを作った人が次々と行方不明になる事件を知った本郷は調査を開始。だが、囮となってめがねを作ったルリ子までもが行方不明になってしまう。めがね店の車を追跡し、ショッカーのアジトに辿り着いた本郷は、めがねをかけた人間を超音波で操り、毒ガス工場の奴隷に変えてしまう蜂女の企みを知る。

金の保管庫を襲撃したコブラ男は、ガードマン･近藤の飼い犬に吼えられ、キバを落としてしまった。キバを求めるコブラ男は近藤を襲撃、近藤の息子･武彦も人質に取られてしまったことで、本郷もショッカーの手に落ちてしまう。本郷に再度の脳改造の危機が迫る。だがその時、本郷を追って立花藤兵衛が現れた。

ショッカーの協力者である綾小路生物研究所の綾小路律子は、「動物買います」という広告で動物の血を集め、さらには動物を持ち込む人々を捕らえていた。犬を失って悲しむ少年から事件を知った本郷は、綾小路研究所へ急行する。一方、コブラ男は、用済みとなった律子を始末し、研究所の金を狙って暗躍を始める。

ショッカーはこれまでの怪人の長所を集め、怪人ゲバコンドルを作り出した。だが、ゲバコンドルには若い女の生き血が必要であり、ショッカーは教会に罠を張り巡らせると結婚式を挙げる新婦を狙った。本郷のライバルであるレーサー･滝和也は、教会での挙式の最中にショッカーによって新婦をさらわれてしまう。

殺人光線を発明してしまった白川博士は、この発明を封印しようとしていた。だが、助手の柴田が怪人ヤモゲラスに改造され、殺人光線を狙って暗躍を始める。博士は秘密を隠すために事情を明かさず、妹のペンダントに秘密を隠す。だが、ショッカーはペンダントを奪い、殺人光線デンジャーライトを完成させてしまう。

東洋原子力研究所のバリアを破るため、ショッカーは強力なキック力を持つ怪人トカゲロンを作り出した。ショッカーに襲われた滝を救おうとした仮面ライダーは、トカゲロンに敗北を喫する。だが、東洋原子力研究所を襲ったトカゲロンと再生怪人軍団の前に、電光ライダーキックを完成させた仮面ライダーが立ちはだかった。

新たなショッカーの幹部がメキシコから来日するとの連絡を受けた滝は、連絡員と合流。しかしそれは怪人サボテグロンが化けた姿だった。ショッカーに襲われる滝と藤兵衛。そこに仮面ライダーが登場し、2人は救出される。だが助かった2人の目の前に現れたのは本郷ではなく、一文字隼人と名乗る謎のカメラマンだった。

恐竜をも殺す猛毒を発するピラザウルスを手にしたショッカーは、人間と合成して改造人間を作り始めた。しかし最初の怪人は、その毒に耐えられずに死亡。ショッカーはその猛毒に耐えられる強靭な肉体を持つプロレスラー・草鹿昇を狙った。草鹿は改造人間ピラザウルスにされ、サタンマスクを名乗ってリングで暴れはじめた。

ピラザウルスは、プロレスを観戦する日本の首脳を「死の霧」で抹殺する計画に着手する。計画に気づいた隼人はサタンマスクを追跡するが、それは囮のショッカーのトレーナー・ハリケーンジョーであった。彼を滝に任せた隼人はプロレス会場へ急行。リングの上でピラザウルスのウルトラパンチとライダーキックが激突する！

ショッカーは山中にミサイル基地を作り、怪人ヒトデンジャーを警備につけた。ヒトデンジャーに襲われた少年を助けた隼人は、基地を探る滝を救うためヒトデンジャーに挑むが、ライダーキックを跳ね返されてしまう。藤兵衛は滝とショッカー基地を探るが逆に捕らわれ、牢の中で一文字と再会。再びヒトデンジャーに挑む！

ショッカーは海底地震によって北海道に大津波を起こそうと計画、怪人カニバブラーは地震計を全て破壊しようとしていた。事件を知った滝は仲間のFBIとともに調査に乗り出すが、カニバブラーの襲撃を受けてしまう。しかし一文字が滝の仲間を救出。ショッカーはアジトが突き止められる前に計画を実行に移そうと焦り始める。

