Shikamaru se ha convertido en la mano derecha del sexto Hokage y realiza todo tipo de labores administrativas que su cargo implica, entre ellas, les preocupan los sucesos que ocurren el país del silencio, sobre los que Sai les ha informado haciendo especial referencia a las acciones de una persona llamada Gengo, quien no solamente puede transformar ese país sino también la realidad de los ninjas y del mundo entero, situación que afectaría directamente a la unión ninja. Por tal razón y con el objetivo de evitar que el problema se haga más grande al involucrar a la unión, Shikamaru solicita se le asignen a los dos mejores ANBU de la aldea y así dirigir una operación encubierta en ese país; así, este grupo además está conformado por Soku, cuyo nombre real es Hinoko, una kunoichi de 14 años con grandes habilidades, reclutada inmediatamente al graduarse de la academia su especialidad consiste en disparar hilos de chakra los que pueden revitalizar o aniquilar; su otro integrante es Ro, quien puede manipular la percepción que los demás tienen del chakra, lo que resulta bastante útil para infiltrarse. Antes de dar inicio a la misión, Shikamaru visita las tumbas de su padre y de Asuma, ahí se encuentra con Kurenai y Mirai. Al día siguiente, previo a salir de la aldea se encuentra con Naruto, instándole a trabajar para convertirse en el próximo Hokage, pues no solo basta con que sepan que es el héroe de la guerra sino que los aldeanos deben tener en mente la suerte que tienen de poder contar con él.

Shikamaru, Ro y Soku se dirigen hacia el país del silencio con el objeto de infiltrarse, se disfrazan como comerciantes, sin embargo ante una emboscada se ven obligados a cambiar de plan, así llegan a una cantina en la que inician sus labores de investigación; en ese lugar son sorprendidos por shinobis del país del silencio en busca de espías, sin embargo, uno de los empleados del lugar les ayuda a ocultarse al mismo tiempo que les comenta un poco sobre la situación. Soku parece atraída por los ideales de ese país por lo que Shikamaru y Ro sospechan acerca de su posible deserción por lo que hablan acerca de las medidas a tomar en caso se lleve a cabo, ella les escucha y huye. Una vez en la frontera, es abordada por shinobis de ese país y es interrogada sobre sus intenciones a lo que les responde que desea unirse al país; Shikamaru y Ro dan alcance a su compañera por lo que le sugieren que si desea unirse debe de acabar con ellos, a lo que accede. La batalla da inicio y Soku sale victoriosa, los shinobi del país del viento le dan la bienvenida mientras dejan a las puertas los cuerpos inertes de Shikamaru y Ro. Finalmente es revelado que tal batalla fue acordada entre los ninjas de Konoha, Ro utilizó sus habilidades para ocultar el chakra y simular su muerte y la de Shikamaru mientras que Soku les ayudó a permanecer inmóviles, de esta forma el objetivo de infiltrarse al país del silencio fue todo un éxito.

Shikamaru persigue a Genko mientras que Ino, Chōji y Temari se enfrentan a Sai, Ro y Soku respectivamente; estos últimos eventualmente son derrotados por su contra parte teniendo como efecto que su estado mental vuelva a la normalidad. Mientras tanto, Shikamaru ha sido atraído por Genko a un calabozo en el que se ve privado del uso de las sombras y la vista, todo con el objeto de derrotarlo mentalmente utilizando el chakra que sale de su lengua, sin embargo, tal plan no tiene los efectos esperados ocasionado que el líder de la aldea del silencio quede estupefacto, al mismo tiempo, los demás ninjas de Konoha y Temari dan alcance al Nara, quien pide a Ro y Soku le ayuden a derrotarlo para así finalizar la misión. Posteriormente ANBU toma las riendas de la situación en la aldea del silencio quienes al mismo tiempo se encargarán de un derrotado Genko y los iluminados.