L’unité d’embuscade est poursuivie par le groupe d’invocations devant lesquelles elle a battu en retraite ; une unité de samouraïs dirigée par Mifune est en route pour leur porter assistance. Arrivé à proximité de ceux qu’il poursuit, Hanzô invoque sa salamandre, Ibuse, qui crache son poison. Au moment où Kankurô va être tué par Hanzô, Mifune s’interpose, et les samouraïs protégés de leurs masques mettent les ninjas à l’abris. Mifune explique à Hanzô qu’il s’est allié aux cinq grandes nations ninja pour protéger la paix, et engage le combat avec lui, tandis que Kimimaro et Chiyo affrontent les samouraïs. Pendant le combat, Mifune et Hanzô discutent de la paix et de la mort ; Mifune explique à Hanzô pourquoi leur sabre est si important pour les samouraïs, et lui fait se rappeler le jour où Pain l’a tué. Il lui révèle également l’avoir déjà affronté par le passé, Hanzô lui ayant brisé son sabre et fracassé le crâne ; poussé par ses convictions, Mifune parvient cette fois à briser le kusari-gama de Hanzô et à lui arracher son masque, après l’avoir empêché d’utiliser son ninjutsu par la rapidité de ses mouvements de iaidō. Hanzô se souvient de leur combat passé et de leur discussion sur les convictions ; voyant qu’il avait perdu les siennes, il se poignarde dans sa poche de poison, donnant l’occasion aux ninjas de le sceller, confiant à Mifune ses convictions retrouvées : apporter la paix.

Naruto est perturbé par le chakra de Kyûbi qu’il a ressenti à l’extérieur, et ne parvient plus à se concentrer sur son entraînement. Il cherche alors à sortir, mais est arrêté par un groupe de gardes menés par Shibi Aburame ; Iruka s’avance pour parler à Naruto. Il tente de lui mentir sur la raison de son isolement, mais Naruto force le passage en « mode sage » et traverse la cascade. Immobilisé par une technique du Clan Nara, il absorbe de l’énergie naturelle et ressent tout ce qui se passe sur les différents champs de bataille. Iruka lui explique alors qu’ils sont en guerre pour le protéger et protéger ainsi le monde ninja, mais Naruto décide de mettre fin à la guerre lui-même en repensant aux paroles de Nagato. Il tente de convaincre Iruka de lui faire confiance, mais celui-ci lui rapporte son bandeau protecteur et en profite pour l’entourer d’un sceau barrière. Utilisant le chakra de Kyûbi, Naruto brise toute étreinte et s’enfuit ; durant sa fuite, Naruto découvre un message glissé par Iruka dans son bandeau protecteur, lui disant qu’il n’a pu le retenir et a failli dans sa mission confiée par Tsunade, face à la détermination du jeune ninja ; il lui demande alors de revenir vivant, s’excusant de n’avoir pu le protéger. Quand Bee surgit à son tour de la cascade, Iruka lui supplie de protéger Naruto ; joignant son poing à celui d’Iruka, Bee comprend qui il est et l’importance qu’il a pour Naruto ; il part alors à la suite de Naruto pour l’assister et terminer son entraînement, malgré les ordres du Raikage. Ce dernier, au quartier général est furieux ; Tsunade s’assure alors que l’équipe, censée retenir Naruto sur l’île avec une barrière auto-régénérante à trente-six couches, que même un jinchūriki ne peut franchir, est prête. Bee se joint à Naruto pour attaquer la barrière ; on conjuguant leurs forces, avec un « orbe du démon » de Bee poussé par Naruto, ils traversent toutes les couches…

Killer Bee et Naruto quittent l’île, reliée au Pays de la Foudre. Pendant ce temps, le Zetsu noir s’apprête à enlever les seigneurs féodaux, et est attaqué par la Mizukage et l’équipe assignée à leur protection. Au cours du combat, Zetsu ressent le chakra de Kyûbi et Hachibi et prévient Tobi qui lui dit de continuer à maintenir la Mizukage et son équipe hors des autres champs de bataille, bien que la prise des daimyo ne soit plus un objectif à atteindre. Tobi décide de partir sur le champ de bataille pour récupérer les deux derniers bijū.

Sur la plage, les combats se terminent ; Chôza et ses compagnons parviennent à confiner Dan et Tenten détruit les masques de Kakuzu avec l’éventail de feuilles de palme avant de s’écrouler à cours de chakra. Grâce à l’aide de Chôji, les dernières invocations de Kabuto sont vaincues, et les Zetsu blancs sont également détruits.

