Naruto et Sakura, qui ont fait d'énormes progrès, se font défier par Kakashi au jeu des clochettes.

L'équipe de Kakashi part en urgence à Suna.

Les deux équipes de Konoha arrivent devant le repaire de l'Akatsuki en train de terminer d'extraire le Shukaku.

Sakura révèle qu'elle a pris une dose d'antidote. Durant ce temps, Deidara tente toujours de séparer sans succès ses deux poursuivants. Sasori révèle qu'il s'est lui-même transformé en marionnette.

L'équipe Yamato part à la rencontre de l'espion de Sasori. Sur la route, ils décident de se reposer dans une station thermale pour y faire plus ample connaissance.

Au moment où Sasuke s'apprête à tuer toute l'équipe Yamato, Orochimaru l'arrête et part avec lui. L'équipe rentre ensuite au village. Tsunade, Jiraya et Kakashi apprennent tout ce qui s'est passé et le stratagème de Danzô. Toutefois, Saï, différent de ce qu'il était avant cette mission, reste dans l'équipe et redécouvre le sens du mot ami.

Quatre bandits ont enlevé la dépouille de Kitane, un des douze ninjas gardiens qui protégeait le roi Féodal.

Lorsque Fuen et Fudo se font tuer, les mort-vivants et le bouclier disparaissent.

Naruto attaque Kakuzu avec l'« Orbe shuriken », mais échoue. Il demande à réessayer seul. Avec la permission de Yamato et Kakashi, Naruto retourne affronter Kakuzu avec sa nouvelle technique et défait le membre de l’Akatsuki pour de bon.

Gamakichi et Gamatatsu ne peuvent pas utiliser le suiton. De son côté, Guren supprime la plupart des hommes qu'elle a sélectionné et qui tentaient de se rebeller. Ils restent Rinji et ses 3 acolytes.

Sanbi fait son apparition mais devient subitement incontrôlable, quant aux membres de l'Akatsuki, ils sont déjà en route pour la capture de celui-ci.

L'histoire se passe 10 ans auparavant, lors de la 3e grande guerre du monde ninja. Kakashi est un jeune homme tout juste promu jōnin qui fait équipe avec ses compagnons Lin et Obito sous les ordres de Minato Namikaze, futur 4e Hokage. Du fait du manque d'effectif, Kakashi est amené à mener ses compagnons sur une mission difficile. Juste avant de se séparer de leur sensei requis pour une autre mission, ils rencontrent un éclaireur ennemi, sur lequel Kakashi teste sa toute nouvelle technique, les Mille oiseaux, mais il manque de se faire tuer. Minato le sauve et tue le ninja ennemi, lui demandant de ne pas utiliser cette technique qui l'aveugle et l'empêche de voir les mouvements ennemis. La nuit qui suit, Minato explique à Obito comment le père de Kakashi, un ninja de génie, s'est suicidé des suites d'une disgrâce parce qu'il n'avait pas suivi la règle faisant passer la réussite de la mission avant la vie de ses coéquipiers. C'est pourquoi Kakashi est si attaché aux règles et si dur avec Obito. Le lendemain, Lin est enlevée par les ninjas ennemis et Kakashi décide de poursuivre la mission sans elle. Furieux, Obito part chercher Lin seul.

C'est l'histoire de la jeunesse de Jiraya, à la recherche de sa destinée : sa découverte du Mont Myôboku, ses voyages, sa formation avec le 3e Hokage et ses condisciples Orochimaru et Tsunade et sa vie durant la 3e grande guerre ninja.

Alors que Jiraya reconnaît Yahiko parmi les six corps de Pain, il reprend l’affrontement ; il parvient à piéger un des corps et continue à s’interroger sur la nature de ce son adversaire. Il reconnaît dans le corps piégé un ninja du clan Fûma qu’il avait combattu par le passé. Shima part fournir le corps piégé et les informations récoltées à Tsunade, tandis que Jiraya retourne au combat avec Fukasaku pour découvrir le secret de Pain. Reconnaissant dans les six corps des ninjas qu’il a rencontré autrefois, il perce le secret de son adversaire au moment où il se fait broyer la gorge par Gakidô. Alors qu’il est en train de mourir, sans pouvoir passer l’information à Fukasaku, il se remémore tous ses échecs passés, mais pensant à Naruto dont il a donné le nom et qu’il a formé, il retrouve un sursaut de vie et grave sur le dos de Fukasaku un code indiquant qui est Pain. L’ermite crapaud disparaît tandis que Jiraya s’enfonce dans l’eau en pensant au titre d’un prochain livre : « La légende de Naruto Uzumaki ».

