Mientras Sai insulta a Naruto y a Sakura, Yamato toma el liderazgo del equipo mientras Kakashi se recupera en el hospital. Mientras se preparan, Sai recibe un sobre de un shinobi del ANBU raíz que contiene órdenes secretas de Danzo. Jiraiya entonces se reúne con Tsunade y Yamato en la habitación en el hospital donde se encuentra Kakashi para explicarle a Yamato cómo controlar a Kyūbi en caso de que se apodere de Naruto. Finalmente el nuevo equipo Kakashi comienza su nueva misión con Naruto y Sakura no muy contentos con Sai, para interceptar a un espía de Akatsuki y para recolectar información sobre Sasuke Uchiha.

Orochimaru se dispone a atacar con serpientes a Naruto cuando este termina de formar la cuarta cola, naruto deteniene el ataque con una sola mano. Mientras tanto Yamato observa desde un árbol que naruto se ha transformado en un Kyūbi miniatura incluso logra sentir sus deseos malignos. Kabuto confiesa que planeaba matar a Sasori con ayuda de Orochimaru, y Sakura le dijo que sasori fue derrotado por Konoha. Naruto utiliza su chakra para formar una esfera de chakra concentrada, la cual se traga para después disparar una ráfaga de chakra con la cual logra destruir la defensa absoluta de Orochimaru: Sanjū Rashōmon. Finalmente Orochimaru logra alcanzar a Naruto con su espada y lo envía hasta donde están Yamato y Sakura a través del bosque.

A Kakashi le dan de alta en el hospital y va a empezar el entrenamiento especial con Naruto, pero antes le da una explicación acerca del chakra. Cada ninja puede ser de cinco tipos de chakras básicos diferentes: fuego, rayo, viento, tierra y agua. Le dice que para hacer una técnica realmente poderosa debe saber manipular el chakra y combinarlo con alguno de estos elementos. Por ejemplo el Chidori que es una técnica de rayo. Muestra unos papeles especiales que muestran que tipo de chakra es la persona, si el papel se arruga es rayo, si se moja es agua, si se quema es fuego, si se parte en dos es viento y si se hace polvo es tierra. Aparece Yamato quien muestra que puede controlar chakra de tierra y de agua (Un ninja de nivel Jōnin debería poder manipular dos tipos diferentes de chakra) y dice que él está ahí para suprimir el chakra del Kyūbi en caso de que Naruto pierda el control. Se muestra que Naruto es de chakra viento y a continuación empieza el entrenamiento. Kakashi le pide a Naruto que haga el Taju Kage Bunshin no jutsu y trate de partir las hojas de un árbol con el chakra (Una hoja por clon).La idea de este entrenamiento es que si Naruto logra dividir su trabajo en varios clones su entrenamiento especial se acortaría en poco tiempo; por ejemplo si algo que Naruto aprende en una semana si trabajó con un clon a la vez lo haría en 4 días.

El cuerpo de Orochimaru está al límite y por ello Kabuto y Orochimaru evalúan el crecimiento de Sasuke desde los exámenes Chunin. Después de esto, Kabuto se marcha y Sasuke aprovecha esta oportunidad para atacar a Orochimaru. Tsunade se da cuenta que el Sanbi ha sido capturado por Akatsuki.

Sasuke recuerda la razón de su pelea, el odio a su hermano por haber matado a todo su clan. Los hermanos aún pelean Sasuke tiene la ventaja ya que utilizó el Katon para calentar la atmósfera, utilizando el Kirin lánzadole a Itachi, quien este se cubre con Susano'o, el ser cubre completamente a Itachi, mientras Sasuke escucha la voz interna de Orochimaru, deseando este sali, logrando su cometido saliendo este en un ataque de hidras, se empuña a plear contra Susano'o siendo derrotado por Totsuka la espada de este; Sasuke ante la desespreación realiza ataques con armas pero es repelido por la fuerza del nuevo ser, Itachi se acerca para arrebatarle los ojos ante la impotencia de su hermano, Sasuke sin salida, Itachi con la victoria puesta, solo tiende a tocar su frente y caer al piso. Zetsu que observa la batalla no cree que Itachi haya perdido. Sasuke ha ganado e Itachi ha muerto.

Sasuke ha logrado herir al verdadero Danzō, ya que Sasuke previamente había utilizado un genjutsu en el momento adecuado. Danzō sin escapatoria toma como rehén a Karin, pero el Uchiha atraviesa a los dos, que después intenta escapar sin salida. En su lenta agonía activa una técnica de sellado la cual Madara y Sasuke escapan, en eso Danzō recuerda una misión que tuvo con Sarutobi y compañeros junto al Segundo Hokage, en la cual tenía mucha envidia a Sarutobi por ser más fuerte y mejor que el, al mismo tiempo que iba ser nombrado Tercer Hokage.

Shikamaru y los otros escoltan al heredero del país de KA, Mientras que Naruto sigue sustituyéndolo en el castillo, el heredero conoce el pequeño país pues no le permitían salir del castillo. Chōji sigue comiendo con sus dos competidores en todas los puestos de comida que encuentran, en el castillo Tatewaki entrena con el supuesto heredero el cual descubre que es Naruto entonces se da la alarma del intruso y una persecución por encontrarlo. En ese momento Deidara y Sasori van a atacar el pequeño país bombardeándolo, Tatewaki y Naruto hablan por un momento el que se ponen de acuerdo a sacar al heredero del país, Tatewaki se enfrenta contra las marionetas de Sasori quien las destruye, pero el miembro de Akatsuki usa tubos los cuales tenían agujas con veneno acabándolo. De vuelta en la guerra Naruto cuenta que lograron la misión con éxito, así Tatewaki queda en paz consigo mismo y se desvanece.

