Killer Bee désire s'initier à l'enka avec Sabu, un chanteur d'enka, laissant croire à son frère qu'il a été capturé, pour s'enfuir du village en toute tranquillité. Pendant ce temps, Sasuke parvient à leur échapper grâce au Susanô en faisant effondrer la salle, et suit Karin qui a repéré Danzô dans la salle du conseil. Ce dernier profite de la confusion pour s’échapper, poursuivi de Ao, tandis que Sasuke doit affronter la Mizukage. Affaibli par son combat précédent, il ne peut résister à ses techniques de corrosion qui érodent son Susanô, mais Zetsu vient à son secours en neutralisant son adversaire et en lui fournissant du chakra. Sasuke se heurte alors au Tsuchikage et est sauvé par Madara.

Naruto explique aux autres jeunes ninjas de Konoha sa décision de combattre Sasuke. Neji, Kiba et Shikamaru lui reprochent de couvrir ce dernier et de ne pas avoir profité de l'occasion de son état de faiblesse pour le tuer, mais Naruto déclare que son niveau actuel ne lui permettait pas de battre Sasuke : qu'il doit encore s'entraîner pour y arriver. Alors que Kakashi allait être nommé Hokage, Tsunade se réveille de son coma.

Naruto, Yamato, Gaï Maito et Aoba s'apprêtent à partir pour Kumo… Ils atteignent l’unique port du Pays du Feu, mais les marins refusent de prendre la mer car un monstre attaque les bateaux qui s’éloignent de la côte. Aoba et Gaï partent pour le vaincre et sont attaqués par un makaire géant qui semble être une invocation « sauvage », laissée là à l’abandon à la fin de la dernière guerre ninja quinze ans auparavant. Naruto et son groupe donnent un coup de main à un pêcheur nommé Yusuke qui a perdu son père tué par le poisson et veut le venger en l’attrapant. Avec l’aide de Yamato, les ninjas de Konoha offrent à Yusuke un bateau et une canne à pêche suffisamment solide, et Gaï s’occupe de la propulsion, ouvrant l’une après l’autre les cinq premières portes célestes. Après une longue lutte, Yusuke attrape finalement sa proie ; Naruto délivre celle-ci d’un grand shuriken à quatre lames planté dans son front, et le poisson peut retourner dans son monde. Le lendemain, les ninjas peuvent finalement partir vers le Pays de la Foudre…

Alors qu’ils naviguent dans le brouillard, Yamato raconte des histoires de fantômes pour effrayer Naruto ; il parle de la légende des vaisseaux fantômes. À ce moment, ils aperçoivent un navire de piètre allure avec des feux de Saint-Elme et des corbeaux sur le gréement. Ils l’abordent et Aoba accompagné de Yamato partent en reconnaissance ; Naruto les suit mais perd leur trace ; il rencontre un jeune mousse, Hishaku qui passe la serpillière sur le pont du bateau. Souhaitant connaître son histoire, Naruto utilise le « Multi-clonage » pour l’aider à terminer ses tâches ménagères. Alors qu’ils sont rejoints par Yamato et Aoba, Hishaku raconte que tout l’équipage a été tué par un crabe géant ; celui-ci surgit et capture Yamato avec des tentacules qu’il possède sur sa carapace. Hishaku demande à Naruto de venger l’équipage ; ce dernier tente un « Orbe tourbillonnant », mais la technique n’a aucun effet sur la carapace du crabe. Hishaku prend les commandes du navire et amène celui-ci contre un rocher ; Naruto récupère Yamato qui utilise sa technique « Mokuton » pour bloquer la créature. Grâce au balai-brosse de Hishaku, Naruto coince la bouche du monstre et envoie son clone avec un « Orbe tourbillonnant » à l’intérieur ; le crabe est ainsi vaincu. Hishaku remercie Naruto et disparaît retrouver ses compagnons fantômes. Ils disent tous au revoir à Naruto et disparaissent avec le navire, laissant le jeune ninja éberlué.

