Mientras Sai insulta a Naruto y a Sakura, Yamato toma el liderazgo del equipo mientras Kakashi se recupera en el hospital. Mientras se preparan, Sai recibe un sobre de un shinobi del ANBU raíz que contiene órdenes secretas de Danzo. Jiraiya entonces se reúne con Tsunade y Yamato en la habitación en el hospital donde se encuentra Kakashi para explicarle a Yamato cómo controlar a Kyūbi en caso de que se apodere de Naruto. Finalmente el nuevo equipo Kakashi comienza su nueva misión con Naruto y Sakura no muy contentos con Sai, para interceptar a un espía de Akatsuki y para recolectar información sobre Sasuke Uchiha.

Orochimaru se dispone a atacar con serpientes a Naruto cuando este termina de formar la cuarta cola, naruto deteniene el ataque con una sola mano. Mientras tanto Yamato observa desde un árbol que naruto se ha transformado en un Kyūbi miniatura incluso logra sentir sus deseos malignos. Kabuto confiesa que planeaba matar a Sasori con ayuda de Orochimaru, y Sakura le dijo que sasori fue derrotado por Konoha. Naruto utiliza su chakra para formar una esfera de chakra concentrada, la cual se traga para después disparar una ráfaga de chakra con la cual logra destruir la defensa absoluta de Orochimaru: Sanjū Rashōmon. Finalmente Orochimaru logra alcanzar a Naruto con su espada y lo envía hasta donde están Yamato y Sakura a través del bosque.

A Kakashi le dan de alta en el hospital y va a empezar el entrenamiento especial con Naruto, pero antes le da una explicación acerca del chakra. Cada ninja puede ser de cinco tipos de chakras básicos diferentes: fuego, rayo, viento, tierra y agua. Le dice que para hacer una técnica realmente poderosa debe saber manipular el chakra y combinarlo con alguno de estos elementos. Por ejemplo el Chidori que es una técnica de rayo. Muestra unos papeles especiales que muestran que tipo de chakra es la persona, si el papel se arruga es rayo, si se moja es agua, si se quema es fuego, si se parte en dos es viento y si se hace polvo es tierra. Aparece Yamato quien muestra que puede controlar chakra de tierra y de agua (Un ninja de nivel Jōnin debería poder manipular dos tipos diferentes de chakra) y dice que él está ahí para suprimir el chakra del Kyūbi en caso de que Naruto pierda el control. Se muestra que Naruto es de chakra viento y a continuación empieza el entrenamiento. Kakashi le pide a Naruto que haga el Taju Kage Bunshin no jutsu y trate de partir las hojas de un árbol con el chakra (Una hoja por clon).La idea de este entrenamiento es que si Naruto logra dividir su trabajo en varios clones su entrenamiento especial se acortaría en poco tiempo; por ejemplo si algo que Naruto aprende en una semana si trabajó con un clon a la vez lo haría en 4 días.

Sasuke recuerda la razón de su pelea, el odio a su hermano por haber matado a todo su clan. Los hermanos aún pelean Sasuke tiene la ventaja ya que utilizó el Katon para calentar la atmósfera, utilizando el Kirin lánzadole a Itachi, quien este se cubre con Susano'o, el ser cubre completamente a Itachi, mientras Sasuke escucha la voz interna de Orochimaru, deseando este sali, logrando su cometido saliendo este en un ataque de hidras, se empuña a plear contra Susano'o siendo derrotado por Totsuka la espada de este; Sasuke ante la desespreación realiza ataques con armas pero es repelido por la fuerza del nuevo ser, Itachi se acerca para arrebatarle los ojos ante la impotencia de su hermano, Sasuke sin salida, Itachi con la victoria puesta, solo tiende a tocar su frente y caer al piso. Zetsu que observa la batalla no cree que Itachi haya perdido. Sasuke ha ganado e Itachi ha muerto.

Itachi ya es miembro de ANBU. Danzo le nombra comandante de un cuerpo especial para la aldea que no está vinculado directamente a Raíz; Al mismo tiempo, el clan Uchiha le encomienda espiar los movimientos de Konoha convirtiéndose en un doble agente. Se investiga el suicidio de Shisui e Itachi se convierte en el principal sospechoso. Días después, Itachi es enviado junto a sus subordinados a espiar una reunión del clan Uchiha, una vez finalizada, Itachi ordena a sus subordinados esperar en las sombras mientras se reúne con su padre en el santuario Nakano, ahí le revela a Itachi que también posee el Mangekyō Sharingan pero lo mantiene oculto por temor a que el clan insista mucho más en un golpe de estado. Al mismo tiempo, usando sus habilidades oculares muestra a Itachi el golpe de estado, el cual traería una masacre a la aldea si consiguiesen extraer al Kyūbi que está dentro de Naruto, por lo que le pide que se le una y así reducir el número de bajas. Itachi comprende los riesgos del golpe de estado y lo informa a los ancianos de Konoha y al Tercer Hokage; Danzo insiste en que el clan sea aniquilado. El Uchiha decide llevar a cabo el genocidio y para ello le pide ayuda a Obito. Itachi muestra a su padre el futuro de Konoha de no llevarse a cabo el golpe de estado y comprende la importancia de Sasuke en ese futuro, por lo que le espera en casa con Mikoto para voluntariamente ser asesinados, no sin antes hacerle prometer que cuidaría de su hermano. Luego de ello, Itachi se reúne con el Tercer Hokage, quien le agradece por todo lo que hizo por la aldea y le explica que es necesario que sea tratado como un desertor y su nombre incluido en el libro Bingo. En su salida, sus subordinados ANBU tratan de asesinarle pero son víctimas del genjutsu del Uchiha. Luego, se reúne con Obito quien lo introduce con todos los miembros de Akatsuki siéndole asignado a Jūzō Biwa como compañero.

Lee y Tenten buscan sus regalos de boda y deciden pedir consejo a Guy. Lee piensa en pesas y otros materiales de entrenamiento, aunque no está seguro que sea buena idea. Esa noche, se imagina a Neji animándolo a usar su fuerza para encontrar la respuesta. En igual forma, Tenten se encuentra desconcertada, no sabe qué regalar pues piensa que un kunai es demasiado inusual para una boda. Finalmente, Lee y Guy piensan que el desarrollo de todas las actividades relacionadas con el matrimonio requieren de mucha fuerza, por lo que obsequiarán las pesas, el primero la del brazo izquierdo y el segundo la del brazo derecho; al mismo tiempo, Tenten decide regalarles unos kunais especiales.