Naruto et Utakata survivent à l'explosion et mettent en fuite Shiranami. Naruto poursuit ce dernier et le neutralise avec l’« Orbe tourbillonnant ». Pendant ce temps, la technique interdite devient incontrôlable et Hotaru s'apprête à faire exploser tout le village et les alentours. Utakata perçoit l'importance qu'il a pour Hotaru et accepte de devenir son maître ; grâce à la puissance de Rokubi, il parvient à absorber l'explosion : la technique interdite est détruite. Le village reconnaissant accepte la jeune fille, et l'équipe 7 rentre à Konoha sa mission accomplie. Pour leur demander l'autorisation de former Hotaru, Utakata recherche les oinin de Kiri, mais ne retrouve qu'un masque ensanglanté. Pain survient et le capture sous un éboulement… Utakata envoie des bulles vers Hotaru en signe d'adieu.

Konohamaru voit deux ninjas se faire enlever leurs âmes par Jigokudô. Ebisu intervient tentant de sauver Konohamaru. Au moment où il allait être achevé, son élève intervient. Il neutralise Jigokudô avec l’« Orbe tourbillonnant », enseigné par Naruto.

Par le passé, Nagato a perdu ses parents, tués par erreur par des ninjas de Konoha, alors qu'il n'était encore qu'un enfant, lors de la 3e guerre ninja. Orphelin, il rencontre un chien qu’il adopte, Chibi. Alors qu’il s’apprête à mourir de faim, il fait la rencontre de Konan et de Yahiko. Tous les trois survivent en volant de la nourriture. Un jour, ils se retrouvent au milieu du combat entre Hanzô et les trois sannin ; Chibi meurt dans une explosion, et Yahiko décide de devenir fort pour changer l’avenir de leur pays ; ils décident d'apprendre le ninjutsu, et abordent les Sannin…

Lee donne un remède à Sakura afin de guérir Tsunade. Lee se remémore alors son hospitalisation après sa défaite contre Gaara. Pour préparer à son élève un remède, Gaï Maito avait besoin d’une fleur médicinale très rare, la fleur de Jokufu ; Naruto, Ino et Sakura partent alors au Mont Jokufu à sa recherche en profitant d’une mission… En chemin, une vieille femme dans une auberge les avertit que le lieu est hanté ; en arrivant dans la forêt, ils trouvent les fleurs, mais sont attaqués par du pollen copiant les techniques de Gaara lorsque Naruto en cueille. Après avoir vaincu le faux Gaara, ils rencontrent Furofuki, une médecin de Konoha étudiant la fleur et vivant dans la forêt, destinataire du message qu’ils devaient porter pour leur mission ; celle-ci leur explique que la fleur se défend en prenant la forme d’un ennemi auquel on pense. Leur mission est ensuite de ramener un grand nombre de fleurs de Jukufu à Konoha, qui servent à Gaï à préparer des boulettes de médicament.

Reconnaissant un visage parmi des photos récupérées des décombres de Konoha, Naruto se remémore une histoire qu’il a vécu plusieurs années auparavant. Alors qu’il avait trouvé et ramené un sceau étrange collé sur une pierre à distance du village, il se réveille avec un fantôme sur son lit. Ce dernier est amnésique et ne se souvient plus des circonstances de sa mort ; après enquête, Naruto retrouve l’homme par le nom marqué sur le sceau, Kisuke ; il s’avère qu’il est dans le coma à l’hôpital ; retrouvant son adresse, Naruto l’amène sur les lieux de sa maison qui a brûlé avec son épouse quelque temps auparavant. Kisuke se rappelle alors qu’il a été éliminé par un jeune homme, Sabiru, qu’il surveillait pour le compte de l’ANBU, le soupçonnant d’être un espion. Ce dernier s’apprête à faire adopter au conseil de Konoha un nouveau système de sécurité pour le village. S’apercevant qu’il était suivi, il a piégé Kisuke et a scellé son âme loin du village. Juste avant le vote sur le projet, Kisuke est assassiné à l’hôpital. Naruto prend alors son apparence et fait intrusion au conseil pour révéler que Sabiru est un espion et qu’il compte prendre le contrôle de la sécurité du village. Mis à mal par Sabiru qui demande des preuves, il est contraint de s’enfuir, poursuivi par Kakashi, les ANBU et Sabiru lui-même. Naruto parvient à convaincre Kakashi de prendre l’apparence de Kisuke pour confondre le traître. Ce dernier se laisse piéger et est finalement vaincu par le « multi-clonage supra » de Naruto possédé par et avec l’apparence de Kisuke. Sabiru est alors assassiné par une fléchette de Kabuto caché non loin. Kisuke demande un dernier service à Naruto avant de retrouver sa femme dans l'autre monde : mettre des tulipes sur leur tombe.