Shikamaru est angoissé à l’idée de devoir commander des troupes durant la guerre, un mauvais jugement de sa part pouvant mettre ses amis en danger. Son père le fait envoyer en mission avec Tenten sur une île où Naruto et ses amis vont passer. Ils embarquent avec eux, mais soudain, des pièges se déclenchent : un brouillard se répand, la boussole se dérègle et des rochers apparaissent hors de l'eau. Gaï parvient à les briser, mais surgit un rocher plus gros, dont ils se détournent grâce à Yamato ; ils arrivent enfin sur un tourbillon, neutralisé par un « Orbe tourbillonnant géant » de Naruto. Lorsque les événements se répètent deux fois, et qu’ils arrivent une quatrième fois sur les rochers, tous ont épuisé leur chakra ; Shikamaru analyse la situation et comprend que ces événements ne sont pas naturels : quelqu’un cherche à les faire tourner en rond et couler. À l’arrivée sur le tourbillon, il fait cacher par Tenten le bateau dans un parchemin et ils restent à la surface de la mer. Les habitants de l’île arrêtent alors les pièges et viennent chercher leur butin, mais Tenten, faisant reparaître le bateau, les fait chavirer, et ils reprennent leur route. Lorsque Naruto dit à Shikamaru que son intelligence a été utile pour les sauver, ce dernier voit fondre ses angoisses.

Konohamaru souhaite participer à la guerre qui va bientôt commencer. Il part voir Sakura avec ses deux coéquipiers Moegi et Udon, mais elle leur fait ranger des boîtes de médicaments. Il décide alors d'aller voir Tsunade, qui lui fait comprendre par la colère que c'est une mauvaise idée ; elle se rappelle le jour où elle a confié son collier à son petit frère Nawaki. Ils tombent ensuite sur Shikamaru, à qui Konohamaru explique sa rancœur de ne pas pouvoir combattre en tant que ninja de Konoha à part entière. Ce dernier lui demande quel « roi » il pense protéger, et lui dit qu’il ne sera pas un ninja à part entière tant qu’il n’aura pas la réponse. Konohamaru voit arriver Temari apportant un message de Gaara a Tsunade, et décide de l’intercepter à son retour vers Suna pour la défier. Ses deux coéquipiers vont chercher Shikamaru paniqués. Dans la forêt de Konoha, Konohamaru et Temari s'affrontent, et cette dernière se moque du jeune ninja après l’avoir mis à terre. Losqu’elle dit que Naruto ne peut pas avoir d’élève valable, Konohamaru furieux décide d’utiliser l’« Orbe tourbillonnant » sur elle ; Temari se prépare à la contrer avec sa « Lame du vent », mais Shikamaru intervient et arrête le jeune ninja, dont la technique crée un grand cratère dans le sol. Lorsque Moegi lui donne une claque, Konohamaru comprend que leur tâche de protection des personnes âgées et des enfants lorsque les adultes sont au combat est très importante, surtout si l’ennemi attaque le village. Temari reprend son chemin, en reconnaissant la valeur de Konohamaru et de l’enseignement de Naruto.

En voyant une coccinelle sur le bateau, Naruto se dit que ça lui fait penser à quelqu’un… À Konoha, Shino parle à ses élèves et leur dit qu’il a peur de la guerre mais pense qu’il survivra car il a des amis sur qui compter. Il se remémore une mission de l’équipe 8 avec Hinata et Kiba du temps où ils étaient genin. Devant arrêter un voleur, ils se font battre, ce dernier attaquant Shino au taijutsu avant de lui déclarer qu’il est faible. Ils se rendent compte que le voleur est un jōnin renégat et qu’ils n’avaient aucune chance de le vaincre, mais le mal est fait, Shino est vexé et ne souhaite plus faire partie de l’équipe de peur de ne pouvoir être un soutien pour ses camarades. Kurenaï les envoie alors en mission près de sources chaudes ; Hinata et Kiba entraînent Shino au taijutsu, et le jeune ninja devient finalement suffisamment fort pour contenir ses deux camarades et éviter la « Morsure de l’homme-bête » de Kiba. Il est cependant toujours vexé, et quand ils apprennent par un pigeon messager que le ninja renégat est dans le coin, il refuse tout d’abord de suivre ses camarades pour le tracer. Repérés, Kiba et Hinata doivent combattre et se font piéger ; au moment où ils reçoivent un explosif, ils sont protégés par une sphère d’insectes : Shino est revenu. Le jōnin l’attaque au taijutsu, mais avec un clone d’insectes, Shino finit par le vaincre sans même lui laisser le temps de faire des signes de ninjutsu. Achevé par Hinata et Kiba, le voleur est fait prisonnier, et Shino réintègre l’équipe 8, avec la confiance de ses camarades pour assurer leurs arrières. Sur le bateau, Naruto ne se souvient toujours pas à qui lui fait penser l’insecte.

