La storia riprende dopo circa tre anni dalla fine della 1° serie. Naruto torna al Villaggio della Foglia dopo un lungo allenamento con Jiraiya (uno dei tre Ninja Leggendari assieme ad Orochimaru e Tsunade). La storia coinvolge altri nemici, ovvero l'Organizzazione Alba, dedita alla cattura ed all'imprigionamento di tutti i nove cercoteri, ognuno sigillato in un ninja. Dopo avere ucciso suo fratello Itachi, Sasuke scopre che lo sterminio del suo clan, gli Uchiha, era stato commissionato dal consiglio degli anziani del Villaggio della Foglia. Perciò, si unisce ad Alba, in cambio dell'aiuto di questa, per distruggere il villaggio. La storia prosegue, quindi, con Naruto che cerca di sfuggire all'organizzazione e di redimere il suo migliore amico, considerato da lui come un fratello.

Ino, Sakura and Choji trudge across a desert under the blazing sun without any provisions. Ino and Sakura are arguing when a giant scorpion attacks and injures Sakura.

The Masked Man shows Neji and Naruto images of past incidents that occurred in the Leaf Village. Meanwhile, Shikamaru and friends join up with Team Jiraiya to rescue the children. After fighting side by side with the Leaf, Yahiko and the others seem to have a change of heart.

The Anbu who attack Naruto and Shikamaru are agents sent by Danzo, who had promised Orochimaru that he would deliver Sasuke safely to him. Luckily, Neji, Lee and Tenten rush to their aid in the nick of time! Meanwhile, Hiruko reveals the truth behind the incident involving Hizashi