À ce moment, Tobi apparaît et invoque la statue du « Démon des Enfers ». Au quartier général, Tsunade et le Raikage apprennent les nouvelles de la fuite de Naruto et Bee et de l’attaque de Tobi ; le Raikage décide d’aller personnellement arrêter les jinchūriki avec Tsunade, laissant la coordination du quartier général à Shikaku. Profitant de la confusion semée par son invocation, que ni une attaque coordonnée de Chôji et Chôza, ni la technique ultime de Kitsuchi ne parvient à arrêter, Tobi se faufile jusqu’au pot de purification ambré contenant Kinkaku et Ginkaku pour le voler, malgré l’intervention de Shikamaru qui avait compris ses intentions. Ayant atteint son but, Tobi bat en retraite avec son invocation, laissant le champ de bataille dévasté. Sur les autres champs de bataille, Kabuto comprend également les intentions de Tobi, et rappelle ses invocations ; l’alliance ninja se prépare pour une éventuelle attaque nocturne ; chaque camp a perdu la moitié de ses soldats, 40 000 pour l’alliance ninja, 50 000 pour Akatsuki.

Alors qu’il se dirige avec Bee vers le champ de bataille, Naruto ressent le doute qui s’instille au sein des troupes de l’Alliance Ninja. Soudain, A et Tsunade surgissent devant eux. Voyant qu’il ne peut convaincre le Raikage de le laisser passer, Naruto décide de passer en force, mais A le devance et l’envoie à terre. Naruto essaie alors de convaincre Tsunade, mais cette dernière lui dit qu’elle ne peut prendre de décisions individuellement au sein de l’Alliance. Naruto réessaie de s’enfuir, mais est sans cesse devancé par le Raikage, bien que sa vitesse impressionne Tsunade ; A lui annonce qu’il est le ninja le plus rapide depuis la mort du 4e Hokage. Alors que Naruto l’interroge sur son père, il déclare l’avoir affronté en de maintes occasions, et pensé que personne ne pourrait jamais le vaincre ; mais bien qu’il eut été considéré comme l’« enfant de la prophétie », il a selon lui échoué face à Kyûbi, et Naruto, son fils, devrait en prendre de la graine. Se souvenant de sa conversation avec sa mère, Naruto décrète que son père n’a pas échoué, lui ayant transmis son héritage. Devant l’entêtement de Naruto, le Raikage décide de le tuer pour retarder la renaissance de Kyûbi et le plan de l’ennemi, mais Bee s’interpose, bloquant le bras de son frère avec le sien. Bee dit à son frère qu’il fait confiance à Naruto, et que si quelqu’un doit mourir, il préfère que ce soit lui. Alors que A lui dit que les jinchūriki ne sont que des outils pour leur village, Bee lui répond qu’ils ont également des sentiments, et qu’avec leurs poings en contact, il devrait être capable de lire dans son cœur.

A se souvient alors de la manière dont il a rencontré Bee, seul enfant du village à pouvoir rivaliser avec sa force pour exécuter un double-lariat équilibré ; depuis ce jour, Bee est devenu son frère adoptif et coéquipier, pour former la plus puissante équipe de Kumo. En travaillant avec A et en grandissant, Bee a développé ses talents de ninja, en même temps que sa force physique, et leur réputation est allée grandissante ; Bee espérait rattraper son frère pour exécuter un double-lariat sans que A restreigne sa force, et pouvoir le regarder de haut à son tour. A se souvient ensuite de sa conversation avec le précédent jinchūriki de Hachibi, cousin de Bee, avant qu’il ne se fasse submerger par le démon : ce dernier lui avait dit que Bee deviendrait sans doute le prochain, et qu’il faudrait alors lui « remplir le cœur » pour l’empêcher de sombrer. Avant qu’il ne soit fait jinchūriki, A parle à Bee, en lui disant de lui dire tout ce qu’il a sur le cœur et qu’il compte beaucoup pour lui en tant que frère et équipier ; Bee lui avait alors dit de ne pas s’inquiéter. A se rappelle ensuite leur première rencontre avec le 4e Hokage ; utilisant un tentacule, Bee avait permis à A d’éviter de se faire poignarder lorsque Minato est apparu dans son dos. A avait ensuite tenté de prendre Minato de vitesse, mais ce dernier est apparu derrière Bee, sur qui il avait apposé son sceau de téléportation. Menacé également par un des sabres de Bee, Minato les avait félicités pour leur travail d’équipe, et avait conseillé à A de trouver ce qui était vraiment important pour Bee afin que celui-ci ne sombre pas dans la folie.