Les ninjas de Konoha s'apprêtent à accoster sur l’île, à l’apparence inhospitalière et habitée d’animaux géants, lorsqu’ils sont attaqués par un gigantesque calmar. Secourus par Killer Bee, ils sont accueillis par le gardien de l’île, Motoï, qui leur apprend que c’est l’île où Bee s’est entraîné pour contrôler son démon. Naruto rend visite à ce dernier pour lui demander de l’aider afin de maîtriser Kyûbi, mais leur première rencontre ne se passe pas très bien, car Naruto se moque de son apparence, et Killer Bee lui claque la porte au nez ; il va donc chercher conseil auprès de Motoï, qui le conduit aux « Chutes de la Vérité ». Face à la cascade, Naruto rencontre son côté négatif qui cherche à lui faire éprouver des sentiments haineux, lui rappelant sa triste enfance et le revirement opportuniste des villageois quand il a sauvé Konoha. Il commence à l’affronter, mais se rend vite compte qu’ils sont de force égale ; Motoï lui annonce cependant qu’il doit le vaincre s’il veut avoir une chance de contrôler son démon.

La narration du récit des événements s’étant produits le jour de la naissance de Naruto se poursuit. L’homme masqué enlève le nourrisson qui vient de naître et force Minato à s’éloigner avec lui, puis emmène Kushina au loin pour extraire et assujettir Kyûbi. Minato met Naruto à l’abris et revient pour sauver la jeune femme au moment où le démon va la tuer, l’emmenant près du bébé. Pendant ce temps, à Konoha, le 3e Hokage et quelques ninjas ressentent une perturbation ; soudainement, le démon renard surgit dans l’enceinte du village, invoqué par l’homme au masque, semant la panique. Alors qu’il commence à dévaster le village, les ANBU évacuent la population et les jeunes ninjas, pendant que les parents de ces derniers affrontent Kyûbi. Minato arrive et déplace une attaque de chakra du démon avec une technique d’espace-temps, mais il est attaqué par l’homme au masque, manquant de se faire aspirer par lui ; il doit s’éloigner du village pour l’affronter. Au cours du combat, il analyse que son adversaire se rend immatériel pour parer ses coups, mais doit se matérialiser pour porter une attaque ; il le piège donc en lui envoyant un kunaï à travers la tête, puis en faisant un saut d’espace-temps sur le kunaï au moment où l’homme s’apprête à le saisir, le terrassant d’un « Orbe tourbillonnant » et lui apposant un sceau. Il surgit ensuite devant lui et lui appose un autre sceau lui enlevant le contrôle de Kyûbi.

La narration du récit des événements s’étant produits le jour de la naissance de Naruto se poursuit. À Konoha, les dégâts sont considérables : Kyûbi détruit et tue, notamment les parents d’Iruka. Le 3e Hokage invoque Enma et repousse avec lui le démon hors du village. Pendant ce temps, l’homme au masque s’éclipse, non sans dire à Minato qu’il reviendra prendre Kyûbi et diriger le monde un jour. Le jeune homme retourne à Konoha et invoque Gamabunta pour coincer le démon renard au sol, le temps de se déplacer avec lui au loin. Il ramène Kushina et Naruto avec lui et la jeune femme immobilise Kyûbi avec son chakra ; alors qu’elle souhaite ramener le démon en elle et mourir en le restreignant, Minato décide de sceller en lui la moitié de Kyûbi avec le sceau de l’« Emprisonnement des morts », puis de sceller l’autre moitié dans le bébé avec ce qui leur reste de chakra pour le rencontrer et l’aider plus tard, car il pense que Naruto est l’enfant de la prophétie faite à Jiraya. Réticente, Kushina se laisse convaincre quand le démon tente de tuer le nourrisson et qu’ils doivent s’interposer, se faisant tous deux transpercer par sa griffe. Elle parle un court moment à Naruto, lui donnant des conseils pour sa vie à venir, puis Minato applique le sceau.

