鸣人和佐助于终末之谷激烈冲撞的最后一战。之后，第四次忍界大战结束，佐助因为过去犯下的罪过没有回木叶而是开始了一个人的旅行——就在这时，木叶村里开始有忍者下落不明。成为六代目火影的卡卡西和鸣人不禁心头一紧，这次是身世不详的忍者们来袭击村子。这场赎罪之旅的尽头，佐助所看到的未来是——

起爆人突然袭击了木叶村。并且，身在远方的佐助所造访的村子也出现了起爆人，无辜的村民们接二连三发生爆炸。为了揭露事件真相，佐助没有选择返回村子而是独自开始了调查。先是村民们口中所说的雷光团中有个男人叫【风心】很可疑，这句话让佐助似有所悟，之后他跟偶然遇到的放弃忍道的旅行艺人，茅野和野分为了获得情报一同前往了某个地点。在那里佐助遇见的人是…？

　被大蛇丸引导最终来到斗技场的佐助，为了获得事件线索而引出御屋城炎，不得不跟御屋城的手牌交战。可是，那里也出现了炸弹人袭向佐助。比试中断，以为失去了同御屋城见面的机会，却不想对写轮眼抱有浓厚兴趣的御屋城自己主动来和佐助接触了。这下佐助意外得知了跟“宇智波一族”有关的事。

终于逼风心现出了本来样貌，为了问出事情的全部始末佐助开始同风心交手，战势胶着。在试图用写轮眼窥视风心的记忆时，巨大的赤眼幻术陷阱又一次袭来，佐助失去了意识。等他清醒过来身边已空无一人，唯有雪上留下了想要逃离命运安排的风心的脚印。佐助沿着脚印最终到达了不像有人居住，血池鼎沸的“地狱谷”。

以袭击木叶村的起爆人类为起因的事件。独自开始调查的佐助经历重重危险，终于找到了真相。「起爆人类」「血龙眼」「地狱谷」「血之池一族」，还有宇智波一族...以这些为起点，导出了事件的全貌！？最终解开了全部谜团！！