一文字は、巨大なお化け毛虫によってパニックに陥っている村の調査を始めた。一方、藤兵衛たちはショッカーに捕らわれてしまう。仮面ライダーは藤兵衛のパイプの発信機からアジトを突き止め、怪人ドクガンダーと対決する。しかし、ライダーキックを受けたドクガンダーは、繭に身を包み川に逃れてしまった。

ショッカーは吉岡が開発した成長剤を利用しようと、ドクガンダー成虫を死んだ教授に変身させ吉岡助教授を欺いた。ドクガンダーは娘を誘拐するといって脅し、多数のドクガンダーの繭を成長させるよう命じる。一方、立花レーシングクラブの面々は吉岡の娘を守るが、ついにはドクガンダーに捕らわれ処刑の危機に瀕してしまう。

水泳選手が仲間の目の前で忽然と姿を消し、海で泳ぐ青年も出現した怪人に連れ去られてしまった。全てはショッカーの怪人アマゾニアの仕業で、日本近海の海底にあるウラニウムの鉱脈を掘る計画のため、屈強な人間をさらっていたのだ。一方、滝とFBIの仲間は海底の怪電波を調査、その中で兄をさらわれた少女と出会う。

ショッカーは大隈博士が開発した新型液体燃料を狙って怪人ムササビートルを誕生させた。北海道を訪れていた滝はその計画を知り、さらに滝を追ってきた一文字がムササビートルと対決。奪われた液体燃料を取り戻した。燃料がショッカーに狙われている事を知った大隈博士は燃料の分解を決意するが……。

囚人を毒キノコのエキスに1週間浸け、怪人キノコモルグが生まれた。口から放たれる毒キノコの胞子は人間を動けなくする力を持ち、ショッカーはこの力を利用して改造人間を増やそうと計画。キノコモルグはお化け大会を装って人々を集める。子供たちを救出しにやってきた仮面ライダーは毒胞子によってピンチに陥ってしまう。

捕らわれた一文字はキノコモルグによって解毒剤を注射され、意識を取り戻した。戦闘員に化けた滝の活躍によって危機を脱出した一文字は、アジトで入手した液体を解毒剤と考えてこれを培養、キノコモルグの毒胞子にやられた人々を救った。一文字に計画を邪魔されたショッカーは、キノコモルグに仮面ライダー抹殺を指示する。

怪人・地獄サンダーが、人工あり地獄によって幹線道を寸断する作戦を行う中、ショッカー中東支部から総司令官ゾル大佐が派遣された。ゾル大佐は滝和也に変装すると警官に暴行を働き、本物の滝を逮捕させてしまう。さらにゾル大佐は滝の姿を利用してオートバイに爆弾を仕掛け、一文字の暗殺を企んでいた。

仮面ライダーと親しいという怪しい男が子供たちを誘拐した。男はショッカーの怪人ムカデラスで、催眠電波で子供を操り、ジュニアショッカーの一員にしようと企んでいたのだ。そんな中、さらわれた友人を探す五郎もまたショッカーに捕まってしまった。仮面ライダーはムカデラスを追跡するが、再生怪人に行く手を阻まれる。

コンビナートの石油を湾内に流し東京湾を火の海にしようと企むショッカーは、エレクトロアイを備えた怪人モグラングを使って人々を拉致。地底作業用のモグラ人間に改造し、計画を着々と進めていた。さらにゾル大佐は、立花レーシングクラブでバイクを整備する愛川を誘拐。愛川に滝を殺すよう催眠術をかける。

ショッカーは電気人間の素材となる人間を求め、高圧電流を放つ怪人クラゲダールに人々を襲わせた。浩太少年はそんなクラゲダールを宇宙人と思ってカメラに撮り、写真は新聞に掲載される。ショッカーは無差別に人々を襲い始め、浩太の母をも誘拐。母を貼り付けにした十字架に爆弾をセットし、ライダーに罠を仕掛けるが……。

太古の生物を蘇らせようとする志村博士の研究に目をつけたショッカーは、化石から蘇った古代三葉虫を盗み出し、新たなる怪人ザンブロンゾを生み出した。ゾル大佐は第2第3の怪人を生み出すべく、志村博士の家族を人質に取り、研究を強要する。一方、志村博士を訪ねた一文字は、博士の挙動からショッカーの影を感じ取った。

