未来，由于人口的增加和环境的恶化，陆地上的生活已经达到极限。于是世界各国组成了超越国界的国际组织“青”，但是青设立之初活跃的科学家Zorndyke不知为何背叛了人类，宣布要歼灭人类，他的第一步就是用人工方式让海水上升，这一灾难导致了十亿人的死亡。存活下来的人们在退潮后的海岸边再次建起都市，虽然艰难，但还是充满活力地继续生活下去。可是灾难才刚刚是开始，庄代克创造出了海洋新生命，拥有高度智能的他们将Zorndyke推崇为父亲，进行着抹杀全人类的计划，而青是人类唯一的希望...

近未来。地球の人口は膨れ上がり、環境は劣悪化するばかりであった。世界各国は人類最後のフロンティア＝海に希望を求め、新たな世界を築こうとしていた。そして、海上及び海中での安全保障や環境保護を目的として、世界各国から潜水艦を集結させ超国家組織「青」を結成した。日本の自衛隊から「青」へ向かった潜水艦も6号艦となり、任務に就くことに。しかし、そんな折、海洋開発のリーダー的存在だった転載科学者ゾーンタイクが、突如反旗を翻し、海洋テロ結社を率いて人類殲滅を宣言、無差別テロを開始したのだ！それに対抗すべく「青」は、究極の作戦を発動させ、人類の存亡を賭けた戦いへ挑むのだった……。果たして、人類は人類殲滅を宣言したゾーンダイクの野望を阻止することができるのか？