Itachi una vez que logra retener a Kabuto en el bucle infinito se prepara para liberar el Edo Tensei, Sasuke pregunta como hizo tal cosa a lo que la respuesta es que el Izanami utiliza los sentimientos del usuario y el oponente, pero aun así el usar tal técnica significa perder la perdida del Sharingan, Itachi confirma que hay una manera de escapar del Izanami, pero antes le revela las luchas del clan Uchiha a Sasuke y el surgiminiento de dicha técnica prohibida para contrarrestar el Izanagi el cual era usado para cambiar los resultados a los que el usuario le beneficiara mas, pero esto genero conflictos internos entre quien debería ser el líder del clan y los que deberían usar el Izanagi por lo que hubo masacres y es allí donde surge el Izanami donde para poder escapar del bucle el oponente deberá asumir su futuro según sus acciones (es decir aceptar su realidad), a lo que Sasuke aprende que esas luchas son una reflexión a aceptar el destino. Itachi le comenta a Sasuke que Kabuto se parece a él y teme fallar en sus metas por eso lanzo el Izanami a propósito, y la lucha de este con Kabuto en el bucle continua. Itachi finalmente detendrá el Edo tensei donde le abre los ojos a Kabuto para saber los sellos usando el Tsukuyomi a lo que Sasuke sabe que el también desaparecerá pero Itachi sabe que podrá acercar el fin de la guerra. La segunda noche ha caído.

Kakashi se convierte en parte de ANBU Black Ops, un equipo de élite de shinobi que están bajo el mando directo del Cuarto Hokage, Minato Namikaze.

Los cazadores ANBU vigilan las 24 horas a todo el clan Uchiha, entre ellos Itachi, los altos de Konoha discuten si fueron ellos los que causaron el ataque a Konoha, pues el Sharingan es capaz de controlar al Kyūbi, Danzō es quien desconfía, mientras que Shisui Uchiha le propone al Tercero intentar resolver el conflicto y desconfianza de Konoha y los Uchiha si eso llegase a incluye usar su Kotoakatsumi. Cuando el padre de Itachi convoca a todos a una reunión, Danzō quien se reúne con Shisui, le roba su ojo derecho, y esa misma noche le entrega su ojo izquierdo a Itachi pues el ya no puede hacer nada, pero poco después de la muerte de Shisui las cosas han empeorado e Itachi no sabe que hacer pues no puede apoyar a ambos bandos Konoha y su clan.

Los hokages que han sido resucitados se encuentran confusos al saber que han vuelto a la vida, allí Hashirama y Tobirama conoce a Minato, mientras que Hiruzen le replica a Orochimaru el porque los resucito donde el sannin responde que es para aclarar las dudas de Sasuke, Tobirama alega que los Uchiha son un clan poseído por el mal donde Sasuke le pide argumentar el porque, allí el segundo explica que los Miembros del clan Uchiha al perder algo querido es cuando activan su Sharingan el cual va aumentando según sus deseos y es allí cuando caen en la oscuridad. Ahora Sasuke se dirige a Hashirama donde le pregunta que es la aldea y los shinobis por la que Itachi se sacrifico y de allí decidir si vengarse o no, Tobirama furioso eleva su chakra donde el primero lo logra calmar, Orochimaru explica la situación actual de la guerra donde los hokages pretenden ir a ayudar pero Orochimaru alega que primero Hashirama responda a Sasuke, entonces el primero se remonta a cuando lucho con Madara y Kurama envuelto en Susanō en el valle del fin donde Hashirama al tratar de hablarle sin éxito usa el ¡Senpō! ¡Mokuton: Shin Susenju!.

Naruto y Minato expulsan el chakra de Kurama y entran en modo Bijū, el segundo hokage le recuerda a Naruto que solo el Senjutsu podrá herir a Obito, Kurama quien decide cooperar ayuda a Naruto a entrar en modo sabio, una vez que lo logra, Naruto y Minato se transforman en Kurama y crean un Rasengan gigante al que Naruto le añade el poder del Senjutsu, y con la Hiraishin del segundo hokage logran acercarse a Obito, pero el Uchiha quien se percata usa las esferas para contener el ataque combinado de Naruto y Minato, tras repeler el ataque. Obito decide continuar con el Tsukuyomi infinito, para ello libera al Jūbi y libera la barrera que antes había creado, rápidamente el Jūbi entra en su última transformación, donde se empieza a transformar en un árbol gigantesco el cual sacude todo el terreno, Hashirama al ver lo que pasa se sorprende, es entonces donde Madara le explica lo que está sucediendo, mucho antes de que nacieran los shinobis existía el Shinju que era venerado como un Dios, cada mil años el árbol producía un fruto el cual fue comido por una princesa llamada Kaguya Ōsutsuki, quien se convirtió en la primera persona con chakra, y el hijo de ella fue la primera persona en nacer con chakra quien mas trade seria llamado Rikudō Sennin, Madara comenta que el Shinju solo está recuperando su chakra. Los shinobis de la alianza pronto son alcanzados por las ramas del Shinju y mueren al instante, Naruto tras ser alcanzado queda sin energía pero es salvado por Hiruzen. En la copa del Shinju se aprecia una flor la cual cuando se abra se reflejara en la luna completando el Tsukuyomi infinito.