Saï profite d’un jour de congé pour se promener dans le chantier de reconstruction de Konoha et dessiner. En voyant une dispute entre deux enfants qui lui font penser à Naruto et Sakura, il se remémore son intégration à l’équipe 7 et ses relations tendues du début avec Naruto. Une nuit, lors de leur voyage pour chercher Sasuke chez Orochimaru, Naruto l’avait provoqué en combat avant de lui expliquer qu’ils devaient travailler comme coéquipiers pour avoir une chance de retrouver le jeune renégat. Il se souvient alors de ce lien fort entre Naruto et Sasuke qui a fait basculer sa propre vie, lui faisant établir des liens avec les autres. Arrivé à l’écart du village, il dessine sur les futurs panneaux d’une maison en passe d’être reconstruite l’équipe 7 avec Sakura, Sasuke, Naruto et lui se tenant la main.

La narration du récit des événements s’étant produits le jour de la naissance de Naruto se poursuit. À Konoha, les dégâts sont considérables : Kyûbi détruit et tue, notamment les parents d’Iruka. Le 3e Hokage invoque Enma et repousse avec lui le démon hors du village. Pendant ce temps, l’homme au masque s’éclipse, non sans dire à Minato qu’il reviendra prendre Kyûbi et diriger le monde un jour. Le jeune homme retourne à Konoha et invoque Gamabunta pour coincer le démon renard au sol, le temps de se déplacer avec lui au loin. Il ramène Kushina et Naruto avec lui et la jeune femme immobilise Kyûbi avec son chakra ; alors qu’elle souhaite ramener le démon en elle et mourir en le restreignant, Minato décide de sceller en lui la moitié de Kyûbi avec le sceau de l’« Emprisonnement des morts », puis de sceller l’autre moitié dans le bébé avec ce qui leur reste de chakra pour le rencontrer et l’aider plus tard, car il pense que Naruto est l’enfant de la prophétie faite à Jiraya. Réticente, Kushina se laisse convaincre quand le démon tente de tuer le nourrisson et qu’ils doivent s’interposer, se faisant tous deux transpercer par sa griffe. Elle parle un court moment à Naruto, lui donnant des conseils pour sa vie à venir, puis Minato applique le sceau.

Retour au présent, Kushina s’excuse auprès de Naruto à cause de la vie difficile qu’il a eue et leur absence à ses côtés ; Naruto lui répond qu’il en a effectivement bavé, mais qu’il ne leur en a jamais voulu, et est heureux, car il sait maintenant qu’ils ont donné leurs vies pour lui, et qu’il est plus rempli de leur amour que par la haine de Kyûbi ; Kushina disparaît alors en lui disant merci de les avoir acceptés et d’être né pour eux.

Rétrospective de l’enfance de Naruto et ses débuts en tant que genin avec Sasuke et Sakura sous la férule de Kakashi, jusqu’à leur départ pour le Pays des Vagues. Centré sur la rencontre de Naruto et Sasuke et le début de leur relation houleuse.

L’unité d’embuscade de l’Alliance Ninja, dirigée par Kankurô se dirige vers le territoire ennemi sur les oiseaux d’encre de Saï. Pendant ce temps, l’évacuation des territoires à risques s’organise, et les différentes unités partent vers leur destination. Poursuivis par L’unité d'embuscade d’Akatsuki, Tokuma, Ranka et Muta finissent par tomber aux mains de l’ennemi, non sans être parvenus à envoyer les informations au quartier général. Kankurô, Omoï, Saï et leurs compagnons arrivent en territoire hostile et installent leur camp ; soudain, Muta apparaît devant eux contrôlé par Sasori qui tente de faire exploser le groupe avec une bombe insérée dans sa jarre d’insectes. Manipulés également par Sasori, Tokuma et Ranka attaquent le groupe qui a pu se protéger de la déflagration. Dans les invocations de Kabuto qui leurs sont opposés, Saï reconnaît son grand frère, Shin. Furieux de voir qu’on utilise contre eux des connaissances, Omoï passe à l’offensive et libère Tokuma et Ranka en coupant les fils de Sasori. Kankurô saisit l’occasion pour se relier à ce dernier et le faire tomber ; il dévoile alors sa nouvelle marionnette, l’ancien corps de Sasori.

