Akatsuki termine le scellage de Rokubi. Déjà rentré chez lui, Naruto se remémore sa discussion avec Itachi, que fera-t-il si Sasuke cherchait à se révolter contre Konoha? Naruto, cherchera-t-il à le sauver ou le tuer? Quel choix fera-t-il entre Sasuke et Konoha? Pour Naruto, tout est clair, il protègera Konoha et arrêtera Sasuke sans avoir besoin de le tuer, il doit suivre son nindô, sur ces paroles, Itachi lui donne une partie de ses pouvoirs. Kakashi lui demande d'aller dans le bureau de Tsunade où Fukusaku, un des crapauds ermites, lui apprend la mort de Jiraya. Il montre le code laissé par Jiraya, pensant que Naruto est l'enfant de la prophétie. Pendant ce temps, l'équipe Taka ramène Hachibi à Madara. Ce dernier se remémore sa discussion avec Sasuke lorsqu’il lui a demandé ce qu’il comptait faire après avoir appris la vérité sur son frère. Bien que devant Taka il affirme ne vouloir que se venger des hauts dirigeants de Konoha, Sasuke est déterminé à détruire complètement le village tout entier et d'éliminer aussi tous les habitants de Konoha qu'il considère comme coupable de la paix apportée par le sacrifice d'Itachi.

Naruto entend parler de l'héritage du 4e Hokage par Jiraya. Il va demander des détails au 3e Hokage, à Iruka et à Anko sans aucun succès, puis il rencontre Gaï et lui donne une brochure sur l'héritage du 4e. Chôji raconte ce qu’il a entendu à Ino et Shikamaru, et ils font la course pour savoir qui aura l'héritage, puis affrontent une araignée.

Rejeté par une grande majorité des villageois, Naruto commet beaucoup de bêtises pour se faire remarquer. Iruka, ne parvenant pas à voir en Naruto autre chose que le démon cherche à se faire démettre de sa charge, mais il reprend courage après une discussion avec Kakashi Hatake, Iruka se souvient comment il est devenu professeur : jeune ninja, son caractère doux risquait de mettre ses camarades d’équipe en danger ; se souvenant du discours sur la Volonté du Feu que lui avait fait le 3e Hokage après la mort de ses parents, il a décidé de la transmettre à la génération suivante. Kakashi lui rappelle que pour enseigner, il faut d’abord s’ouvrir soi-même aux autres.

Le chef des bandits, Kandachi, s’avère être l’ancien bras droit de Hanzô, qui a fui le Village de la Pluie avec ses hommes après la mort de son chef. Il invoque un coquillage géant nommé « roi des conques » qu’il fait se battre en utilisant ses longs appendices comme fouets, en projetant des épines de sa coquille ou en lui faisant lancer des genjutsu améliorés par les champs d’énergie. Jiraya et Naruto parviennent à vaincre la créature grâce à un « Orbe tourbillonnant géant » de Naruto, aidés par Tanishi, le jeune fils du chef du village Sukune assassiné par Kandachi qui a retrouvé son courage et une bonne opinion de son père qui s’est sacrifié pour tenter de sauver son village.

Gaara, Oonoki, Meï et A partent pour le conseil des cinq kage… Déjà en route, Danzô est attaqué par des ANBU du Pays du Bois qu’il défait seul avec son Sharingan. Naruto, Kakashi et Yamato partent vers le Pays du Fer, suivant les ninjas de Kumo grâce à des graines de Yamato collées sous leurs chaussures. Taka s'infiltre également dans le Pays du Fer. L'équipe du Raikage retrouve l’équipe de Samui et Naruto, Kakashi et Yamato sont repérés par ces derniers.

Alors que Ao est piégé par Fû , Killer Bee affronte Kisame qui rivalise face à la puissance de Hachibi grâce à son épée Samehada capable d’absorber rapidement de grandes quantités de chakra. Ao est sauvé in extremis par la Mizukage, tandis que Kisame fusionne avec son épée pour donner un être aquatique puissant et invoque une énorme quantité d’eau qui transforme le combat en zone sous-marine. Nettement avantagé dans son milieu, il finit par épuiser Killer Bee et s’apprête à l’achever quand Samehada le trahit, amoureuse du chakra de pieuvre de Hachibi. L’intervention du Raikage pour sauver son frère tourne au désavantage de Kisame qui finit décapité par un combo des deux frères.