ショッカーは天狗岳を怪人アリガバリが持つ細菌「アマゾンの呪い」の実験場とし、山を訪れた青年・井崎を襲った。感染した井崎は細菌を養うために蟻を貪り食い、それを目撃した弟の岳夫は兄の変貌に恐怖する。話を聞いた一文字は調査を開始するが、そこへアリガバリが出現。変身して戦うも、ライダーキックを破られる。

ニューギニアの密林で200年生きた人食い花から作られた怪人ドクダリアンは花屋に化け、催眠音波が出る花で女性を次々とショッカーの奴隷にした。ショッカーは、ニューギニア支部から送られてくる毒花エキスから毒薬の結晶を精製し、霧にして撒き散らすことで大都市を死の都にする「死の毒花作戦」を計画していた。

ブラジルの怪人アルマジロングは、ガスタンク破壊計画の前に首領から「仮面ライダーを倒せ」という命令を受けた。一文字はアルマジロングに襲われるコニー山田を救出するが、硬い体を誇る怪人に敗退。ブラジルで家族を殺された山田は滝と協力してショッカーを追う。一方、アジトに潜入した滝はショッカーに捕まってしまう。

ショッカーの悪事を調べる犯罪研究所の折口博士は、特殊核爆弾で日本列島を分断する計画を進めていることを突き止める。これを知った怪人ガマギラーは博士の娘を狙い始めた。一方、折口は首領の口から日本分断計画を聞いた、という女性・絹子からも協力を得ようと考え、彼女の記憶を脳波スクリーンに映し出そうとする。

ショッカーの科学陣はアリの卵から女王アリの改造人間を作ることに成功。生まれた怪人アリキメデスは強力な蟻酸で銀行を襲撃した。怪電波を察知した一文字たちは、女王アリの卵を育てている秘密基地に潜入。突如出現したアリキメデスに、一文字は変身して戦うが、アリキメデスの蟻酸に苦戦を強いられてしまう。

ショッカーは古代エジプト時代の怪人エジプタスのミイラを発見。トトメス三世が日本に送ったとされる時価十億円の財宝の在り処を語らせるべく、怪人を復活させた。しかしエジプタスは日本語が喋れない。ショッカーは古代エジプト語を解読できる学者を襲い始めた。一文字は歴史学の剛田博士を守ろうとするが……。

ショッカーは新しく開発した殺人植物を劇場や音楽会場に設置し、人々を皆殺しにするG作戦を計画。しかし怪人トリカブトは殺人植物をミツルという少年に見られてしまい、張り紙でトリカブトの存在を訴えるミツルを拉致する。そしてショッカーは怪獣サイン会の名目で少年たちを集め、殺人植物で殺害しようとするのだった。

2年前にショッカーに誘拐され、怪人エイキングを作り上げた海洋生物学の関博士はショッカーを脱走、一文字らに救われた。ショッカーは、博士の娘アケミを拉致。仮面ライダーはエイキングが放つ1000万ボルトの稲妻に敗れてしまい、アケミを守りきれなかった。一文字は藤兵衛から正義を守る同志として激しく叱責される。

ゾル大佐はウルフビールスで狼男を作り出す狼作戦を遂行。その現場を孤児院の少女に目撃されてしまった。ショッカーの企みを知った一文字たちは少女を救出。ゾル大佐はショッカーのパーティーに一文字たちをおびき寄せるが、その裏をかいた一文字は、アジトのウルフビールスを爆破。するとゾル大佐が金色の狼に変身した！

ショッカーのスイス支部から死神博士が日本支部に着任。霧島と桜島の間に地下トンネルを掘って霧島火山帯を爆発させる計画を立てた。本郷猛は、2人の助手・エミとミカを日本へ送るが、死神博士の怪人スノーマンに捕らわれてしまう。2人を救うために現れた仮面ライダー2号。そして仮面ライダー1号も日本に駆けつけた！

死神博士は桜島とえびの高原を結ぶトンネル工事のため、怪人ゴースターを送り込んだ。しかしトンネル内の温度が高いことから労働者が次々と倒れてしまい、作業は難航。ショッカーは再生アルマジロングを使い、人々の誘拐を始めた。一文字と本郷は調査を開始するが、本郷は怪人たちの襲撃を受け脳波コントロールを施される。

死神博士は冷血な若者を捕らえ、ハエ男に改造。一文字を逆恨みするハエ男は、命令電波で人間を操る薬を藤兵衛たちに飲ませ、一文字と滝を襲わせる。一度は正気に戻ったと思われた藤兵衛らだが、薬の効き目は3日間持続しており、ハエ男は立花レーシングクラブのほかのメンバーにも薬を与えてコントロールしようとする。