Loin du champ de bataille, Naruto en plein entraînement perçoit la perturbation provoquée par la transformation de Kinkaku. Ce dernier, revêtu du manteau de Kyûbi fait des ravages, poussant le Raikage à faire envoyer à la 1re division le « pot de purification ambré », par le biais de Mabui, afin de le sceller. Darui, rejoint par Kitsuchi et leurs compagnies tentent de gagner du temps en attendant Shikamaru, Ino et Chôji, chargés de combiner leurs compétences pour forcer Kinkaku à répondre à son nom pour le sceller dans le pot. Ces derniers arrivent sur le champ de bataille, et combinent les techniques du « Boulet humain », de la « Manipulation des ombres » et de la « Transposition » pour parvenir à leurs fins. Continuant le combat, ils se retrouvent face à Kakuzu qui leur dit que Kinkaku et Ginkaku on beau avoir été vaincus, leurs propres généraux d’or et d’argent ont déjà été capturés et retournés contre eux, invoqués par Kabuto : Dan et Asuma, leur ancien sensei. Celui-ci vient à leur rencontre…

Kakashi reçoit du quartier général le parchemin et le pinceau géants, pour exécuter le sceau de l’ANBU Racine. Il les apporte à Saï, et confie à Rock Lee la tâche de le protéger pendant qu’il s’en servira. Kakashi explique à Lee qu'après l’attaque d’Orochimaru sur Konoha, Danzô avait demandé à Saï d’apprendre à contrôler un sceau capable d’emprisonner les invocations de la « Réincarnation des âmes ». Repensant aux paroles de Danzô et à la dangerosité du sceau, basé sur la puissance des émotions refoulées, et rendant vulnérable aux pensées négatives, Saï ne parvient pas à dormir. Au matin, les épéistes légendaires de Kiri, Pakura et Gari attaquent. Alors que Jinin Akebino attaque un groupe de ninjas avec son épée légendaire Kabutowari, Kakashi, Saï et Lee arrivent. Saï se prépare à utiliser son sceau, se demandant s’il va parvenir à le maîtriser sans se laisser entraîner par la peur qu’il éprouve en libérant ses émotions et se souvient de son entraînement avec Danzô durant lequel il avait échoué. De son côté, Kakashi combat Jinin Akebino et parvient à le couper en deux ; il demande à Ensui Nara de l’immobiliser le temps que le sceau ne soit prêt et s’en va avec le reste du groupe. Saï repense à Shin, utilisé par Akatsuki, et se laisse envahir par ses émotions négatives. Alors que Gari attaque Ensui, Lee doit intervenir pour le protéger et engage un combat de taijutsu avec Gari. En voyant qu’il n’y a pas de sentiments négatifs dans la colère de Lee, Saï commence à comprendre comment maîtriser son sceau, mais une explosion de Gari étourdit Ensui, et Jinin Akebino est libéré. En voyant Lee combattre, Saï comprend que la source de sa colère vient de ses sentiments pour ses amis. Se souvenant qu’il a également des amis maintenant, il commence à dessiner, exécute son sceau de l’« Œil tapi du tigre » au moment où Akebino Jinin finit de se reconstituer, et le scelle. Voyant qu’il est seul contre trois, Gari s’enfuit.

Le chef du village de Hâcho se révèle être le véritable cerveau derrière l’attaque de Tonika. Ancien psychopathe spécialiste en invocations et ayant travaillé sur la « Réincarnation des âmes » avec Orochimaru, Disonas a perdu ses pouvoirs, et presque la vie, au cours d’un affrontement face à Pain ; depuis, il cherche à les récupérer en utilisant le trésor de « The Hole », et a engagé Kabuto pour l’aider dans cette tâche. Enserré par des serpents qui dévorent son chakra, Naruto parvient à s’en défaire en créant du chakra d'ermite. Mina, Léo et les autres enfants arrivent et sont appréhendés par un clone de Kabuto.

