为了控制九尾的力量，鸣人在自己的精神世界里展开了战斗。在现在世界里保护鸣人的杀人蜂与大和，面对鸣人出现的异状，焦虑的心情全写在脸上。受到九尾内心憎恨的影响，原本已压抑住的黑暗面，又再次于鸣人的心中苏醒。虽然拼了命的抵抗，但憎恨与绝望的感情却慢慢地把鸣人给吞噬掉……。但是，就在那时候，有个意想不到的人物出现在鸣人面前。

两人之间宿命的轨迹，就在这里。

　　漩涡鸣人与宇智波一族最后残存的族人佐助相遇，从小没父母的自己，觉得佐助的遭遇和自己很相似，而对他产生了某种的亲近感。两人之间拥有强大的牵绊，从相处时的相吸相斥进展成彼此互相认定为自己的对手。

　　但是，因内心怀抱着某个重大目标并渴望力量的佐助，眼看着因不知名力量逐渐苏醒变强的鸣人，觉得自己屈于劣势并感到焦躁。然后，在看透他内心黑暗面的大蛇丸的诱导之下，佐助决意离开木叶村。为了拉回坠入黑暗深渊的重要伙伴，鸣人前往终末之谷。

夜幕低垂，忍刀七人众也跟着消失了踪影。为了取代疲惫不堪的封印小组，卡卡西请祭施展“根”的封印术。但是，封印术一旦失败，自己也会被封印，这让祭的内心相当挣扎。就在黎明来临之际，通草野饵人再次现身，并用他的钝刀“兜割”陆续将忍者击溃……。

为了保护托尼卡村的幸存者德克与孩子们，鸣人与小樱便暂住在希赛尔家里。鸣人与孩子们相处十分融洽，但此时鸣人的身体出现了异状……

在我爱罗和大野木面前出现的秽土转生体正是“宇智波斑”。既然真正的斑出现了，那么那个面具男又是何方神圣……正当陷入更深谜团的鸣人他们因此而混乱之时，斑开始发动了攻击。开始迎击的鸣人、我爱罗、大野木等人由于在之前的战斗中有所消耗而陷入了不利的状况，但他们仍然为了阻止斑而合力迎敌。传说中宇智波最强之力那超乎想象的猛攻迅速扰乱了战场，而在这混乱之中，鸣人究竟能否顺利阻止斑……