立花レーシングクラブのエミを捕らえたショッカーは、エミに発信機を仕込み、怪人プラノドンの催眠電波でコントロールする。高名な波川博士を一文字に殺させようと、エミを操って一文字のカメラに小型ロケット弾を仕掛けた。それを知らずに波川博士を撮影しようとする一文字だが……。一方、滝もさらわれてしまう。

人間を養分にして育つ殺人カビの培養を企む怪人カビビンガは、アジト付近の墓場で人々を襲い、殺人カビのテストを行った。その一部始終を目撃した双子の姉妹を捕らえたカビビンガは、仮面ライダーに対して先手を取るべく双子を利用して一文字と滝を狙う。さらに立花レーシングクラブに殺人カビが放たれた。

矢島博士が開発した人工頭脳は、動物の能力を数十倍にする力を秘めていた。怪人ナメクジラは人工頭脳を狙うが、失敗。やがて人工頭脳は泥棒に盗まれ、ナメクジラは泥棒から人工頭脳を奪おうとする。博士の娘を操った死神博士が人工頭脳を奪い取るが、ナメクジラに人工頭脳を組み込むためには矢島博士の力が必要だった。

草津高原の雪を溶かして大洪水を起こすスノー作戦を企むショッカーは、物理学者の美川博士に高熱を発するエネルギー爆弾を製造させていた。秘密を知った博士の息子は一文字らと知り合うが、死神博士は息子を一文字に近づけぬよう博士に命じる。一方、一文字は、怪人ベアーコンガーの襲撃で右腕を負傷してしまう。

ショッカーは零下300度冷凍シュートを放つ怪人トドギラーによって人間を冷凍し、ショッカーの改造人間とするアイス計画を実行。調査を開始した一文字の前にショッカーが出現。一文字はトドギラーによって氷の中に閉じ込められてしまった。からくも脱出したライダーだが、再びトドギラーの襲撃をうけてしまう……。

血吸いヒルを操って人間の生き血を吸うヒルゲリラは、血を吸った人間に緑の薬品を注入し、自分の意思を持たない奴隷人間へと変えていった。先輩の息子が事件に巻き込まれたことから調査を始めた一文字はヒルゲリラと対決するが、罠にかけられ、アジトに誘い込まれた一文字は、ついに奴隷人間とされてしまう！

アフリカでダイヤモンドの鉱脈をみつけた中山老人は、日本にいる孫に鉱脈の在り処を記したメダルを送るが、ショッカーも鉱脈を狙っていた。怪人イソギンチャックがメダルを追って日本に上陸。事件を知った一文字は、その孫を守ってショッカーと戦う。ライダー1号も登場し、ダブルライダーがイソギンチャックに挑む。

東京上空に突如オーロラが出現。それを見た人々は目をやられ、次々と病院に運び込まれてしまった。事件は死神博士が作り出した怪人カメストーンの仕業で、カメストーンの急襲を受けた一文字もまたオーロラの力で視力を失ってしまう。滝の応援要請でFBI本部のロバート田中が来日し、一文字に特効薬の目薬を与えるが……。

ショッカーは一角獣の化石から取り出した粉末血液と凶悪な男の血液を入れ替えて、怪人ユニコルノスを作り出した。ユニコルノスは五郎たちを化石に変えてしまう。一文字は五郎たちを救うために大下博士に協力を求めるが、秘密を記したノートを狙ってユニコルノスが出現。一文字は足を石に変えられてしまった。

ギルカラスは人間の言葉を喋るカラスに化け、人間たちを殺人狂に変えてしまうデッドマンガスで人々を襲った。事件を察知した一文字が変身してギルカラスと戦うが、デッドマンガスの副作用で改造人間としての機能が麻痺してしまう。病院に入院した一文字にギルカラスの魔手が迫るが、ベッドで待っていたのは本郷猛だった！

死神博士を追って南米に向かった一文字に代わり、再び本郷が日本を守ることになった。ショッカーもまた、死神博士に代わる最高指揮官として、地獄大使が東南アジアから来日する。世界グランプリの優勝を目指して藤兵衛と本郷がバイクの練習を行う中、ショッカーの怪人ジャガーマンが出現。

