Narra los momentos de Naruto en la academia y los alborotos que causaba en la aldea. También la conformación con sus compañeros Sasuke y Sakura en el equipo 7 y su primera misión de rango A.

Darui se enfrenta a Kinkaku transformado, mientras en el cuartel general es informado el Raikage de la situación el cual decide enviar el Kohaku no Jōhei mediante la teletransportación de Mabui para sellar al ninja. Con la ayuda de su escuadrón y del nuevo Ino-Shika-Cho, Darui logra por completo sellar a Kinkaku, no obstante la pelea para ellos empieza cruzándose con un antiguo enemigo, Kakuzu quien esta con Dan y su antiguo sensei: Asuma. todos se preparan para pelear.

Deidara sale de su encierro en una de las marionetas de Kankurō, lo cual también es avisado que Sasuke no ha muerto. El Akatsuki muerto tiene que librar una batalla contra los nijas aliados. Deidara hace frente a ellos, explotando, pero se da cuenta que no puede morir, y que va contra su "estética" viendo a Sasuke en el río logra seguirlo pero se trataba de Kurotsushi quien le tendió una trampa y lograr encerrarlo nuevamente.

Los antiguos Mizukage, Tsuchikage y Raikage hacen sus movimientos, desligándose del sello, y pasan a enfrentarse a la fuerza aliada mientras el Tsuchikage se enfrenta a Ōnoki. El Mizukage de naturaleza Inton invoca a una almeja gigante llamada Oohamaguri que hace que se cree espejismo, donde ningún arma le hace daño alguno. Mientras la pelea entre los dos Tsuchikages comienza Naruto llega al campo de batalla con un Wakusei Rasengan y en cooperación con Ōnoki logran vencerlo, lo cual se dirigen al próximo rival, el Mizukage donde Gaara llega y pierde su defensa ante el poder de este, viéndose como Ōnoki intenta romper la almeja gigante con Doton: Chokajugan no Jutsu lo cual la rompe, resultando ser otra ilusión, al ver esto el Kage revivido usa Mizudeppo no Jutsu en el Tsuchikage.

Neji y Hinata pelean contra los Zetsus blancos cuidándose ambos las espaldas, entonces Hinata recuerda cuando entrenaron el Sembon Kumite con Neji durante varios días, Sakura la invita a festejar el ascenso de Tsunade como el Quinto Hokage, donde se celebrara con fuegos artificiales. El entrenamiento es tan duro que Hinata no puede mas y cae inconsciente, cuando el doctor la examina dice que tendrá que guardar reposo pues utilizo demasiado el Byakugan, Neji se encuentra con Naruto y Sakura y le comentan que Hinata quiere estar en los fuegos artificiales, Neji habla con el doctor para saber cuando se recuperara Hinata por completo le dice que tardara un tiempo. Así que le dice que existe una planta que cura la vista cansada pero para conseguirla tendrán que luchar con ayuda de Kakashi y Guy.

Shino se entera por medio del cuartel de la alianza que Torune anda suelto, por lo que sale en su búsqueda, cuando lo encuentra, Torune acaba de realizar el Kodoku no jutsu en el cual utiliza insectos venenosos que luego explotan y acaban con cualquiera que huela el mortal gas. Shino recuerda como Torune le inculcaba el hacer amigos para las futuras misiones, y como Danzo se lleva al pequeño para Raíz donde Torune acepta y conoce a Fu con el cual se hacen amigos y se hace un experto en jutsus prohibidos, de vuelta en la guerra Torune pregunta por su amigo sin saber nada de él, al ver que los insectos de Shino no hacen efecto este decide hacer un combate cuerpo a cuerpo donde Torune tiene la ventaja pero llega un clon de Naruto el cual ayuda en la batalla, Shino logra sellar a Torune gracias a unos insectos especiales los cuales no mueren por el veneno.

Kurama sigue recordando como Naruto nunca se dio por vencido en sus múltiples batallas como contra Pain y la conversación con Nagato, Naruto el cual esta inconsciente despierta y trata de salir de la boca de Son Goku, mientras que el Hachibi ayuda en su escape, Naruto usa sus clones lo que hace que Son Goku lo vomite una vez fuera Naruto observa que la barra con la que Tobi los controla se aloja en el cuello, así se lanza con intención de liberar al Bijū. Sakura y Shizune dejan el centro médico y se marchan al campo de batalla. Naruto una vez que encuentra dicha barra intenta sacarla con todas sus fuerzas pero Tobi alega que las cadenas son más fuertes que las del Gedo Mazo y además ata y absorbe las energías de Naruto, mientras que un clon aún dentro del Bijū, usa el Modo Ermitaño y dentro del esófago de la bestia localiza la barra y la golpea desde adentro sacándola. Así Son Goku es liberado.

El pasado de Kabuto es revelado pasado algún tiempo desde que llegó al orfanato este se convierte en un ninja medico donde gana dinero para ayudar con el orfanato y es allí donde conoce a Orochimaru, poco después Danzō se reúne con Nono donde le piden reunir información especial de la Aldea Oculta de la Roca, ésta se niega pero tras una acalorada charla acepta pero Danzō además quiere llevarse a uno de los niños donde Kabuto se ofrece para mejorar su ninjutsu médico y se marcha. Este se infiltra en las otras grandes naciones; es el país de la roca donde este tiene un combate con un shinobi que tras herir gravemente se da de cuanta que es Nono pero esta no lo reconoce y los esfuerzos por salvarla son inútiles a lo que Kabuto confundido se pregunta que fue todo lo que ella le dio. Orochimaru se le aparece y le ofrece contarle todo lo que el quiera saber acerca de Nono, ya en el laboratorio este le explica que ambos sabían demasiado y eran muy buenos espías y el objetivo de Danzō es que ambos terminaran acabándose, para ello le "lavan el cerebro" a Nono con impostores de Kabuto durante los últimos años, a lo que este en un ataque de furia lo ataca, pero Orochimaru le dice que para llenar algo que no lo satisface solo debe buscar algo que lo reemplace una cosa tras otra, y le pide unirse a él y formar la aldea del sonido.