Después de capturar al Jinchūriki del Cuatro colas, Itachi y Kisame son convocados por su líder e informados sobre la muerte de Orochimaru. Son advertidos sobre los movimientos de Sasuke y que irá tras Itachi. Más tarde, los bijū de Tres y Cuatro colas son sellados. Deidara y Tobi están dispuestos a luchar apuntando Naruto, Kakashi o Sasuke. Mientras tanto, Hebi junta provisiones en un depósito abandonado Uchiha y Kakashi monta el Equipo Kurenai, conducido por el mismo, para salir junto al Equipo Kakashi, conducido por Yamato, en la misión de capturar a Itachi.

Konoha (equipos Kakashi y Kurenai) empieza la búsqueda de Sasuke e Itachi, el equipo de Sasuke (Hebi) también empieza la búsqueda de Itachi. Sakura y Karin se cruzan, pero no se dan cuenta, mientras que Naruto se encuentra con Kabuto (quién se implantó en su cuerpo, los restos de Orochimaru). Deidara y Tobi encuentran a Sasuke y va a dar comienzo a una gran batalla.

Deidara entra en combate con Sasuke en una lucha feroz. Tras confirmar la habilidad innata de Sasuke, se dedica a realizar ataques de larga distancia desde el aire. La pelea se convierte en una lucha a la defensiva, y Sasuke, arrinconado, intenta escapar y esquivar los ataques. El resultado de la lucha a muerte con el Sharingan de Sasuke le trae terribles recuerdos a Deidara.

Sigue la intensa batalla entre Deidara y Sasuke, un genjustu realizado por el Uchiha lo salva de la explosión del Garuda C4, Sasuke realiza su Chidori con sus sello maldito nivel 2, pero se da cuenta que es un clon de arcilla, Deidara ha atrapado al Uchiha, pero Sasuke se da cuenta que con su espada y el jutsu eléctrico (Chidori) puede repeler los ataques de las bombas de arcilla, Deidara no puede contra Sasuke, dando a conocer un secreto, una cuarta boca en su pecho, comiendo la arcilla restante desata una gran explosión.

Deidara explota llevando consigo en la explosión a Sasuke y problabemente a Tobi, los ninjas cercanos se percatan de la explosión y quien lo habría provocado, surgiendo preocupación por el equipo de Sasuke. Suigetsu llega al lugar de la explosión pero ve que Sasuke a sobrevivido usando a Manda como "escudo" que muere maldiciendo al Uchiha. La búsqueda para encontrar a Sasuke continua; Tobi aún vivo, se revela como Uchiha Madara, ante Pain y su compañera.

El equipo de Konoha rápidamente se dispone a perseguir a Sasuke por su olor, aprovechando que él está recuperándose de sus heridas, sin embargo Karin se percata de esto, e inmediatamente Sasuke emprende la huida. Naruto utiliza varios clones para hallar más fácilmente a Sasuke, uno de los clones se encuentra con Itachi, quien solo dice que quiere hablar con él. Mientras tanto en Konoha Jiraiya le informa a Tsunade que ha hallado el escondite del líder de Akatsuki. Tras una conversación se revela que el cuarto Hokage es el padre de Naruto. Jiraiya emprende una misión de infiltración al país de la lluvia, donde se oculta Pain.