Essuyant une tempête à bord du bateau, Naruto et le reste de l'équipage ne font pas attention et Gai se fait enlever par un aigle géant. Suivant cet aigle afin de le libérer, Yamato, Aoba et Naruto accostent sur une île. Là, ils aperçoivent une jeune fille, qu’Aoba décide de suivre, pour lui demander si elle n'a pas vu Gaï. Yamato et Naruto partent explorer l’île d’un autre côté et se retrouvent à affronter d’autres animaux géants, avant d’enfin retrouver Gaï dans le nid de l'aigle. Pendant ce temps, Aoba a suivi la mystérieuse jeune fille jusqu’à une maison, où il découvre un livre révélant que l’île sur laquelle ils se trouvent a servi pour des recherches afin de créer l’invocation animale ultime. Il suit ensuite la jeune fille jusqu’au cratère d’un volcan où il trouve ledit animal dans une chrysalide ; par un contact mental, il s’aperçoit que ce dernier a dévoré tous les chercheurs ainsi que d’autres animaux. Gaï, Yamato et Naruto arrivent également au volcan sur le dos de l'aigle géant et s’aperçoivent que tous les animaux géants s’y sont rassemblés. Ils descendent ensuite dans le volcan, et y retrouvent Aoba qui les informe de la présence de l’invocation animale ultime. Celle-ci se réveille et commence à dévorer des animaux géants ; elle assimile les techniques et propriétés de ce qu’elle absorbe. Les quatre ninjas de Konoha essayent de l'arrêter et l’animal résiste en utilisant du genjutsu et du ninjutsu, puis tente de s'échapper en déployant des ailes. Avec l’aide de l’aigle et des autres animaux géants, la jeune fille mystérieuse, qui n’était autre qu'un esprit, entrave la bête, et l’équipe de Konoha parvient à la faire tomber dans la lave du volcan, après l’avoir découpée d’un « Shuriken Tourbillonnant ».

Naruto, Gaï, Yamato et Aoba font une partie de route sur la terre ferme au Pays de l’Eau entre deux ports. Aoba parle d’un imposteur quand celui-ci les agresse ; il prétend être Naruto Uzumaki, ce qui fait bien rire les compagnons de ce dernier. Naruto met une correction au solide gaillard roux et ils se demandent ce qu’ils doivent en faire, quand survient un homme du nom d’Iggy, se disant officier ninja ; ils lui laissent l’imposteur. Iggy s’avère être le partenaire de ce dernier et le libère ; il cherche la gloire en voulant se faire passer pour celui qui aurait vaincu Naruto, après lui avoir fait terroriser la région. Ils décident de continuer leur plan et d’attaquer des marchands de passage, mais ceux-ci se révèlent être des ninjas mercenaires ; le faux Naruto se fait capturer. Iggy part chercher de l’aide auprès des ninjas de Konoha qui lui disent ne pas pouvoir l’aider. Il attaque alors seul les mercenaires et parvient à s’enfuir avec son compagnon à qui il dit regretter de s’être servi de lui, son meilleur ami. Alors qu’ils sont rattrapés et battus par les mercenaires, les ninjas de Konoha s’interposent et les deux amis repartent vivre une vie honnête de paysans.

Alors qu’ils font leur dernier ravitaillement sur une petite île, Naruto voit deux messagers d’Iwa, Akatsuchi et Kurotsuchi se faire attaquer par un commando de ninjas de Kiri, dirigé par un ninja nommé Ganryu. Au moment où celui-ci s’apprête à achever Akatsuchi qu’il a blessé, Naruto intervient et s’oppose au combat ; Chôjûrô intervient et demande à Ganryu de cesser son attaque par ordre du Mizukage ; celui-ci prend la fuite avec ses compagnons. En donnant les premiers soins à Akatsuchi, ils apprennent que Ganryu est le seul survivant d’une embuscade tendue par les ninjas du Pays de la Terre à une équipe de ninjas du Pays de l’Eau pour voler des documents secrets, sous prétexte d’établir un pacte de paix. Ne pouvant se résoudre à pardonner à ses anciens adversaires, Ganryu s’oppose au traité de paix entre les grandes nations ninja, suivi par plusieurs ninjas ayant également des griefs contre le Pays de la Terre. Entendant ça, Kurotsuchi décide de partir à la rencontre de Ganryu pour le tuer avant qu’il ne la trouve, poursuivie par Naruto qui tente de l’arrêter. Retenant un moment Kurotsuchi, Naruto arrive devant Ganryu et lui explique comment il s’est lui-même débarrassé de sa haine et lui demande de lui faire confiance pour établir une paix durable. Alors que Ganryu se rend à ses arguments, Kurotsuchi l’attaque, mais Naruto s’interpose et est blessé. Chôjûrô arrive et montre à Ganryu ce que les messagers apportaient : les effets personnels précieux de ses compagnons tués et des excuses officielles du Tsuchikage. Pour que Ganryu ne subisse pas les conséquences de son attaque, Akatsuchi décide de dire qu’il s’est blessé en trébuchant ; c’est également l’excuse que Naruto donne à ses compagnons quand il les rejoint pour expliquer sa propre blessure.

Près du quartier général d’Akatsuki, Anko reste espionner et se fait capturer par Kabuto, tandis que le reste de son équipe rapporte les informations recueillies, poursuivis par des invocations de la « Réincarnation des âmes », dont Deidara et Sasori. Madara envoie les 100 000 Zetsu au front, les faisant voyager sous terre et les autres invocations de Kabuto sont déployées. Du côté de l’Alliance Ninja, les tensions montent ; Gaara apaise les querelles avec un discours, et ils se mettent en route pour la bataille. Naruto s’apprête à entamer la dernière étape de son apprentissage de la maîtrise du chakra de Kyûbi.