Lelouch Lamperouge palaa vanhaan elämäänsä laiskana opiskelijana ja uhkapelurina. Hänen muistinsa on pyyhitty ja korvattu tekaistuilla muistoilla.

Lelouch saa muistinsa takaisin ja palaa Mustien ritarien johtoon. Baabelin tornin valtauksen jälkeen Ritarit joutuvat uuden mechan hyökkäyksen kohteeksi.

Zero julistaa Japanin yhdysvallat perustetuksi, mutta Guilford uhkaa teloittaa kaikki vangitut Mustat ritarit, jos hän kieltäytyy haasteesta.

Lelouchilla on kaksi suurta ongelmaa: hänen on paettava henkeään uhkaavalta Rololta ja löydettävä keino pelastaa Mustat ritarit.

Zero voittaa jälleen Ritarien luottamuksen. Suzakun paluu herättää kiinnostusta koulussa, joten oppilaskunta päättää järjestää juhlan hänen kunniakseen.

Mustat ritarit tekevät yllätyshyökkäyksen Tyynellämerellä ja kääntävät selkänsä Zerolle, joka yritti kidnapata Nunnallyn.

Lelouch on kriisin kourissa. Nunnally valitaan Alue 11:n kuvernööriksi, ja samalla kuullaan lisää häntä koskevia järkyttäviä uutisia.

Zeron japanilaista erityisaluetta koskeva päätös herättää huolta Mustien ritarien keskuudessa. Lelouchin käytös kummastuttaa.

Mustat ritarit ovat saapuneet Kiinan liittovaltioon, jota hallitsee virallisesti kunnianarvoisa valtias Lihua.

Zero kaappaa Lihuan, kun tämä on menossa naimisiin prinssi Odysseuksen kanssa. Mustat ritarit ja Xing ke aloittavat taistelun elämästä ja kuolemasta.

Mausoleumin piiritys näyttää kääntyvän huonoon suuntaan Lelouchin kannalta. Kiinan ja Britannian joukot ovat musertavan ylivoimaisia.

Lelouch ja Shirley kohtaavat kasvokkain. Lelouchin on myös huomioitava seuraukset, joita Sayokon mukaantulon aiheuttamilla väärinkäsityksillä on.

Shirleyn muisti on palannut, ja hän muistaa kaiken Lelouchiin liittyvän. Hän ottaa yhteyttä Suzakuun tarkoituksenaan paljastaa Zero.

Traagisen menetyksen seurauksena Lelouch päättää hävittää Geassin kultin, pyyhkäistä organisaation maan tasalle ja tappaa Rolon.

Lelouch kohtaa keisari-isänsä taistelussa rinnakkaismaailmassa. Lopullinen tavoite on lähellä, mutta paljastus saa Lelouchin tolaltaan.

Yhdysvaltojen nouseva liittovaltio tarjoaa Lelouchille keinot ja sotilaat taisteluun tasaveroisena Britanniaa vastaan.

Nunnallyn pelastamista yrittävä Lelouch pelaa viimeisen korttinsa: hän rukoilee nöyrästi ja epätoivoisesti apua Suzakulta.

Jeremiahin ja Guilfordin avustamina Lelouch ja Mustat ritarit pystyvät hädin tuskin panemaan kampoihin Suzakulle ja muille ritareille.

Schneizel hyödyntää kehnossa henkisessä ja fyysisessä kunnossa olevan Lelouchin poissaoloa ja tapaa Mustien ritarien johtajia.

Marianne paljastuu todellisessa muodossaan C.C:lle, ja Zero julistetaan kuolleeksi.

Isänsä kaapannut Lelouch on selvittämäisillään totuuden äitinsä kuolemasta, kun tämä yllättäen materialisoituu hänen eteensä.

Keisariksi julistettu Lelouch tuhoaa Suzakun suostumuksella kaiken, joka siihen asti oli edustanut Britanniaa.

Schneizel nousee Damoclesilla niin korkealle, että hän pystyy uhkaamaan maapallon jokaista kolkkaa FLEIJA-taistelukärjillä. Hän on valmis tappamaan rauhan puolesta.

Mustat ritarit onnistuvat tunkeutumaan Avaloniin ja pelastamaan panttivangit. Lelouch hyökkää Damoclesiin.

Lelouch käyttää Geassia ja Nunnallya Damoclesin avaimen hankkimiseen. Sen ja FLEIJA-taistelukärkien ansiosta kukaan ei voi haastaa hänen mahtiaan.