Retour au présent, Kushina s’excuse auprès de Naruto à cause de la vie difficile qu’il a eue et leur absence à ses côtés ; Naruto lui répond qu’il en a effectivement bavé, mais qu’il ne leur en a jamais voulu, et est heureux, car il sait maintenant qu’ils ont donné leurs vies pour lui, et qu’il est plus rempli de leur amour que par la haine de Kyûbi ; Kushina disparaît alors en lui disant merci de les avoir acceptés et d’être né pour eux.

Rétrospective de l’enfance de Naruto et ses débuts en tant que genin avec Sasuke et Sakura sous la férule de Kakashi, jusqu’à leur départ pour le Pays des Vagues. Centré sur la rencontre de Naruto et Sasuke et le début de leur relation houleuse.

Suite de la rétrospective, combat contre Gaara et le Shukaku contre lesquels Sasuke échoue, tandis que Naruto réussit ; puis le face à face avec Itachi et Kisame durant le voyage de Naruto et Jiraya pour retrouver Tsunade. Cassé physiquement et psychologiquement par son grand frère, Sasuke se retrouve à l’hôpital et doit être soigné par Tsunade ; lors de sa convalescence, il provoque Naruto en duel, jaloux des progrès de son camarade, et remarque au moment où Kakashi interrompt le duel la puissance de la nouvelle technique de Naruto, l’« Orbe Tourbillonnant ». Abordé par le Quartet du Son, Sasuke se voit proposer de rejoindre Orochimaru pour gagner plus de puissance.

L’unité d’embuscade de l’Alliance Ninja, dirigée par Kankurô se dirige vers le territoire ennemi sur les oiseaux d’encre de Saï. Pendant ce temps, l’évacuation des territoires à risques s’organise, et les différentes unités partent vers leur destination. Poursuivis par L’unité d'embuscade d’Akatsuki, Tokuma, Ranka et Muta finissent par tomber aux mains de l’ennemi, non sans être parvenus à envoyer les informations au quartier général. Kankurô, Omoï, Saï et leurs compagnons arrivent en territoire hostile et installent leur camp ; soudain, Muta apparaît devant eux contrôlé par Sasori qui tente de faire exploser le groupe avec une bombe insérée dans sa jarre d’insectes. Manipulés également par Sasori, Tokuma et Ranka attaquent le groupe qui a pu se protéger de la déflagration. Dans les invocations de Kabuto qui leurs sont opposés, Saï reconnaît son grand frère, Shin. Furieux de voir qu’on utilise contre eux des connaissances, Omoï passe à l’offensive et libère Tokuma et Ranka en coupant les fils de Sasori. Kankurô saisit l’occasion pour se relier à ce dernier et le faire tomber ; il dévoile alors sa nouvelle marionnette, l’ancien corps de Sasori.

Loin du champ de bataille, Naruto en plein entraînement perçoit la perturbation provoquée par la transformation de Kinkaku. Ce dernier, revêtu du manteau de Kyûbi fait des ravages, poussant le Raikage à faire envoyer à la 1re division le « pot de purification ambré », par le biais de Mabui, afin de le sceller. Darui, rejoint par Kitsuchi et leurs compagnies tentent de gagner du temps en attendant Shikamaru, Ino et Chôji, chargés de combiner leurs compétences pour forcer Kinkaku à répondre à son nom pour le sceller dans le pot. Ces derniers arrivent sur le champ de bataille, et combinent les techniques du « Boulet humain », de la « Manipulation des ombres » et de la « Transposition » pour parvenir à leurs fins. Continuant le combat, ils se retrouvent face à Kakuzu qui leur dit que Kinkaku et Ginkaku on beau avoir été vaincus, leurs propres généraux d’or et d’argent ont déjà été capturés et retournés contre eux, invoqués par Kabuto : Dan et Asuma, leur ancien sensei. Celui-ci vient à leur rencontre…

Naruto et Killer Bee continuent à se diriger vers le champ de bataille en s’éclairant grâce au chakra Kyûbi. Pendant le trajet, celui-ci prend Naruto à partie et tente de lui faire comprendre qu’il ne pourra pas tout résoudre tout seul et mettre un terme à la haine engendrée par la guerre, et lui rappelle qu’il n’a rien pu faire pour celle qui consume Sasuke. Naruto se souvient alors de son premier combat contre Sasuke, à l’académie ninja lors d’un entraînement, et où battu, il avait vu dans les yeux de son adversaire sa haine du monde, avant de refuser de faire le symbole traditionnel de la réconciliation marquant traditionnellement la fin du combat. Alors que Kyûbi fait remarquer à Naruto que la haine de Sasuke n’a fait que devenir de plus en plus vive malgré ses efforts, Naruto lui dit qu’il ne perdra jamais ses convictions, qu’il aidera Sasuke coûte que coûte, mettra fin à la guerre, et lui annonce qu’il s’occupera aussi un jour de la haine que le démon renard garde en lui. En lui-même, Naruto remercie Kyûbi d’avoir malgré tout veillé sur lui depuis son enfance comme l’auraient fait des parents, et espère qu’il continuera à veiller sur lui pour qu’il puisse continuer à suivre son nindō.