L’escouade d’Omoï est attaquée par l’épéiste Ameyuri Ringo, utilisant les « Crocs de la Foudre » et a besoin de renfort. Les quelques survivants se rassemblent tandis que Kakashi, Gaï, Saï et quelques autres se dirigent vers les lieux. Celui qui prend le commandement, Nurui, décide de battre en retraite, mais Omoï pense à venger ses compagnons morts au combat. Alors qu’ils s’enfuient, poursuivis par Ameyuri, réputée pour n’avoir jamais laissé sa proie s’enfuir, Omoï décide d’engager le combat. Pendant que Gaï, Kakashi et leurs compagnons se hâtent sur les traces d’Ameyuri, Omoï engage un combat de sabre contre elle ; dominé, il décide d’utiliser une technique d’épéiste que Killer Bee lui a apprise, mais il est finalement mis à terre par son adversaire, qui le félicite pour sa pugnacité. Ameyuri le laisse en vie le temps de se débarrasser de ses deux compagnons, puis le prend à nouveau en chasse ; suivant le plan que Nurui lui a révélé, Omoï fait faisant semblant de fuir, et attire l’épéiste sur un terrain de sables mouvants recouvert d’une couche de terre ; lorsqu’elle utilise sa technique « Thunder Gate », la terre cède et elle est prise au piège. Kakashi, Gaï, et Saï arrivent à temps pour sortir Omoï des sables mouvants ; avant de disparaître, Ameyuri lui offre ses sabres pour le remercier du combat. Inoichi annonce à Kakashi et Gaï que Naruto et Killer Bee se dirigent vers le front et que le cours de la guerre va changer.

Mabui et Shikaku font un résumé de la situation sur les divers champs de bataille.

Tobi estime que Naruto va devoir se rendre sur les champs de bataille pour contrer les Zetsu blancs. Dans le campement de l’unité médicale, Sakura découvre que l’ADN du Zetsu blanc est proche de celui du 1er Hokage ; Tsunade en déduit que Tobi possède sans doute l’ADN de ce dernier, ce qui le rend quasiment immortel. Naruto et Bee reçoivent l’ordre de découvrir les Zetsu blancs cachés, tout en faisant attention à ne pas se faire récupérer par Tobi. Ils croisent un groupe de Zetsu blancs ayant pris la forme de ninjas de l’alliance et se débarrassent d’eux. Naruto utilise le « Multi clonage supra » pour créer plusieurs centaines de clones et les envoyer sur tous les fronts. En chemin, il sauve deux ninjas attaqués par Toroï, invoqué par Kabuto.

Les troupes de Gaara ne peuvent plus reculer face aux anciens Kage ; Gaara et Oonoki décident donc de passer à l’offensive. Le 4e Kazekage contre la première vague de sable de son fils avec de la poussière d’or ; il pense que Gaara a utilisé le Shukaku, mais se rend compte que ce dernier n’a plus son démon. Oonoki engage un combat de Jinton avec son ancien maître, Mû.

Naruto et Killer Bee arrivent face à Itachi et Nagato, contrôlés par Kabuto. Les deux anciens membres d’Akatsuki sont impressionnés par le contrôle de Naruto sur le chakra de Kyûbi, mais Kabuto interrompent leur conversation et les force à attaquer. Nagato invoque son chien et son oiseau géants pour combattre Naruto, tandis qu’Itachi croise le fer avec Bee. Au moment où Itachi déclenche son « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan », un corbeau sort de la bouche de Naruto.

Naruto se souvient qu’Itachi lui avait légué ce corbeau lors de leur dernière entrevue, après avoir discuté de Sasuke. Soudain, Itachi attaque Nagato et ses invocations avec la « Lumière céleste ». Il explique à Naruto et Bee que le corbeau porte l’œil de Shisui Uchiwa, qui le lui a légué pour protéger Konoha, le « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan » de Shisui offrant à son possesseur une illusion qui permet de contrôler une personne sans même qu’elle ne s’en rende compte. Estimant que Sasuke était potentiellement une menace pour le village, et qu’il se grefferait ses yeux pour obtenir le « Kaléidoscope hypnotique éternel du Sharingan », Itachi avait programmé l’œil de Shisui pour réagir aux siens et poser l’ordre de protéger Konoha. Se trouver face à cette illusion permet à Itachi de briser le contrôle de Kabuto et d’agir de sa propre volonté.

Naruto remercie Itachi et lui demande de le laisser s’occuper maintenant du reste, mais Kabuto compte bien récupérer les deux jinchūriki, et l’œil de Shisui en prime. Contrôlant Nagato, il lui fait se débarrasser des flammes de Lumière céleste et se cacher avec son invocation de caméléon géant le temps d’être suffisamment reconstitué pour attaquer. Nagato est finalement envoyé à nouveau à l’assaut ; il utilise les pouvoirs de Gakidô pour absorber le chakra de Hachibi, et commence à aspirer l’âme de Naruto avec le pouvoir de Ningendô…