Ayant récupéré les sept fragments du trésor représentant des notes, Disonas qui en possède le mode d’emploi l’active avec une première mélodie. Alors que Dokku parvient à rejoindre les enfants et Shiseru et fuit avec eux, Kakashi et les autres ninjas de Konoha arrivent ; Kabuto fait apparaître à nouveau ses invocations. Naruto engage le combat contre son double paré du manteau de Kyûbi et le domine avec le Senjutsu, tandis que le trio Ino-Shika-Chô combat le double de Hidan. Deidara utilise toutes les autres invocations comme bombes, mais celles-ci ne se reforment pas, Kabuto ne maîtrisant pas encore totalement la technique. Les doubles formés de serpents commencent à se décomposer, leur durée de vie étant limitée, et le clone de Naruto tombe dans la source de puissance que Disonas est parvenu à activer avec une seconde mélodie. Le sol de « The Hole » commence à s’affaisser, et la zone doit être évacuée rapidement ; Disonas tente de s’exposer au rayon de puissance créé par la mélodie, mais se retrouve face à Naruto. Une chimère ressemblant à un démon renard avec sept queues se terminant par des têtes de dragons surgit du rayon de puissance.

Sur le champ de bataille où l’unité de Gaara combat les anciens kage, le 3e Raikage et le 2nd Mizukage se libèrent de l’emprise du sable avant d’être scellés. Oonoki poursuit le combat face à son prédécesseur, Mû, mais celui-ci devient invisible ; Gaara part le rejoindre pour l’aider. Le 2nd Mizukage invoque sa palourde géante et met en échec avec ses mirages tous les ninjas de l’alliance qui le combattent. Naruto arrive en renfort au moment où Oonoki et Gaara sont en mauvaise posture face à Mû et utilise son « Rasengan Planétaire », mais Mû sent sa présence et esquive. Avec l’aide du sable de Gaara et de l’extension que lui fournit le chakra de Kyûbi, Naruto parvient à toucher Mû avec sa technique, et Oonoki peut l’immobiliser avant que Gaara ne le scelle. Shikaku explique à Gaara pourquoi Naruto est sur le champ de bataille, tandis qu’il rejoint avec Oonoki les ninjas combattant le 2nd Mizukage et que Naruto se dirige vers l’endroit où Temari et son groupe combattent le 3e Raikage. Gaara arrive face au 2nd Mizukage et doit protéger les ninjas le combattant de sa « Technique du pistolet à eau » ; attaqué à son tour, Gaara se défend, tout en cherchant avec son sable et son « Troisième œil » la position de la palourde géante. Une fois celle-ci détectée, Oonoki tente de la détruire avec son Jinton mais est à court de chakra ; il lui porte alors un coup avec son « Poing de pierre » qui se révèle insuffisant ; alourdissant son poing avec sa technique de « Roche super-alourdie », il parvient à briser le coquillage et les mirages se dissipent. Oonoki, trahi par son dos se retrouve immobilisé à la merci de l’ancien Mizukage qui le transperce de sa technique du « Pistolet à eau ».

Naruto utilise ce qu'il lui reste de chakra en essayant de libérer les Bijû de la coupe de Madara. Alors que tout semble perdu, Kyûbi reconnaît Naruto comme son hôte et lui propose son aide ...

Toujours aux prises de Madara, les 5 Kage découvrent, horrifiés la technique Susanô sous sa forme complète.

Retour sur les début d'Akatsuki, portés les espoirs de leurs jeunes leaders, Yahiko, Nagato et Konan... Mais pour Danzô et le mystérieux homme au masque, ce ne sont que des illusions, incompatibles avec la réalité du monde Shinobi...

Avec la puissance de Jûbi, Obito et Madara font des ravages dans les rangs de la coalition, au point d’entamer la détermination de Naruto, qui finit par vaciller quand il voit un de ses plus fidèles compagnons mourir sous ses yeux...

Hashirama retrace l’éternel conflit entre les Uchiwa et les Senju, et sa rivalité avec Madara.

Naruto parvient à arracher à Obito, les Chakras des Bijûs et le Réceptacle de Jûbi s’effondre enfin ! Les troupes alliées exhortent alors Kakashi d’achever son ancien compagnon...

Leur rouleau dérobé, la piste de l’ennemi effacée, Kiba et ses compagnons sont en proie au doute. Mais le souvenir de Naruto va faire basculer les choses !

Naruto rejoint le reste de ses camarades et, ensemble, ils parviennent à repousser l'offensive de Sasori. L'homme masqué est alors témoin de leurs actes et est désormais convaincu qu'il y a un avenir avec ces jeunes ninjas. Il leurs promet de libérer les Jonin capturés et commence à expliquer la vérité sur son action...

Naruto atteint la tour vers laquelle Sasuke s'est dirigé, grâce à Neji, Lee et Tenten qui ont dissuadé les agents de la Racine. Mais il est trop tard. Sasuke a déjà pris contact avec Orochimaru. Naruto essaie passionnément de raisonner Sasuke, mais finalement le combat est inévitable !