Les Zetsu blancs s’introduisent la nuit dans le camp des samouraïs, et parviennent à libérer Deidara qui y était retenu prisonnier. Mifune, Okisuke et Kurotsuchi, qui était venue interroger Deidara pour savoir où étaient Kabuto et Sasuke partent à leur poursuite avec une escouade de samouraïs, mais ils n’ont qu’un ninja pouvant utiliser le raiton à l’aide d’une batterie pour repousser le bakuton de l’artiste. Deidara, qui a appris de Kurotsuchi que Sasuke a survécu à son « Art Ultime » et a rejoint Akatsuki est terriblement vexé ; alors que Kabuto s’apprête à le rappeler, il lui demande de le laisser combattre les samouraïs pour regagner son honneur d’artiste et perfectionner un « Super Art Ultime ». Avec Chûkichi, Kabuto fait gagner du temps à Deidara et lui permet d’atteindre un terrain où il peut trouver de l’argile. Leur premier combat avec Deidara est un échec, le ninja utilisant le raiton n’étant pas assez puissant pour contenir les explosions de Deidara, mais ce dernier est désespéré en voyant que son corps ne peut être détruit et est donc incompatible avec son esthétique d’artiste de l’art éphémère. Deidara repart pour tenter de trouver la voie vers le « Super Art Ultime ». Comprenant qu’il est obsédé par Sasuke qui a hautainement ignoré son art, Kurotsuchi prend la forme du jeune ninja rénégat pour aller au devant de Deidara, et l’attire sur un terrain pierreux où ce dernier ne peux pas dévier le raiton. Mifune perce Deidara de son sabre, et lui envoie une décharge de raiton suffisante pour bloquer son bakuton ; Kankurô l’enferme à nouveau dans sa marionnette Kuroari. Sur le chemin du retour, Deidara réfléchit à ce que pourriat être son « Super Art Ultime ».

Kakashi reçoit du quartier général le parchemin et le pinceau géants, pour exécuter le sceau de l’ANBU Racine. Il les apporte à Saï, et confie à Rock Lee la tâche de le protéger pendant qu’il s’en servira. Kakashi explique à Lee qu'après l’attaque d’Orochimaru sur Konoha, Danzô avait demandé à Saï d’apprendre à contrôler un sceau capable d’emprisonner les invocations de la « Réincarnation des âmes ». Repensant aux paroles de Danzô et à la dangerosité du sceau, basé sur la puissance des émotions refoulées, et rendant vulnérable aux pensées négatives, Saï ne parvient pas à dormir. Au matin, les épéistes légendaires de Kiri, Pakura et Gari attaquent. Alors que Jinin Akebino attaque un groupe de ninjas avec son épée légendaire Kabutowari, Kakashi, Saï et Lee arrivent. Saï se prépare à utiliser son sceau, se demandant s’il va parvenir à le maîtriser sans se laisser entraîner par la peur qu’il éprouve en libérant ses émotions et se souvient de son entraînement avec Danzô durant lequel il avait échoué. De son côté, Kakashi combat Jinin Akebino et parvient à le couper en deux ; il demande à Ensui Nara de l’immobiliser le temps que le sceau ne soit prêt et s’en va avec le reste du groupe. Saï repense à Shin, utilisé par Akatsuki, et se laisse envahir par ses émotions négatives. Alors que Gari attaque Ensui, Lee doit intervenir pour le protéger et engage un combat de taijutsu avec Gari. En voyant qu’il n’y a pas de sentiments négatifs dans la colère de Lee, Saï commence à comprendre comment maîtriser son sceau, mais une explosion de Gari étourdit Ensui, et Jinin Akebino est libéré. En voyant Lee combattre, Saï comprend que la source de sa colère vient de ses sentiments pour ses amis. Se souvenant qu’il a également des amis maintenant, il commence à dessiner, exécute son sceau de l’« Œil tapi du tigre » au moment où Akebino Jinin finit de se reconstituer, et le scelle. Voyant qu’il est seul contre trois, Gari s’enfuit.

