夜を迎え、第五部隊の侍たちが見張るカンクロウの傀儡の中にデイダラは捕らえられたままだった。捕虜となったデイダラと交渉するため訪れた黒ツチにより、デイダラはかつての戦いでサスケが死んでいない事を知らされる。それにショックを受けたデイダラは、侍に扮した白ゼツの協力により傀儡から逃げ出す。デイダラを追いかける黒ツチ、ミフネ、カンクロウ。だが、さらなる超究極芸術を完成させるため、逃げるデイダラの目の前に意外な人物が現れる。

ＴＶアニメ放送５００回突破を記念して、全６話のオリジナルストーリーを放送！ナルトたちにある任務が下された。その任務とは“火の国国境近くの神聖域にあるトニカ村で起こった村人惨殺事件。その犯人を突き止め、然るべき制裁を与えよ”というものだった。久々の任務に張り切るナルトだが、その村に訪れて目に入った光景は、多くの家々が無残にも破壊された激しい戦闘の跡。何故この村は襲われたのか？そしてこの村を襲った人物は一体誰なのか？

村の生き残りであるドックたちを守るため、ナルトとサクラはシセルの家で寝泊りする事に。ナルトと子供たちは一緒に過ごす事で仲良くなってゆくのだが、村の襲撃で親を亡くした彼らは寂しさに絶えきれず泣きだしてしまう。ドックとシセル、二人の存在がそんな彼らを家族へと繋いでゆく中、ナルトは息が上がってしまう程に体調を崩してしまうのだった。皆は心配そうに見守るのだが、そんなナルトにミィナは何故か「出てけッ！出てけッ！」と何度も叫びだす。