ショッカーは山中の村にトレーニングキャンプを設置。キャンプで鍛えた怪人海蛇男は、風景を屈折させるプリズムアイを用いて村から脱走する者、村に近づく者を次々に処刑していた。事件を知った本郷は調査を始めるが、現場は藤兵衛と滝がモトクロスの設計を頼まれていた地域であった。

ショッカーは細胞を老化させる細菌を開発。ボウリング場のボールに細菌を仕込み、若者を老化させる実験を行った。今度はその薬をゴキブリにつけて媒介しようと計画。ニセの殺虫剤を売る男を、怪人ゴキブリ男に改造してしまう。ゴキブリ男はアドバルーンに老化薬を詰め込み、上空で爆発させて撒き散らそうとするが……。

ショッカーは、怪人ギリーラの猛毒粉を詰めたカプセルを全国の貯水池に投げ込んで飲料水を汚染する、毒水計画を企む。山中で起こった謎の自動車事故を調べていた本郷は、現場でアマゾンの毒蝶の鱗紛を採取し、滝とともにアマゾンの毒蝶の収集家を訪ねる。だが、その収集家こそ怪人ギリーラで、滝は罠にかかってしまう。

ショッカーの怪人ドクモンドは、本郷の友人・沢田が完成させた、全ての金属を溶かし燃やしてしまう液体火薬を狙っていた。ショッカーの襲撃を知った本郷は、仮面ライダーに変身してドクモンドを退け、沢田を保護することに。しかし沢田博士を狙うショッカーは病院に潜入。ドクモンドは医院長に化けて沢田をさらってしまう。

大田黒博士は、死んだ生物を生き返らせる蘇生薬・アルファー液の開発に成功した。この発明を狙うショッカーの毒トカゲ男は、博士の助手・山本を襲撃。山本を殺してしまった毒トカゲは、もう一人の助手・橋本を狙う。ショッカーはXアルファー液を使って今世紀最大の科学者たちを蘇らせ、殺人兵器を開発させようとしていた。

ショッカーはビキニ諸島の水爆実験で唯一生き残ったシマミミズから生み出したミミズ男に、コバルト120を用いたコバルト爆弾による放射能作戦を指令。コバルト120を運搬するが、滝によって持ち去られてしまった。ミミズ男は2人組のこそ泥の一人を人質に、もう一人にコバルト120の取戻しを命ずるが……。

生物を骨に変える殺人レントゲンを両眼に備えたフクロウ男が実験を開始。本郷は実験を目撃した少女を救い、事件がショッカーの仕業であることを知る。ショッカーはフクロウ男の殺人レントゲンを起爆エネルギーとして、全国の大時計を同時に爆破する作戦を計画。フクロウ男と対決した本郷はアジトを突き止める。

死神博士は電気ナマズを改造したナマズギラーを引き連れて、滑川アイランドのショッカー日本支部に帰還した。その頃、滑川アイランドを訪れていた五郎は地獄大使に捕らわれてしまう。一方、房総に向かった本郷はナマズギラーの襲撃を受けピンチに陥るが、何故か死神博士は途中でナマズギラーを撤退させてしまう。

全身の毒針に人間を溶かす殺人ビールスを仕込んだ怪人ハリネズラスが次々と人間を抹殺。ショッカーはアマゾンから更なるビールスを空輸するが、輸送機が三浦半島に不時着してしまう。ハリネズラスは現地で殺人ビールスの捜索を始める。一方、不時着機のSOSから、本郷と滝はショッカーの存在を感じ取っていた。

全日本オートレース選手権の優勝を目指して本郷たちが猛練習に励んでいる頃、ショッカーのアフリカ支部からサイギャングが派遣された。再び日本支部にやってきた死神博士は、本郷のレース仲間である勝丸選手を拉致し、催眠術をかけ、レース中にサイギャングとともに本郷を狙ってきた。

セミ取りをしていたナオキは、ショッカーの怪人・セミミンガの殺人を目撃。ナオキを保護した本郷はショッカーを追跡し、セミミンガと対決。しかしセミミンガによって、仮面ライダーはエネルギーを奪われてしまった。本郷は病院に運ばれたと見せてショッカーを欺くと、殺人音波を放つ電波塔の調査を藤兵衛らに依頼する。