Un des clones de Naruto rencontre l’équipe de Karui en difficulté face à un rōnin réincarné par Kabuto nommé Tatewaki. Naruto le reconnaît, l’ayant rencontré trois ans auparavant durant une mission de kidnapping effectuée avec l’équipe 10, consistant à enlever un jeune daimyō retenu en otage, pour le ramener à sa nation d’origine dans le cadre de l’annulation d’un traité. Afin d’effectuer discrètement leur mission, Naruto et Chôji s’étaient introduits en tant que participants à un concours du plus gros mangeur, les finalistes étant invités à rentrer dans l’enceinte du château ; Tatewaki était alors le capitaine de la garde, chargé de la surveillance du jeune seigneur. Chôji s’étant qualifié, durant la finale, Ino avait envoyé son esprit dans le corps du jeune otage pour l’entraîner à l’écart et le remplacer par Naruto faisant illusion avec une technique de transformation ; Shikamaru avait ensuite forcé Chôji à ne terminer que second pour qu’il puisse gagner le grand panier d’osier nécessaire pour cacher le jeune daimyō.

Naruto dit aux autres d'éliminer Yota car seul le vrai était avec Naruto. Ils se souvenaient qu'ils avaient été sauver Yota mais en s'enfuyant dans la forêt ils étaient obligés de traverser la rivière et Yota mourut. Il leur dit qu'il était déjà mort et il s'en alla.

Sur tous les fronts, les ninjas de l’Alliance sont en mauvaise posture face aux Zetsu blancs qui ont pris l’apparence de certains des leurs. Pendant ce temps, l’équipe de protection des daimyō continue d’affronter le Zetsu noir. Les clones de Naruto arrivent aux différents points stratégiques du chap de bataille, et commence à détruire tous les Zetsu blancs infiltrés, ce qui permet aux ninjas de reprendre l’avantage. L’équipe des ninjas sensoriels vérifie la position de Tobi, qui a commencé à se diriger vers le champ de bataille avec une équipe composée d’anciens hôtes réincarnés. Pendant ce temps, sur le lieu où la 4e division a combattu les anciens kage, Kabuto utilise Mû pour invoquer une nouvelle réincarnation. Oonoki réalise trop tard que ce dernier a utilisé une technique lui permettant de se séparer en deux corps avant d’être scellé. Lorsque leur nouvel adversaire apparaît, tout le monde est sous le choc : il s’agit de Madara Uchiwa. Les ninjas se demandent alors qui se cache sous le masque de Tobi.

Naruto et Killer Bee sont face à 6 anciens hôtes qui ont été équipés avec une pupille Rinnegan chacun. Fort de son expérience après avoir combattu Pain, Naruto trouve un plan pour stopper les Jinchuriki.

Petit à petit les forces Alliées Shinobi gagnent du terrain, cepedant de nombreux ninjas doute encore de la défaite de Madara Uchiha. Shikaku et Inoichi cherchent à instaurer et maintenir la cohésion de leur grande armée !

Sur le champ de bataille, Madara se montre toujours plus puissant. Tsunade dévoile l'arcane suprême hérité de son ancêtre Hashirama. De leur côté, les frères Uchiwa trouvent le repaire de Kabuto et apprennent une mauvaise nouvelle à propos de l'Edo tensei.

Alors que l'Edo Tensei est levé, Madara reste intact sur le champ de bataille... Sasuke a pour idée de demander de l'aide à un homme de savoir et décide de ressusciter Orochimaru.

Alors qu'il assiste impuissant à la mort de Lin, Obito sombre petit à petit dans un univers qui semble irréel... Madara l'aura-t-il emmené dans un monde de visions cauchemardesques ?

Obito est devenu le Réceptacle de Jûbi et déploie une puissance inouïe. Mais sa conscience semble sur le point de sombrer..

Les candidats se mettent en rang pour la 1re épreuve. Shikamaru aura-t-il organisé un simple test écrit,

comme semblent le penser ses camarades ? Rien n’est moins sûr...

Malgré ses Byakugans, Neji ne repère aucun adversaire à la ronde. Le Désert du Mal va mettre les sens des shinobis de Konoha à rude épreuve, tandis que ceux de Suna fourbissent leurs armes.

Naruto revient au village après une longue absence et Konoha-Maru, qui s'est décrété depuis toujours son rival, le supplie de lui enseigner une nouvelle technique. Mais le héros de Konoha n'étant pas le meilleur des pédagogues, le jeune Sarutobi va s'attacher à faire sien l'Orbe tourbillonnant avec de bien curieuses méthodes...

Depuis que l'Emite Rikudô leur a conféré ses pouvoirs, Naruto et Sasuke semblent être en passe de reprendre la main. Mais Madara est un adversaire décidément plein de ressources...

Itachi est désormais le partenaire de Kisame, qui commence ses missions en tant que membre de l'Akatsuki. Le nouveau duo réussit à recruter Deidara. Pain charge alors l'équipe nouvellement formée de Deidara et Sasori de traquer le déserteur Orochimaru. Pendant ce temps-là, les informations concernant un tueur immortel poussent Itachi, Konan et Kakuzu à se diriger vers le pays de Yu.