Mina a des visions concernant Naruto et des serpents qui lui font peur. Kabuto utilise le garde de Tonika pour créer une nouvelle invocation. Naruto, bien que de plus en plus mal, accepte d’entraîner les enfants, tandis que Deidara et Hidan sont attaqués par Yamato, Saï et quelques gardes. Après l’entraînement, les enfants commencent à former une véritable famille avec Dokku et Shiseru, mais de retour à la maison, Mina agresse Naruto en le frappant au ventre et en disant « va-t’en » ; Shiseru la gifle. Le lendemain, ils reçoivent la visite du chef de Tonika qui semble avoir survécu ; il demande à Dokku où est la partie du trésor qu’il lui a confié, mais Mina a une vision et ils découvrent que c’est une invocation de Kabuto ; ce dernier apparaît et les attaque avec d’autres invocations pour obtenir l’emplacement du trésor de force. Durant le combat, Naruto se roule soudainement par terre de douleur, et Mina le frappe à nouveau en disant « va-t’en » ; il vomit alors des serpents de Kabuto qui s’assemblent pour former un Naruto revêtu du manteau de Kyûbi à quatre queues, qui attaque Sakura, puis Naruto, les mettant hors de combat.

Le chef du village de Hâcho se révèle être le véritable cerveau derrière l’attaque de Tonika. Ancien psychopathe spécialiste en invocations et ayant travaillé sur la « Réincarnation des âmes » avec Orochimaru, Disonas a perdu ses pouvoirs, et presque la vie, au cours d’un affrontement face à Pain ; depuis, il cherche à les récupérer en utilisant le trésor de « The Hole », et a engagé Kabuto pour l’aider dans cette tâche. Enserré par des serpents qui dévorent son chakra, Naruto parvient à s’en défaire en créant du chakra d'ermite. Mina, Léo et les autres enfants arrivent et sont appréhendés par un clone de Kabuto.

Ayant récupéré les sept fragments du trésor représentant des notes, Disonas qui en possède le mode d’emploi l’active avec une première mélodie. Alors que Dokku parvient à rejoindre les enfants et Shiseru et fuit avec eux, Kakashi et les autres ninjas de Konoha arrivent ; Kabuto fait apparaître à nouveau ses invocations. Naruto engage le combat contre son double paré du manteau de Kyûbi et le domine avec le Senjutsu, tandis que le trio Ino-Shika-Chô combat le double de Hidan. Deidara utilise toutes les autres invocations comme bombes, mais celles-ci ne se reforment pas, Kabuto ne maîtrisant pas encore totalement la technique. Les doubles formés de serpents commencent à se décomposer, leur durée de vie étant limitée, et le clone de Naruto tombe dans la source de puissance que Disonas est parvenu à activer avec une seconde mélodie. Le sol de « The Hole » commence à s’affaisser, et la zone doit être évacuée rapidement ; Disonas tente de s’exposer au rayon de puissance créé par la mélodie, mais se retrouve face à Naruto. Une chimère ressemblant à un démon renard avec sept queues se terminant par des têtes de dragons surgit du rayon de puissance.