仮面ライダーと一緒にカブトムシを取れると言う謳い文句に乗せられた子供たちが、高尾山に連れ去られ、怪人カブトロングが組織するショッカースクールの生徒にされてしまった。子供たちの異変を知った本郷と滝は怪しいバスを追跡。本郷は仮面ライダーとなってカブトロングと対決するが、苦戦する間に滝が捕まってしまう。

改造人間カミキリキッドによって、ライダーに倒された怪人を蘇らせる悪魔祭が始まった。生贄によってエネルギーを与えられたジャガーマンたちが復活を遂げる。再生怪人で特訓を行ったカミキリキッドは滝とライダーを欺き、さらに再生怪人たちは悪魔祭の生贄として立花レーシングクラブの藤兵衛らを拉致してしまった。

FBIアルプス支部の捜査官は、真鶴海岸にショッカーの最高機密作戦計画書が送られる、という情報を滝に託すが、怪人ギリザメスに襲われてしまう。計画書を奪った滝と仮面ライダーは暗号を解読し、全世界のショッカー幹部が出席するショッカー世界会議が東京湾にある島で開催されることを知る。だがそれは、罠だった……。

再び日本に現れた死神博士は隕石を操り日本壊滅を画策。仮面ライダーは新しく作られたサイクロンの試乗中に、イカデビルの襲撃を受ける。ライダー抹殺を企むイカデビルは、藤兵衛の旧友を操り、藤兵衛を怪人のトレーナーとして拉致する。一方、ライダーも滝とともに特訓を行い、イカデビルとの決戦に向かう！

赤い毒のツメで人間を刺し、刺された人間を死のツメを持つ殺人鬼へと変貌させる能力を持つ怪人ギラーコオロギ。ネズミ算式に犠牲者を増やす作戦を開始し、子供たちに死のツメを与える。さらに、本郷をアジトの一室に閉じ込めたギラーコオロギは、ライダーの力を無力化したところで殺人音波を使ってライダー抹殺を狙う。

高電圧を受けて誕生した怪人エレキボタルは地獄大使の命令を受け、東京中の全ての電気を奪い取る。さらに本郷と滝を誘い出した。ライダーはエレキボタルの高圧電流に苦戦を強いられ、負傷した滝を救って一旦退却。ショッカーはユリたちを拉致する。一方、本郷たちはエレキボタルの電気をアースで逃がす手段を考えていた。

FBIからショッカーの情報を得た本郷と滝は、神戸に飛んだ。一方、学術会議のため有馬温泉に滞在していた木原博士をショッカーの科学陣に加えようと企む怪人アブゴメスは、その計画を知った少女を狙う。少女を守った本郷は木原博士に変装して、アブゴメスに捕らえられることでアジトに潜入しようと考えるが……。

南米からやってきた怪人モスキラスは、紀伊半島にショッカー基地を作ろうと計画していた。一方、夏休みで那智勝浦に来ていた藤兵衛たちはショッカーの襲撃を受けるが、そこへ仮面ライダー2号・一文字隼人が現れた。モスキラスを追って南米から日本に帰ってきたのだ。一文字はアジトへの潜入を開始する。

紀伊半島南端での基地建設にこだわるショッカーは、怪人シオマネキングを使い、海底牧場を夢見る海洋学の坂井博士を拉致。さらに博士の協力を得るべく、博士の妻と子供をも狙う。博士が拉致されたことを知った本郷たちが家族を救出するも、執拗に襲い来るシオマネキングは誘拐を成功させてしまう。

滝を隊長とする「少年仮面ライダー隊」が結成された。その頃、血液銀行が襲撃される事件が連続して発生。それは改造人間手術に必要な血液を集める怪人シラキュラスの仕業だった。血を吸った人間を意のままに操る能力を使い、子供たちを狙うシラキュラス。異変を察知した本郷は、ライダー隊の助けを借りてアジトを発見する。

ショッカーを目撃したという少年ライダー隊の連絡を受け、現地を訪れた滝は怪人バラランガに捕らわれてしまった。バラランガのトゲを受けた伝書鳩からショッカーの存在を知った本郷は調査を開始する。一方、気を失った滝が目覚めたとき、彼は洋館のベッドに寝かされていた。傍らにはバラを携えた美しい女性が立っていた。

ショッカーは怪人シードラゴンを「怪獣モンスターの缶詰」に詰め、少年ライダー隊たちの家に放った。やがて、成長したシードラゴンが高圧電流で人々を襲撃し始める。本郷も怪人が放つ電流に苦戦。変身した仮面ライダーはシードラゴン1世を打ち倒すが、立て続けにシードラゴン2世に襲われ、ショッカーに捕らわれる。

ショッカーの怪人イモリゲスは、身体を液化する能力を使って成人男性を次々と拉致、地下飛行場の建設を進めていた。少年ライダー隊の報告から伊香保の牧場でショッカーの暗躍を知った滝は直ちに現地に急行するも、イモリゲスに襲われてしまう。そこへ仮面ライダーが登場、イモリゲスを退けるが……。

怪人ウニドグマは自分の分身の卵を大量に育てるため、藤兵衛の故郷に近い大滝村を乗っ取った。墓参りのため故郷に戻っていた藤兵衛は、事件を目撃したためにウニドグマに襲われていた少年を救出。連絡を受けた本郷らが急行するが、その途中で本郷はショッカーの作戦を漏らす謎の怪人と遭遇する。

怪人ガラガランダの毒水道作戦が何者かによって仮面ライダーに通報された。ショッカー首領は裏切り者を地獄大使だと見抜き処刑を決定。本郷は死刑の立会人としてショッカーに招かれるが、そこで地獄大使がショッカーに不審を抱いていることを知り、救出する。本郷は地獄大使の情報でガラガランダのアジトへ急行するが……。

地獄大使は倒され、ショッカー日本支部は放棄された。しかしショッカー首領はアフリカの秘密組織ゲルダムの力を加え、新組織ゲルショッカーを結成。その第1号怪人ガニコウモルは、ショッカーの戦闘員たちを次々と抹殺し始めた。本郷が調査のために戦闘員の死体を調べていると、そこへガニコウモルたちが現れた。

ゲルショッカーのサソリトカゲスは、ショッカーの科学者たちを酸欠ガスの実験台として次々に抹殺していった。しかし科学者の一人・峰が脱走。サソリトカゲスは峰を追って妻の病院を襲撃した。そこには死んだと思われていた本郷がいたが、まだ傷は癒えておらず、ライダーはサソリトカゲスに苦戦を強いられてしまう。

10万ボルトの高圧電流を持つ怪人クラゲウルフを使い、ラッシュアワーの新宿駅に雷を落として人々を抹殺する作戦を企てたゲルショッカー。発電所での実験を少年に目撃され、その少年を狙い始める。少年ライダー隊は、彼を逃がすために服を交換するが、そのためライダー隊員がクラゲウルフの襲撃を受けてしまった。

ゲルショッカーは死刑囚を怪人イノカブトンに改造。発狂ガスを持つイノカブトンは、猛毒ガス東京壊滅作戦を遂行するための実験として人々を襲っていた。そして藤兵衛もガスの餌食になってしまう。ライダーもイノカブトンとの戦いで左足を負傷。その機に乗じてイノカブトンは遊園地を襲撃。本郷は怪我をおして戦うが……。

ライダー抹殺のために改造されたイソギンジャガーは、父を探す娘マキを誘拐。少年ライダー隊の捜索でイソギンジャガーの自動車が見つかるが、それは罠だった。ゲルショッカーのオートバイ部隊とイソギンジャガーに襲われ、本郷は意識を失ってしまう。本郷はようやくマキを見つけるが、それは偽物の人形で……。

ゲルショッカーは怪人ウツボガメスを生み出した。ウツボガメスが殺人スモッグを吐くためには強力なヘドロが必要なため、ウツボガメスは公害研究所を襲う。ヘドロを手にしたウツボガメスは、殺人スモッグを使って団地の人々を襲撃。さらには公害研究所からさらった本郷の友人・岡崎を利用して本郷をおびき出すが……。

ゲルショッカーのワシカマギリは人間狩り作戦を遂行し、大室山を走るバスの乗員を誘拐。事件を知った本郷たちは調査を開始し、襲われたバスから逃げ出した少年を保護する。一方、滝はゲルショッカーが仕掛けた罠に捕らわれ、ワシカマギリに襲われてしまう。滝を救うため、仮面ライダーはワシカマギリと対決する！

ゲルショッカーは日本の要人の死刑執行リストを作成。要人に死を予告する郵便を配達していた。死の郵便を受けた青野博士の助手から連絡を受けた本郷たちは、博士を救うためにゲルショッカーに挑む。しかし、怪人クモライオンによって博士は殺されてしまう。次にゲルショッカーが郵便を配達したのは、立花藤兵衛だった。