Sur le champ de bataille où l’unité de Gaara combat les anciens kage, le 3e Raikage et le 2nd Mizukage se libèrent de l’emprise du sable avant d’être scellés. Oonoki poursuit le combat face à son prédécesseur, Mû, mais celui-ci devient invisible ; Gaara part le rejoindre pour l’aider. Le 2nd Mizukage invoque sa palourde géante et met en échec avec ses mirages tous les ninjas de l’alliance qui le combattent. Naruto arrive en renfort au moment où Oonoki et Gaara sont en mauvaise posture face à Mû et utilise son « Rasengan Planétaire », mais Mû sent sa présence et esquive. Avec l’aide du sable de Gaara et de l’extension que lui fournit le chakra de Kyûbi, Naruto parvient à toucher Mû avec sa technique, et Oonoki peut l’immobiliser avant que Gaara ne le scelle. Shikaku explique à Gaara pourquoi Naruto est sur le champ de bataille, tandis qu’il rejoint avec Oonoki les ninjas combattant le 2nd Mizukage et que Naruto se dirige vers l’endroit où Temari et son groupe combattent le 3e Raikage. Gaara arrive face au 2nd Mizukage et doit protéger les ninjas le combattant de sa « Technique du pistolet à eau » ; attaqué à son tour, Gaara se défend, tout en cherchant avec son sable et son « Troisième œil » la position de la palourde géante. Une fois celle-ci détectée, Oonoki tente de la détruire avec son Jinton mais est à court de chakra ; il lui porte alors un coup avec son « Poing de pierre » qui se révèle insuffisant ; alourdissant son poing avec sa technique de « Roche super-alourdie », il parvient à briser le coquillage et les mirages se dissipent. Oonoki, trahi par son dos se retrouve immobilisé à la merci de l’ancien Mizukage qui le transperce de sa technique du « Pistolet à eau ».

Les ninjas de l'alliance sont de plus en plus méfiants les uns envers les autres à cause des clones blancs de Zetsu. Shikamaru explique à Ino et Chôji que le quartier général a mis au point une stratégie pour démasquer les imposteurs mais cela risque de prendre du temps. Soudain, l’alliance ninja est attaquée par le Quartet du Son, invoqué par la « Réincarnation des âmes » de Kabuto. Comme lors de la mission de récupération de Sasuke, Kiba va combattre Sakon et Ukon, Chôji se charge de Jirôbô, Neji affronte Kidômaru, et Shikamaru va à la rencontre de Tayuya. Malgré l’amélioration du sceau maudit de leurs adversaires, et bien que semblant dominés au début du combat, les quatre ninjas de Konoha montrent à leurs adversaires qu'ils ont beaucoup évolué depuis leur dernier affrontement : Shikamaru bat Tayuya grâce à son « Étreinte mortelle de l’ombre », Chôji élimine Jirôbô avec son « Décuplement partiel » de la main, Neji se débarrasse de Kidômaru avec la « Paume du Hakke », et Kiba gagne contre Sakon et Ukon en perforant leur défense avec la « Grande Morsure du Loup ». En route vers le champ de bataille, Naruto ressent soudainement l’aura de haine et de vengeance émise par les quatre ninjas d’Oto ; ces derniers activent une technique dans laquelle Chôji, Neji, Kiba et Shikamaru se trouvent pris…

Chôji porte le Seigneur dans sa malle en osier et visitent des restaurants tandis que Naruto se fait repérer par le samourai Tatewaki. Shikamaru, le Seigneur, Ino et Chôji arrivent au palais. Tatewaki va au palais pour sauver le daimyo et se fait toucher par des aiguilles empoisonnées. Naruto, Shikamaru et les autres vont au pays de Si. Naruto se bat contre Tatewaki et finit par se tuer lui-même.

En prenant le contrôle de Mû, Kabuto explique à Madara qu’il l’a invoqué plus fort qu’il n‘était à son apogée. Ce dernier attaque la 4e division, qu’il domine facilement sans même utiliser de ninjutsu. Naruto, qui est à court de chakra, ne peut agir face à ce nouvel adversaire, qui envoie soudainement une gigantesque attaque katon sur les ninjas, qui peinent à la contenir avec leurs techniques suiton. Madara envoie ensuite une grêle de boules de feu, et utilise la fumée comme écran pour surprendre ses adversaires. Gaara réagit en protégeant les ninjas avec son sable, et avec l’aide de Naruto et Oonoki, ils parviennent à coincer Madara, qui déclenche son Susanô, pour se défendre du « Méga-orbe tourbillonnant » de Naruto. Ce dernier parvient finalement à utiliser le mode « ermite », et tandis que Gaara tire Madara hors de son Susanô, il l’attaque avec un « Orbe shuriken » ; cependant, Madara active son Rinnegan, et absorbe l’attaque. En composant un double mudrā avec les quatre bras de son Susanô, Madara invoque une météorite qui vient s’écraser sur le champ de bataille. Alors que Oonoki parvient, à force de techniques d’allègement, à l’arrêter, une seconde météorite s’écrase sur la première, semant la désolation. Seuls quelques ninjas, ont survécu, dont Gaara, Oonoki et Naruto, et Madara tente d’invoquer Kyûbi, sans succès. Voulant tester les cellules de Hashirama Senju qui lui ont été greffées, Madara utilise alors la technique de la « Naissance de la forêt ».