本郷は、取り付かれたように黒猫の絵を描く兄を案じる少年・サトルからの相談を受けた。その矢先、部屋に飾られた黒猫の絵から出現したネコヤモリに襲われてしまう。黒猫の絵から絵へと自由に出入りするネコヤモリこそ、サトルの兄の正体だったのだ。ネコヤモリはその能力を駆使し、世界の科学者を集めた会議を狙っていた。

少年ライダー隊に潜入したゲルショッカーの怪人カナリコブラは、怪しい鳴き声で少年ライダー隊のみんなを苦しめ、猛毒のコブラハンドで本郷を狙った。仮面ライダーはコブラハンドに苦戦を強いられながらも、なんとかカナリコブラの腕を切断。しかし、腕を失ったカナリコブラは鋼鉄の腕を得て、再びペット作戦を遂行する。

カナリコブラを倒したライダーの前にネズコンドルが出現した。ネズコンドルは体内のペスト菌を東京にばら撒く作戦を実行。ペスト菌を浴びた人々は牙を生やして暴れだし、感染者を次々に増やしていく。ライダーの襲撃に一度は失敗したネズコンドルだが、クチバシを強化して再度本郷を急襲。本郷は目を傷つけられてしまう。

丹沢地区の少年ライダー隊員に異変が起きたことを知った本郷は現場に向かうが、そこで少年ゲルショッカー隊に襲われてしまった。本郷は少年ゲルショッカー隊を指揮するムカデタイガーと戦うが、怪我を負ってしまう。ムカデタイガーは少年ライダー隊員を次々と少年ゲルショッカー隊員に教育していたのだ。

仮面ライダーはムカデタイガーと相打ちになり行方不明に。そのころ、ゲルショッカーの活動を妨害し続けてきたアンチショッカー同盟が、ゲルショッカー首領の正体を突き止めた。海外から送られてくるデータを仮面ライダーに運んでほしいと、アンチショッカー同盟は少年ライダー隊にコンタクトを取ってきたのだが……。

仮面ライダー1号は、ショッカーライダーと怪人ハエトリバチに追い詰められ、ハエトリバチとともに海に沈んでしまった。ショッカーライダーとエイドクガーは、アンチショッカー同盟に殺人音波を入れたニセのデータを与えることに。だが、本物のデータは南米から帰還した一文字隼人が持っていたのだ。

アンチショッカー同盟の援護で危機を脱したダブルライダーは、エイドクガーを捕虜にした。そしてショッカーライダーを倒すため、藤兵衛の指導の下で特訓を開始する。一方、エイドクガーが発する電波をキャッチしたゲルショッカーは、ナメクジキノコをアンチショッカー同盟の木暮に乗り移らせ、エイドクガーを脱出させる。

ゲルショッカーのガラオックスは物質を宙に浮かせる悪魔の霧を使い、自動車を襲った。宙から落とされた男を救った本郷は、男がなぜ空から落ちてきたのか疑問を抱く。一方、ゲルショッカーは本郷が救った男を拉致。ゲルショッカーを追跡するライダーは、ガラオックスの悪魔の霧にやられ、車ごと宙に持ち上げられてしまった！

ゲルショッカーはサボテン研究科の松田博士をサボテンバットに改造。サボテンバットは地球平和委員会のメンバーを襲うと、腕のトゲを使って人々をサボテンに変えていく。事件を知った本郷はサボテンバットと対決。一方、少年ライダー隊に送られたサボテンによって、藤兵衛の腕がサボテンに変えられてしまった。

怪人ヒルカメレオンは吸い取った人間の血を使い、ガニコウモルを蘇らせた。事件を知った本郷はアジトに乗り込むが、そこでは復活したガニコウモルが待ち受けていた。ライダーはガニコウモルを倒すが、密かにそれを記憶していたヒルカメレオンは、フィルムを元に、変身の0．5秒間にライダーの弱点があることを突き止める。

ヒルカメレオンの正体はブラック将軍だった。罠にかかり、再生怪人に取り囲まれたダブルライダー。一方、滝は首領の元に向かう再生怪人を追っていた。ダブルライダーはヒルカメレオンを倒すが、再生怪人は滝と少年ライダー隊を捕らえ、本郷と一文字をゲルショッカー本部へと誘い出す。ついに首領と対峙する時が迫る！