Naruto ne parvient qu’à fêler légèrement le masque de Tobi. Alors qu’il subit avec Bee les attaques des hôtes réincarnés, Naruto reconnaît celles d’Utakata, et entre en contact avec le jeune homme dans son subconscient. Ce dernier lui explique les événements qui se sont déroulés après le départ de Naruto du village de Hotaru, ayant abouti à sa capture par l’Akatsuki, et sa mort. Les attaques reprennent et Naruto confronte Tobi avec le fait que le véritable Madara a fait son apparition. Ce dernier déclare ne plus se préoccuper de ce nom et que son seul but est de mener à bien le plan de l’« Œil de la Lune », puisque le monde ninja n’a plus d’espoir de rédemption et qu’on n’y trouve que le malheur. Il essaie de convaincre Bee et Naruto en leur parlant de leur enfance, mais ce dernier rejette ses conclusions, estimant avoir connu le bonheur. Le combat pour démasquer Tobi reprend, et celui-ci fait entrer toutes ses invocations dans le mode « démon à queues » avec une queue, et déclare aux deux ninjas qu’il les capturera pour finaliser son plan.

Kakashi et Gaï arrivent en renfort ! Le combat s'intensifie quand trois des six hôtes réanimés passent en mode Bijû et laissent leurs démons exprimer toute leur puissance, poussant Naruto et Killer Bee dans leurs deniers retranchements ...

Naruto utilise ce qu'il lui reste de chakra en essayant de libérer les Bijû de la coupe de Madara. Alors que tout semble perdu, Kyûbi reconnaît Naruto comme son hôte et lui propose son aide ...

Retour sur l'origine des techniques maudites du clan Uchiwa : Izanagi et Izanami

Blessé et prisonnier de Madara, Obito fait peu à peu connaissance avec des êtres artificiels qui lui tiennent compagnie.

Un repaire abandonné d'Orochimaru est découvert. Le Hokake charge Kakashi de l'inspecter, tandis que Danzô y dépêche Kinoe...

Devenu instructeur de jeunes diplômés de l’Académie, Kakashi va se révéler tout aussi impitoyable qu’à l’époque de l’Anbu...

Avec la puissance de Jûbi, Obito et Madara font des ravages dans les rangs de la coalition, au point d’entamer la détermination de Naruto, qui finit par vaciller quand il voit un de ses plus fidèles compagnons mourir sous ses yeux...

Sasuke se jette dans la bataille pour le salut de Konoha ! Le voici combattant aux côtés de ses anciens compagnons, Sakura et Naruto ! L’équipe 7 est de nouveau reconstituée, pourra-t-elle stopper Jûbi et Madara ?

Leur rouleau dérobé, la piste de l’ennemi effacée, Kiba et ses compagnons sont en proie au doute. Mais le souvenir de Naruto va faire basculer les choses !

Killer Bee rêve qu’il lutte contre Akatsuki en faisant une coalition avec les autres hôtes, afin de protéger la princesse du château Rappu.

Le jour du mariage de Naruto et Hinata a été fixé. Alors que la date approche, Kakashi rencontre un problème : les amis de Naruto sont tous des ninjas de premier plan, la première ligne de défense du village. Il leur sera compte difficile de tous assister aux célébrations compte tenu de leurs responsabilités. Alors que Kakashi tente de trouver la solution la plus raisonnable, il annonce une mission secrète pour parvenir à choisir quelles personnes pourront venir au mariage...

Le Tsuchikage et Raikage, qui sont au village de Konoha pour assister au Sommet des Cinq Kage, mentionnent qu'ils ont déjà préparé leur cadeau de mariage pour Naruto. Gaara se trouve dans un dilemme. Il est conseillé que le cadeau soit quelque chose qui sied au Kazekage mais il aimerait lui donner un cadeau plus personnel. Quelle sera sa décision ?

Le jour du mariage de Naruto approche, et un par un, chacun de ses amis prépare un cadeau. Mais le véritable but de cette mission n'a été révélé à personne : les cadeaux seront jugés pour sélectionner qui peut assister à la réception ! Voyant le soin et la réflexion qui ont été apportés à chacun des cadeaux, Kakashi commence à se demander si c'est la bonne chose à faire.